Développeur informatique d’applications scientifiques en métabolomique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Centre INRAE de Clermont Ferrand-Theix.
63122 ST GENES CHAMPANELLE
France

Contacts
Franck Giacomoni
Estelle Pujos-Guillot
Email du/des contacts
franck.giacomoni@inrae.fr
estelle.pujos-guillot@inrae.fr
Description

## Sujet :
Réalisation d’outils Galaxy pour l’analyse de données LC-MSMS sur la Plateforme d’Exploration du Métabolisme - Centre INRAE de Clermont Ferrand-Theix.

## Contexte :
La Plate-Forme d'Exploration du Métabolisme (MetaboHUB-Clermont) est une infrastructure scientifique collective INRAE qui a pour objectif de mettre à disposition de la communauté scientifique publique et privée, les concepts, les méthodes et les outils consacrés à l'étude du métabolisme. La composante métabolomique centre son travail sur l’étude du « Métabolome » en utilisant des approches méthodologiques de spectrométrie de masse, en bioanalyses et en bioinformatique. Le traitement des signaux issus de ces analyses est centralisé sur un système de gestion de workflows bioinformatiques Galaxy adapté à la métabolomique – Workflow4Metabolomics[1]. Dans le cadre du projet RHU Chopin (CHOlesterol Personalized INnovation) et d’une collaboration avec l’ICAN et le LABERCA, l’ingénieur recruté participera au développement informatique d’un workflow complet d’analyse de données acquises par spectrométrie de masse haute résolution couplée à la chromatographie liquide (LCMS).

## Activités pendant le contrat :
* Développement d’outils bioinformatiques sous R et Perl et de banques utiles aux traitements des données LC-MS/MS
* Intégration du workflow développé sur l’instance Galaxy W4M.

## Compétences allant être acquises lors du contrat :
* Connaissance d'un environnement pluridisciplinaire dans un laboratoire de recherche,
* Initiation aux environnements virtualisés,
* Connaissance de la plateforme informatique Galaxy (https://galaxyproject.org/)
* Maîtrise des outils de traitement couramment utilisés en métabolomique,
* Consolidation des compétences de programmation informatique et en génie logiciel,

## Pré-requis :
* Posséder une double compétence en Biologie (Post génomique) et en Informatique.
* Être motivé pour évoluer dans un environnement pluridisciplinaire (Biologie, Chimie, Informatique) et interagir avec différents acteurs lors du stage.
* Maîtriser le travail sur ordinateur avec des applications spécifiques (installation, configuration, utilisation) sous environnement Windows / Linux.
* Connaissance d'un langage de programmation (PERL et/ou R) et connaissance de XML.
* Savoir être rigoureux(se), organisé(e) et autonome.

## Contrat :
Durée et période souhaitées : Contrat de 10 mois, à partir du 1er mars 2020.
Rémunération : Niveau Ingénieur d’étude ou de recherche selon profil/expérience (BAP E)

## Contacts : si vous êtes intéressé, envoyez votre candidature (CV + lettre de motivation et UNE lettre de recommandation) par mail à :
• Franck Giacomoni, franck.giacomoni@inrae.fr, Tél : 04/73/62/47/72
• Estelle Pujos-Guillot, estelle.pujos-guillot@inrae.fr

Biological computing & Metabolomics, PlateForme 'Exploration du Métabolisme' – UNH. Centre INRAE de Clermont Ferrand Theix.
Réponse souhaitée avant le 01/02/2020 - Indiquer [CDD IE CHOPIN-LCMSMS] dans le titre de votre email.

[1] Giacomoni F., Le Corguillé G., (2015). Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics. Bioinformatics, http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu813

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente