Informaticien / bioinformaticien coordinateur de la bioinformatique clinique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

26, rue d’Ulm
75248 Paris 05
France

Contacts
Anne SALOMON, Chef du Pôle de Médecine Diagnostique et Théranostique
Emmanuel BARILLOT, Directeur de la plate-forme bioinformatique U900
Marie-Laure CIRIANI, Assistante de Direction
Email du/des contacts
Anne.Salomon@curie.fr
Emmanuel.Barillot@curie.fr
Marie-Laure.Ciriani@curie.fr
Description

Encadrement de l’Unité de Bioinformatique clinique.

L'unité de bioinformatique clinique a pour missions la mise en œuvre, le suivi et l’exploitation des solutions bioinformatiques liées aux diagnostics en oncologie. Le responsable s'assurera avec son équipe du bon déroulement des pipelines d'analyses, jusqu’à la livraison des résultats aux cliniciens et porteurs de projets après leurs validations par les biologistes. Il mettra en place des contrôles de qualité adaptés aux différentes étapes des analyses. Ce rôle est assuré en étroite liaison avec la DSI et la plate-forme bioinformatique de l’U900 en suivant les bonnes pratiques requises dans le cadre d’une activité diagnostic.

En parallèle de l’activité diagnostic, l’unité participe activement avec l’unité bioinformatique de l’unité U900 et les praticiens du PMDT à l’organisation et au déploiement de projets nationaux, tels que Seqoia IT.

Principales activités
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* Développement des pipelines dédiés au diagnostic
Recueillir les besoins des cliniciens et des biologistes
Proposer des évolutions de pipelines en fonction des nouveaux outils et des bases de données disponibles
* Industrialisation des processus
Assurer la mise en production des nouveaux développements
Mettre en place un système d’intégration continue
Garantir un service de qualité dans la livraison quotidienne des résultats d’analyses bioinformatiques pour le diagnostic
* Mise en œuvre d'une démarche qualité, et amélioration des bonnes pratiques et procédures
Définir et faire évoluer les bonnes pratiques au sein de l’équipe
Contribuer à la démarche d’accréditation et garantir la traçabilité et la reproductibilité des analyses
* Encadrer l’Unité de Bioinformatique Clinique :
définir les rôles de chacun (deux ingénieurs dans l'équipe actuellement)
assurer le suivi de la feuille de route : définition des étapes, des dépendances, évaluation des coûts et les délais
* Communiquer avec les plateformes impliquées dans la génération des données et leur analyse 
* Communiquer en interne avec le personnel impliqué dans l'interprétation des données 
* Participer à des groupes de travail nationaux, répondre à des appels d’offre nationaux et internationaux. Participer à la veille technologique, enseignement, publications et communications.

Compétences requises
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* Expertise en industrialisation des processus pour contribuer à l’optimisation des workflows d’analyse diagnostique au cœur de l’activité de la bioinformatique clinique
* Suivi des évolutions cluster / stockage en lien direct avec la DSI de l’Institut Curie pour garantir les rendus conformes aux besoins diagnostiques
* Expérience dans l’utilisation de conteneurs de type singularity
* Compétences managériale, esprit de synthèse et capacités d’écoute
* Avoir un fort attrait pour les interactions avec les biologistes, les techniciens et ingénieurs impliqués dans le diagnostic
* Autonomie, rigueur et dynamisme
* Anglais courant
* Connaissances en analyses haut débit
* Notions en analyse d’image, intelligence artificielle et cytométrie seraient un plus de façon à accompagner l’évolution de l’activité du pôle.

Diplômes / qualifications requis(es)
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Etre titulaire d’un Doctorat ou d'un Diplôme d'Ingénieur en Bioinformatique ou Informatique complété par une expérience interdisciplinaire d’au moins 3 ans. Avoir une expérience de management d’équipe.

Merci d’envoyer votre candidature (CV et lettre de motivation) à Salomon Anne, Barillot Emmanuel et Ciriani Marie-Laure :
Anne.Salomon@curie.fr
Emmanuel.Barillot@curie.fr
Marie-Laure.Ciriani@curie.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente