Développement de pipeline pour identifier les gènes de fusion à partir de données RNAseq en séquençage ciblé

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

114 rue Edouard Vaillant
94800 VILLEJUIF
France

Contacts
Yahia ADNANI
Gérôme JULES-CLEMENT
Email du/des contacts
yahia.adnani@gustaveroussy.fr
gerome.jules-clement@gustaveroussy.fr
Description

Contexte
Les gènes de fusion sont dérivés du réarrangement génomique, ils jouent un rôle clé dans l'initiation du cancer et sont une cause majeure de cette pathologie. Leur identification rapide et précise peut avoir une importance significative dans le diagnostic et le traitement du cancer. Parallèlement, la technologie de séquençage de nouvelle génération (NGS) offre un moyen sensible et efficace d’identifier les gènes de fusion au niveau génomique. De nombreux outils bioinformatiques ont été développés pour détecter les gènes de fusion à l’instar de Star-Fusion, FusionCatcher, EricScript, Pizzly ...
Vous intègrerez le service de génétique des tumeurs, vous travaillerez en lien avec les bioinformaticiens et les biologistes de service et en interaction étroite avec la plateforme bioinformatique recherche de Gustave Roussy. Vous réaliserez le développement d'un pipeline d'analyse de données RNAseq en séquençage ciblé et de son déploiement au sein de serveur de production. Celui-ci s'intégrera dans la mise en place d'un processus d'optimisation de l'identification de gènes de fusion d'intérêt clinique.

Vos Missions
Interagir avec les bioinformaticiens et les biologistes impliqués pour mettre en place un workflow adapté aux besoins.
Identifier, évaluer et choisir les outils bioinformatique répondant aux besoins.
Participer au développement des outils et interfaces nécessaires au pipeline que vous aurez identifié.
Veiller au respect des bonnes pratiques de développement permettant de faciliter la maintenance des outils réalisés comme l’utilisation d’un gestionnaire de version (git) et d’un gestionnaire de pipeline (snakemake)

Profil recherché
M2 en bioinformatique et/ou biostatistiques, vous avez des bonnes connaissances en génomique, des outils NGS et en programmation ( Python / snakemake, Shell) au sein d’un environnement Linux. Des connaissances de R seraient un plus.

Qualités
Dynamisme, autonomie,​ ​ esprit​ ​ d‘initiative,​ ​ sens​ ​ de​ ​ l’organisation,​ ​ rigueur​ ​ et​ ​ adaptabilité

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente