Ingénieur d'Etude en bio-informatique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Parc scientifique de Luminy, 163 avenue Luminy
13288 Marseille
France

Contacts
Armougom Fabrice
Dolla Alain
Email du/des contacts
fabrice.armougom@mio.osupytheas.fr
alain.dolla@mio.osupytheas.fr
Description

L'équipe MEB, de l'Institut Méditerranéen d'Océanologie (https://www.mio.osupytheas.fr/fr/equipes-de-recherche/microbiologie-env…), explore la diversité microbienne aérobie et anaérobie et son fonctionnement dans les environnements marins et/ou extrêmes en termes de température, de salinité, de pH et de pression hydrostatique. Dans ce contexte scientifique, nous recherchons un Ingénieur d’Étude (IE) en bio-informatique pour intégrer l'interdisciplinarité de l'équipe MEB dans le cadre d'un projet avec un partenariat privé international. Les détails du projet ne pourront être fournis que lors de l'entretien.

Missions – Activités

Le candidat encadré par l'équipe MEB et sous la responsabilité du Dr. Fabrice Armougom (bioinformaticien) sera en charge de l'analyse de données transcriptomiques (via un pipeline développé en interne), de l'analyse de données de 16S métabarcoding et d'une comparaison génomique sur des souches d'Archées.

Profil – Compétences

- Le candidat devra être au moins titulaire d'un Bac+5 en bio-informatique (École d'ingénieur, Master 2, voire doctorat) avec des connaissances en biostatistiques, transcriptomique, 16S métabarcoding, génomique environnementale et microbiologie.

- Le candidat devra posséder une expérience minimale de deux ans (fortement souhaitée) dans le domaine de la bio-informatique. Une expérience réussie dans le domaine des analyses NGS de type transcriptomique, métabarcoding et génomique serait un véritable atout.

- Le candidat devra maîtriser un langage de programmation (Python, Perl, C) et être familier avec les outils d'analyse associées aux compétences citées ci-dessus.

- Le candidat devra montrer de vraies aptitudes dans l'autonomie, la rigueur, l'écoute et la communication afin de mener à bien dans les délais impartis son projet au sein de l'équipe, et dans le cadre du partenariat privé.

Les candidatures (lettre de motivation + CV, incluant si possible des références) doivent être envoyées avant le 30/12/2019 par mail à l'adresse fabrice.armougom[at]mio.osupytheas[dot]fr et/ou alain.dolla[at]mio.osupytheas[dot]fr
Laboratoire: Equipe MEB, Institut Méditerranéen d'Océanologie

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente