base de données FAST DB

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

19, rue Claude Bernard
75005 Paris
France

Contacts
Pierre de la Grange
Email du/des contacts
pierre.delagrange@genosplice.com
Description

GenoSplice (www.genosplice.com) est une société de services en bioinformatique, spécialisée dans l’analyse de données omiques et en particulier de données transcriptomiques.
La qualité des analyses de GenoSplice repose en partie sur sa base de données d’annotations de gènes appelée FAST DB (de la Grange et al., Nucleic Acids Res. 2005 ; de la Grange et al., BMC Bioinformatics. 2007). Cette base de données présente les exons, transcrits et évènements d’épissage alternatif pour l’ensemble des gènes de l’homme, de la souris, du rat, ainsi que pour ceux d’autres espèces modèles utilisées en recherche biomédicale.
FAST DB est une source d’annotations précieuse et évolutive qui est utilisée pour l’analyse de données de nombreux projets de recherche (Traoré et al., Sci Transl Med. 2019 ; Furlanis et al., Nat Neurosci. 2019 ; Cifdaloz et al., Nat Commun. 2017 ; Schaller et al., PNAS ; Traunmüller et al., Science 2016 ; Bechara et al., Mol Cell. 2013 ; Jia et al., Cell 2012 ; Fugier et al., Nat Med. 2011), et notamment pour l’analyse de données de séquençage de transcriptomes sur cellules uniques (« single-cell »).

Dans ce contexte, GenoSplice propose un stage dont les objectifs seront de :
- Faire évoluer la base de données FAST DB vers sa version « 2020 » ;
- Intégrer ces nouvelles annotations pour l’analyses des données de single-cell ;
- Etudier et implémenter certains des outils récents dédiés à l’analyse et l’interprétation des données de single-cell.

Pour effectuer ce stage, GenoSplice recherche un étudiant de Master 2 en bioinformatique motivé avec de bonnes connaissances en bioinformatique et en programmation (la maîtrise de Java, de R, de SQL et d’un langage de script tel que Python ou Perl est impérative), ainsi qu’un intérêt pour le single-cell. Les candidats désirant continuer leur carrière dans une structure privée telle que GenoSplice par la suite sont fortement encouragés à postuler.

Ce stage est prévu pour une durée de 6 mois, commençant à partir du premier trimestre 2020, avec gratification. Les étudiants potentiellement intéressés sont encouragés à contacter GenoSplice pour toute question.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente