Développement d’outils d’analyse tertiaire de données NGS de souches Mycobacterium Tuberculosis pour la surveillance des cas de transmissions inter-patients.

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

21 avenue Tony Garnier
69007 Lyon
France

Contacts
Jean-Luc Berland
Emilie Westeel
Email du/des contacts
jean-luc.berland@fondation-merieux.org
emilie.westeel@fondation-merieux.org
Description

Contexte

Le laboratoire se consacre à l’étude de l’épidémie de tuberculose en France ainsi que dans plusieurs pays émergents. En particulier, il s’intéresse à la mise en place d’outils diagnostics pour la détection des résistances aux antituberculeux ainsi que pour le suivi des transmissions inter-patients. Nous collaborons avec plusieurs laboratoires et hôpitaux recouvrant plusieurs contextes épidémiologiques. Dans ce cadre, nous utilisons les informations génotypiques obtenues par séquençage complet des génomes bactériens de Mycobacterium tuberculosis. Un pipeline d’analyse de données Next Generation Sequencing (NGS) a été développé au laboratoire, permettant d’identifier certaines mutations responsables de résistances aux antibiotiques ou utilisées comme marqueurs phylogénétiques. Ce pipeline alimente une base de données interne qui permet de comparer les génomes entre eux par l’intermédiaire d’une interface graphique web. Cette base permet la surveillance des cas de transmissions entre patients, et constitue un support pour les enquêtes épidémiologiques conventionnelles.
Au sein d’une équipe de biologiste, l’étudiant(e) sera encadré(e) par une bioinformaticienne.

Objectifs du stage

L’objectif général de ce stage est d’enrichir nos outils bioinformatiques développés au laboratoire pour l’analyse et la comparaison des génomes de Mycobacterium tuberculosis. L’étudiant(e) aura la possibilité d’appréhender toutes les étapes essentielles d’analyse de données NGS bactériennes (trimming des données, alignement, SNP calling, phylogénie). Il/Elle sera également confronté(e) à des problématiques de gestion de bases de données et de développement d’une interface web.

Activités:
- ajouter des fonctionnalités au script de comparaison de génomes utilisé pour inférer des transmissions, et enrichir l’interface graphique web correspondante ;
- renforcer le pipeline d’analyse de données NGS au niveau d’un locus particulier utilisé dans le génotypage conventionnel ;
- automatiser certaines tâches dans la gestion de la base de données contenant les analyses secondaires : gestion de l’importation des données, gestion des doublons, ajouter des filtres d’intégration basés sur des critères de qualité des échantillons, etc. ;

Profil: étudiant(e) en informatique, bio-informatique ou équivalent (préparation d’un master 1 ou 2)

Compétences

- Connaissances de l’environnement linux.
- Expérience et pratique du langage de programmation Python.
- Connaissances en base de données, langage SQL.
- Connaissances en développement web : HTML, Javascript, CSS.
- Rigueur, organisation, autonomie, maîtrise de l’anglais.

La durée du stage peut varier de 4 à 6 mois en fonction du profil retenu.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente