Exploration et modélisation du réseau métabolique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Détails de renouvellement
Ce sujet pourra déboucher sur une thèse.
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

I2BC - Bâtiment 400 - UFR des Sciences - Université Paris-Sud
91405 Orsay cedex
France

Contacts
Olivier Lespinet
Anne Lopes
Email du/des contacts
olivier.lespinet@u-psud.fr
anne.lopes@u-psud.fr
Description

Contexte : Le métabolisme correspond à l'ensemble des réactions biochimiques qui se déroulent au sein d'un organisme. L'enchaînement de ces réactions correspond aux voies métaboliques qui de part leurs interconnexions constituent le réseau métabolique complet d’un organisme. Ce
réseau métabolique défini les capacités métaboliques de l’organisme: en particulier sa capacité à utiliser des composés chimiques présents dans le milieu et à synthétiser de nouveaux produits.
La grande diversité des réseaux métaboliques reflète la variété de fonctionnement des organismes vivants. Ces réseaux évoluent avec les composants du milieu et les enzymes qui les composent, pouvant ainsi mener à l'émergence de nouvelles voies capables d'élaborer de
nouveaux produits ou d'utiliser de nouveaux substrats. Chaque organisme présente donc un profil métabolique qui illustre ses capacités de transformation des composés chimiques.

Objectifs : L’objectif de ce stage est de concevoir un modèle rendant compte du fonctionnement et de l’évolution du réseau métabolique. Pour ce faire deux approches seront mises en œuvre.
Une première approche consistera à proposer une carte de conservation du réseau métabolique en utilisant les données de profil métaboliques disponibles chez un grand nombre d’organismes.
Une seconde approche consistera à rechercher et à identifier dans les voies métaboliques l’ensemble des modules métaboliques élémentaires (ensemble de plusieurs réactions) qui sont utilisés et associés dans les différentes voies pour constituer le réseau métabolique.
Enfin, les deux approches seront confrontées pour proposer un modèle d’évolution du réseau métabolique.

Compétences techniques recherchées :
Maîtrise d’un langage de script (Perl/Python) et du langage R.
Des connaissances en théorie et manipulation des graphes et réseaux seraient appréciées.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente