Etude de l’évolution des génomes de plantes

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

5 chemin de beaulieu
63000 clermont fd
France

Contacts
jerome.salse@inra.fr
caroline.pont@inra.fr
Email du/des contacts
jerome.salse@inra.fr
caroline.pont@inra.fr
Description

Projet : Le projet de recherche vise à comprendre l’évolution des génomes de plantes à fleurs (angiospermes) par la comparaison des génomes de plus de 50 espèces à disposition dans le domaine public. Les méthodes décrites dans l’article Murat et al. 2017 seront appliquées à cette grande diversité d’espèces afin de (1) mettre en évidence les fonctions et régulations des gènes conservés par rapport aux gènes spécifiques d’espèces ; (2) reconstruire le scénario évolutif des plantes à fleurs à partir de leurs ancêtres fondateurs ainsi que les réarrangements génomiques majeurs associés ; (3) mettre en évidence les fonctions géniques associées à des traits d’histoire de vie majeurs pour la sélection variétale des plantes d’intérêt agronomique. D’un point de vue de la recherche fondamentale, ces données permettront d’étudier les mécanismes génomiques à l’origine du succès adaptatif des plantes à fleurs sur près de 250 millions d’années d’évolution. D’un point de vue de la recherche finalisée, cette analyse comparative à grande échelle chez les plantes à fleurs permettra d’exploiter les connaissances acquises chez les espèces modèles aux espèces d’intérêt agronomique. L’équipe d’accueil assure l’accès aux outils et ressources (bio-)informatiques nécessaires à la pleine réalisation du projet.

Compétences :
- Maîtrise des langages de programmation (parmi C, Python, perl, JAVA, SQL…) ainsi que des outils d’interfaçage (parmi HTML, CGI MySQL, PHP, perl CGI…) appliqués aux systèmes d'exploitation classiques (parmi IRIX, Linux, SOLARIS…).
- Maîtrise des outils d’exploitation des séquences (comparaison de séquences, utilisation de banque de données biologiques, alignements multiples, phylogénie…).
- Maîtrise des techniques de sélection, exploration, modification et modélisation de grandes bases de données (R, Access…) et des méthodes statistiques exploratoires ou prédictives (Parmi AFCM, ACP, analyse discriminante, classification, régression, permutation…) associées.

Référence:
Reconstructing the genome of the most recent common ancestor of flowering plants.
Murat F, Armero A, Pont C, Klopp C, Salse J.
Nat Genet. 2017; 49(4):490-496. doi: 10.1038/ng.3813.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente