Analyse des régions génomiques virales répétées

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

400 boulevard Gonthier d’Andernach – Parc d’Innovation - CS80166
67405 ILLKIRCH GRAFFENSTADEN CEDEX
France

Contacts
Amélie WENDLING
Email du/des contacts
wendling@transgene.fr
Description

Transgene est une société de biotechnologie, cotée sur le marché Euronext (Paris), qui conçoit et développe des vaccins thérapeutiques et des produits d’immunothérapie basés sur l’utilisation de virus oncolytiques principalement pour le traitement des tumeurs solides.

Transgene recherche un(e) :

Stagiaire en bioinformatique pour une durée de 6 mois
« Analyse des régions génomiques virales répétées »
Stage basé à proximité de Strasbourg, au Parc d’innovation d’Illkirch

Formations et expériences :

Vous préparez actuellement une formation de type Bac +5 dans un domaine scientifique (Biosciences, Sciences du Vivant - Bioinformatique ou équivalent…) et recherchez un stage de six mois dans le domaine de la Bioinformatique à compter de début février 2020.

Vous disposez de solides connaissances en biologie moléculaire, cellulaire et en analyses de données en grandes dimensions. Vous maitrisez les commandes UNIX et un langage de scripts (Perl, Python, …).

Missions :

Rattaché au Service Bioinformatique, votre sujet de stage portera sur l’identification et la caractérisation génomique de motifs répétés au sein de génomes de souches de poxvirus. L’analyse se fera à partir de données de séquençage NGS short reads (Illumina) et long reads (Oxford Nanopore) générées par Transgene.

Dans le domaine de l’immunothérapie, l’usage de virus oncolytiques prend une part de plus en plus importante. Parmi eux, certaines souches de poxvirus possèdent des caractéristiques leur permettant de lutter contre certains cancers. Grâce aux données de séquençage à haut débit, de nombreuses souches de virus ont été génétiquement caractérisées au niveau de leur génome dont une partie des ITRs (Inverted Terminal Repeat). Cependant, il reste des régions répétées aux extrémités de ces ITRs dont le rôle pourrait s’avérer déterminant quant à la stabilité génétique et dont la connaissance pourrait avoir un impact dans la génération de nouveaux traitements.
Dans le cadre d’un programme de caractérisation complet de ces souches à visée thérapeutique au sein du département de Recherche et Innovation de Transgene, des données génomiques par séquençage à haut débit ont été générées en short reads (Illumina) et long reads (Oxford Nanopore). La combinaison de ces deux technologies devrait permettre l’étude complète de ces génomes et d’élucider le rôle des extrémités non codantes des ITRs. Ces informations pourront servir à la mise au point de nouvelles souches vaccinales thérapeutiques antitumorales.

Vous serez en charge de mettre en œuvre une méthode d’analyse de données complexes appliquée aux génomes viraux en utilisant des outils existants ou à développer :
- le traitement et l’analyse de données de séquençage short reads (Illumina) à partir d’outils tels que Samtools, BWA, …
- le traitement de données de séquençage issues de la technologie MinION (Oxford Nanopore)
- l’analyse de motifs répétés au sein de séquences.

Vous serez amené à effectuer des recherches bibliographiques.

Profil :

Vous êtes reconnu pour votre sens du travail en équipe, votre rigueur et votre motivation. Vous savez faire preuve d’organisation et appréciez travailler en autonomie.

Bonne maîtrise des outils bureautiques, des outils de navigation et de recherche.

Bon niveau d’anglais exigé.

Pour postuler, merci d'adresser vos candidatures à : https://transgene.mycv.tech/fr-offres.html

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente