robustesse du développement à partir d’un jeu original de données RNA-seq

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

ENS de Lyon, site Monod
46 Allée d'Italie
69364 LYON 07
France

Contacts
Arezki BOUDAOUD
Françoise MONEGER
Email du/des contacts
arezki.boudaoud@ens-lyon.fr
francoise.moneger@ens-lyon.fr
Description

Nous recrutons un post-doc pour une durée de 18 mois pour analyser la robustesse du développement à partir d’un jeu original de données RNA-seq.

Nous nous intéressons à la robustesse du développement et utilisons le sépale d'Arabidopsis comme modèle d'étude. Nous avons généré des RNA-seq de sépales isolés ainsi que des données de géométrie 3D pour chaque sépale grâce à de l’imagerie par microscope confocal. Nous avons obtenu un premier jeu de données de 30 sépales et un deuxième jeu de 60 sépales dont 30 proviennent de plantes ayant poussé dans des conditions qui augmentent la variabilité de forme et de taille des sépales. Au total donc 90 RNA-seq et 90 reconstructions 3D de sépales isolés. Le post-doc utilisera ce jeu de données pour analyser la variabilité d'expression des gènes du sépale et la relier à la robustesse de la forme et de la taille du sépale. Elle/il pourra utiliser des méthodes d’inférence de réseaux de gènes, évaluer si les gènes avec fort ou faible variabilité partagent des propriétés au niveau de leur fonction (ontologies) mais aussi au niveau de leur position dans le réseau d'interaction du sépale. Elle/il examinera si l'expression de certains gènes fluctue de façon corrélée ou anti-corrélée avec les paramètres géométriques des sépales afin de fournir des pistes sur les mécanismes qui contrôlent la forme et la taille des sépales. Un premier objectif sera de tirer des conclusions globales à partir des premières analyses dans le but d'écrire un article avec les résultats obtenus dans un délai relativement court.

Le/la post-doc sera employé(e) par l'ENS de Lyon au Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes dans l'équipe Biophysique et développement pour travailler avec Arezki Boudaoud et Françoise Monéger. Début du contrat de préférence avant le 1er avril 2020.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente