analyse de données de NGS : développement de pipelines et de scripts / gestion des données

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

141 rue de la Cardonille
34396 Montpellier 5
France

Contacts
Bernard de Massy
Julie Clément
Email du/des contacts
bernard.de-massy@igh.cnrs.fr
julie.clement@igh.cnrs.fr
Description

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French (English below)
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>>>> Missions
L'ingénieur(e) sera en charge de l'analyse de données de NGS, du développement de pipelines et de scripts et de la bonne gestion des données. Il sera intégré dans une équipe dont l'activité de recherche porte sur l'analyse de différentes propriétés des chromosomes en méiose.

>>>> Activités
- Contribuer au développement et à la maintenance des pipelines d'analyse
- Participer à des projets d'analyse de données NGS (utilisation de pipeline développés dans l'équipe, optimisation des paramètres, choix des outils, comparaison avec des données de la littérature, …)
- Mettre en place les bonnes pratiques de développement
- Support pour la gestion des données
- Veiller au respect des principes d'accessibilité, d'interopérabilité et de portabilité des données et outils.
- Interagir et apporter un soutien technique à l'ensemble de l'équipe.
- Assurer une veille technologique
Ce travail sera supervisé par un chercheur en bio-informatique et devra être effectué en interaction étroite avec les biologistes moléculaires.

>>> Compétences
Connaissances et expertises en bioinformatique, niveau Master.
- Expertise dans l'analyse de données NGS (ex. : ChiP-seq ou RNA-seq)
- Maîtrise de plusieurs langages de script et de programmation parmi bash, C/C++, Perl, Python, R.
- Maîtrise des outils de versioning et développement collaboratif (Git, GitHub)
- Connaissance des gestionnaires de workflow
- Pratique du calcul distribué sur cluster
- Maîtrise de l'anglais pour l'interaction avec les collègues non francophones et la rédaction de documentations
- Pratique d'outils statistiques sous R

>>>> Contexte de travail
L'équipe de B. de Massy développe des projets de recherche sur la recombinaison en méiose chez la souris par des approches génétiques, moléculaires et génomiques. De nombreuses données de génomique sont actuellement générées et doivent être analysées, et également comparées avec les données publiées par d'autres équipes. Un chercheur en bio-informatique dans l'équipe supervise ces analyses.

NB: Candidature UNIQUEMENT en ligne sur le site du CNRS
https://emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/UMR9002-BERROB-006/Default.aspx?lang=…

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English
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>>>> Missions
The engineer will be involved in NGS data analysis, setting up workflow and scripts, and data management. He (she) will be part of a team which research is focused on chromosome biology during meiosis.

>>>> Activities
- Participate in development and maintenance of analysis workflows
- Participate to data analysis in NGS (parameters optimization, strategic choices, database and literature searches…)
- Participate in data management
- Data and tools accessibility and compatibility
- Interaction and exchange with team members
- Follow up of techniques and tools

>>>> Skills
Knowledge and expertise in bioinformatics, master level
- Expertise in NGS data analysis (ie ChIP-seq or RNA-seq)
- Knowledge in programming (bash, C/C++, Perl, Python, R)
- Expertise in networking and shared tools (Git, GitHub)
- Experience with cluster workflows
- High level in English for literature access and sharing with non-french speaking lab members, and data reports
- Knowledge in R for statistical analysis

>>>> Work Context
Bernard de Massy's team is involved in research projects to understand the molecular mechanism and evolutionary implication of meiotic recombination in mice. Multiple experimental approaches are developed from genetics to molecular and cellular biology, biochemistry and genomics. Genomics involved ChipSeq and HiC with data analysis from the team as well as from other teams. A researcher in bioinformatics is supervising these analyses.

NB: Application ONLY on the CNRS website
https://emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/UMR9002-BERROB-006/Default.aspx?lang=…

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente