Annotation de domaines protéiques dans des données métagénomiques et construction de sous-familles

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

163 avenue de Luminy
13288 Marseille
France

Contacts
Bernard Henrissat
Nicolas Terrapon
Email du/des contacts
Bernard.Henrissat@afmb.univ-mrs.fr
Nicolas.Terrapon@afmb.univ-mrs.fr
Description

Les enzymes responsables de la dégradation des polysaccharides (CAZymes) présentent une forte spécificité de substrat qui leur confèrent un pouvoir prédictif élevé à leur annotation/interprétation dans les génomes et métagénomes.
L'équipe de Glycogénomique à Marseille (http://www.afmb.univ-mrs.fr/glycogenomique) maintient depuis près de 30 ans la base de données CAZy (www.cazy.org), la classification de référence mondiale des CAZymes.
Les polysaccharides étant intrinsèquement liés à toutes les formes de vie, l'équipe CAZy collabore régulièrement à des études à fort impact dans le domaine (http://www.afmb.univ-mrs.fr/team-s-publications), notament avec l'intérêt récent pour les microbiomes humains et du bétail, et dans le futur avec les microbiomes aquatiques et terrestres pour leurs applications biotechnologiques en économie bleue et verte (biocarburants et autres sous-produits à valorisation pharmacologique).
Dans ce contexte, un poste de post-doctorat (projet financé par l'ANR Era-CoBioTech 2019 SYNBIOGAS - app.dimensions.ai/details/grant/grant.8558368) est ouvert pour l'analyse des CAZymes à partir de métagénomes et de la division de familles de CAZymes en sous-familles.

Le candidat doit idéalement posséder des compétences en analyse de séquences pour l'analyse des familles de protéines (réseaux de similarité de séquence, phylogénie, modèles de Markov cachés), en langages de programmation (Python / Perl et R) et une expérience en génomique comparative ou en annotation/curation fonctionnelle sera appréciée.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente