Analyse de données issues de séquences d’ARN haut-débit

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

400 boulevard Gonthier d’Andernach – Parc d’Innovation - CS80166
67405 ILLKIRCH GRAFFENSTADEN CEDEX
France

Contacts
Amélie WENDLING
Email du/des contacts
wendling@transgene.fr
Description

Transgene est une société de biotechnologie, cotée sur le marché Euronext (Paris), qui conçoit et développe des vaccins thérapeutiques et des produits d’immunothérapie basés sur l’utilisation de virus oncolytiques principalement pour le traitement des tumeurs solides.

Transgene recherche un(e) :

Stagiaire en bioinformatique pour une durée de 6 mois
« Analyse de données issues de séquences d’ARN haut-débit »

Stage basé à proximité de Strasbourg, au Parc d’innovation d’Illkirch

Formations et expériences :

Vous préparez actuellement une formation de type Bac +5 dans un domaine scientifique (Biosciences, Sciences du Vivant - Bioinformatique ou équivalent…) et recherchez un stage de six mois dans le domaine de la Bioinformatique à compter de début février 2020.
Vous disposez de solides connaissances en biologie moléculaire, cellulaire et en analyses de données en grandes dimensions. Vous maitrisez les commandes UNIX et un langage de scripts (Perl, Python, …).

Missions :

Rattaché au Service Bioinformatique, votre sujet de stage portera sur le traitement et l’analyse de données issues d’une nouvelle méthode de séquençage d’ARN haut débit, le 3’ RNA-sequencing. L’objectif étant d’identifier des gènes ou des réseaux de gènes induits dans des tumeurs traitées par rapport à des tumeurs non traitées, afin de caractériser les fonctions cellulaires ciblées par le traitement développé chez Transgène.

Dans le domaine de l’immunothérapie, l’usage de virus oncolytiques prend une part de plus en plus importante. Parmi eux, certaines souches de poxvirus possèdent des caractéristiques leur permettant de lutter contre certains cancers en ciblant spécifiquement les cellules tumorales. Dans un effort pour améliorer leur efficacité anti-tumorale, plusieurs souches virales ont été modifiées génétiquement de façon à augmenter d’une part, leur spécificité (capacité à cibler préférentiellement les cellules tumorales) et d’autre part leur activité oncolytique (capacité à détruire les cellules, directement ou via l’activation du système immunitaire).
Le sujet de stage concerne l’étude et la caractérisation de l’une de ces souches virales génétiquement modifiées possédant une activité anti-tumorale clairement supérieure à la souche virale d’origine. L’ARN d’échantillons de tumeurs traitées par la souche virale modifiée ou la souche d’origine sera séquencé par la technique de 3’ RNA sequencing, afin de caractériser l’effet des modifications génétiques introduites dans la souche virale sur les réponses cellulaires au traitement.
Vous serez en charge de traiter et analyser ces données de séquençage d’ARN en utilisant des outils existants ou à développer :
• Traitement et analyse de données de séquençage short reads (Illumina) à partir d’outils tels que Samtools, STAR, …
• Mise au point d’outils d’analyse spécifiques à la nouvelle méthode de séquençage d’ARN utilisée (3’ RNA sequencing)
• Identification et analyse des familles de gènes différentiellement exprimés
• Représentation graphique de données et interprétation biologique
Vous serez amené à effectuer des recherches bibliographiques.

Profil :

Vous êtes reconnu pour votre sens du travail en équipe, votre rigueur et votre motivation. Vous savez faire preuve d’organisation et appréciez travailler en autonomie.
Bonne maîtrise des outils bureautiques, des outils de navigation et de recherche.
Bon niveau d’anglais exigé.

Pour postuler, merci d'adresser vos candidatures à : https://transgene.mycv.tech/fr-offres.html

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente