Développement pipeline NGS pharmacogénétique hospitalière

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

CHU Nîmes
30360 NIMES 30029
France

Contacts
Dr JC BOYER
Email du/des contacts
jean.christophe.boyer@chu-nimes.fr
Description

Développement d’une application d’aide à la prescription d’analgésiques opioïdes à partir de données issues de NGS.
Orientation scientifique du sujet du stage : Pharmacogénomique, NGS, outil d’aide à la décision thérapeutique, douleur.
Méthodes informatiques utilisées: Outils utilisés : programmation JAVA, Python, R et autres langages de programmation ; utilisation d’API, HTML.
Alignement de séquence sur génome de référence, recherche de variants rares, prédiction de pathogénicité sur variants inconnus.

Objectifs : 1) développer un pipeline bioinformatique permettant d’établir le génotype CYP2D6 et de le traduire en phénotype selon le système des scores d’activité (2).
2) développer un pipeline bioinformatique permettant d’établir le génotype des autres gènes d’intérêt présents sur le panel.
3) Participer au développement d’un véritable outil d’aide à la prescription thérapeutique d’antalgiques opioïdes prenant en considération les caractéristiques génétiques du patient, les interactions médicamenteuses, et les recommandations cliniques de la Société Française de traitement et d’évaluation de la Douleur.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente