Développement de pipelines pour une plateforme de génomique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Institut Gustave Roussy
114 rue Edouard Vaillant
94800 VILLEJUIF
France

Contacts
Mboyba DIOP
Gérôme JULES-CLEMENT
Email du/des contacts
Mboyba.DIOP@gustaveroussy.fr
Gerome.JULES-CLEMENT@gustaveroussy.fr
Description

Intitulé du poste : Développement de pipelines pour une plateforme de génomique
Type de contrat : Stage
Localisation : Villejuif (Val de Marne)

L’Institut Gustave Roussy, premier Centre de Lutte Contre le Cancer en Europe, établissement hospitalier privé participant au service public hospitalier recherche un stagiaire développeur Web.

Contexte
La plateforme de génomique accompagne les chercheurs et les cliniciens dans leurs projets de recherche. Ces nouvelles technologies permettent notamment de détecter de nouvelles mutations responsables de cancers, et permettront à terme d’identifier des traitements adaptés entièrement à la carte d’identité de la tumeur du patient et ajustés à son évolution dans le temps.

Dans ce contexte, un entrepôt de données génomiques est en cours d’élaboration à Gustave Roussy. Il a pour but de structurer les fichiers de données brutes (issues des séquenceurs) et analysées (issues des pipelines bioinformatiques), et de les mettre à disposition grâce à une gestion des droits d’accès.

Une application MoOSe (MOnitoring Of SEquencer) a été développée par la plate-forme bioinformatique elle permet :
• Vérifier les informations saisies par la plate-forme de génomique
• Gérer la prise en charge des fichiers issus des instruments : étape de démultiplexage
• Associer les données aux projets et utilisateurs

Objectifs du Stage
Votre mission est faire évoluer l’application MoOSe :
• Définir les critères de qualité en fonction du type de données de séquençage (Whole Exome, RNA-seq, ChIP-seq)
• Mettre en place les pipelines d’analyse de données génomiques variées
• Extraire des résultats les métriques permettant de mesurer la qualité du séquençage et des librairies

Vous travaillerez au sein de la plateforme de bioinformatique et serez encadré par un bioinformaticien de l’équipe. Vous échangerez avec les membres de la plateforme de séquencage afin de répondre au mieux à leurs attentes. Vous utiliserez les bonnes pratiques de développement de pipelines comme l’utilisation d’un gestionnaire de version (git) et d’un gestionnaire de pipeline (snakemake).

Formation
Vous suivez une formation en bioinformatique et/ou biostatistiques et avez de bonnes connaissances sur les technologies de séquençage, des outils NGS et en programmation (R, Python, Shell) au sein d’un environnement Linux. Des connaissances en génomique seraient un plus.

Qualités
Rigoureux, organisé, autonomie, maîtrise de l’anglais

Contact
Institut Gustave Roussy
114 rue Edouard Vaillant
94800 VILLEJUIF
Mboyba.DIOP@gustaveroussy.fr; Gerome.JULES-CLEMENT@gustaveroussy.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente