analyses de données RNA-seq

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

ENS de Lyon, site Monod
46 Allée d'Italie
69364 LYON 07
France

Contacts
Arezki BOUDAOUD
Françoise MONEGER
Email du/des contacts
arezki.boudaoud@ens-lyon.fr
francoise.moneger@ens-lyon.fr
Description

Nous recrutons un(e) ingénieur(e) pour une durée de 18 à 24 mois (selon expérience) pour analyser un jeu original de données RNA-seq.

Nous nous intéressons à la robustesse du développement et utilisons le sépale d'Arabidopsis comme modèle d'étude. Nous avons généré des RNA-seq de sépales isolés ainsi que des données de géométrie 3D pour chaque sépale grâce à de l’imagerie par microscope confocal. Nous avons obtenu un premier jeu de données de 30 sépales et un deuxième jeu de 60 sépales dont 30 proviennent de plantes ayant poussé dans des conditions qui augmentent la variabilité de forme et de taille des sépales. Au total donc 90 RNA-seq et 90 reconstructions 3D de sépales isolés. Nous voudrions utiliser ce jeu de données pour analyser la variabilité d'expression des gènes du sépale et relier cela à la robustesse de la forme et de la taille du sépale. Pour cela, nous utiliserons des méthodes telles que l’analyse de co-expression, la caractérisation de la structure de réseaux d’interaction, l’analyse de corrélations partielles. Les résultats obtenus seront croisés avec les ontologies des gènes et des données omiques publiques. L'objectif sera de faire une série d'analyses de base adaptées à nos données afin de tirer des conclusions globales.

L'ingénieur(e) sera employé(e) par l'ENS de Lyon au Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes dans l'équipe Biophysique et développement pour travailler avec Arezki Boudaoud et Françoise Monéger. Début du contrat de préference avant le 1er avril 2020.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente