Modélisation des relations carbone x azote chez Arabidopsis thaliana

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Cité Scientifique
59655 Villeneuve d'Ascq
France

Contacts
Charlotte Baey
Céline Richard-Molard
Email du/des contacts
charlotte.baey@univ-lille.fr
celine.richard-molard@inrae.fr
Description

L'adaptation d'une plante à la quantité d'azote disponible dépend d'un certain nombre de facteurs environnementaux et génétiques. L'azote jouant un rôle essentiel dans plusieurs processus métaboliques et dans la production de biomasse, il est alors nécessaire de prendre en compte l'effet d'un excès ou d'un déficit en azote lorsque l'on modélise la croissance d'une plante.
A cet effet, un modèle de type structure-fonction (i.e. permettant de combiner la description du développement de la structure de la plante et son fonctionnement à travers les différents processus éco-physiologiques mis en jeu) a été proposé pour Arabidopsis thaliana (Richard-Molard et al. 2009).
Ce modèle permet de modéliser le processus de croissance comme un système dynamique, en partant d'un état initial X_0 correspondant au début du régime autotrophe (i.e. lorsque la plante ne dépend plus des réserves de la graine). Plus précisément, si on représente l'état de la plante au jour t à l'aide d'un vecteur X_t (contenant par exemple la masse des feuilles, des racines, la quantité d'azote dans les feuilles, ...), on peut écrire :
condition initiale : X_0
système dynamique : X_t = f(X_{t-1}),
où f représente le modèle de croissance. Ce premier modèle a été implémenté sous Python.

Une extension de ce modèle a été proposée il y a quelques années (travaux non publiés), permettant de partir d'un état initial de la plante situé au moment de la levée. Ce deuxième modèle a été codé sous C++.

L'objectif du stage est de combiner ces deux versions tout en proposant une simplification du code Python initial. En effet, le code a été écrit sous Python 2, et la nouvelle version combinant les deux versions précédentes du code devra être développée en Python 3.

En fonction du temps et des envies du candidat, on pourra s'orienter dans un second temps dans l'une des directions suivantes : i) mettre au point une interface utilisateur sur la base de l'interface précédente, ii) intégrer une partie des méthodes statistiques développées dans le code C++, ou iii) adapter et valider le modèle sur le colza.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente