Ingénieur-e en biologie computationnelle pour l'annotation fonctionnelle

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

24 chemin de Borde-Rouge - Auzeville
31326 Castanet-Tolosan
France

Contacts
Bertrand Servin
Christophe Klopp
Email du/des contacts
bertrand.servin@inrae.fr
christophe.klopp@inrae.fr
Description

GenPhySE est une unité mixte de recherche entre INRAE, l'Institut National Polytechnique de Toulouse et l'Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse. Créée en 2014 par la fusion de trois unités toulousaines, elle regroupe 155 agents permanents et environ 80 non titulaires et réunit des compétences de biologie moléculaire, de physiologie, de génétique quantitative et de mathématique et statistique. Vous serez positionné-e pour 50 % dans l'équipe DynaGen (Dynamique des Génomes) et pour 50 % dans l'équipe Sigenae (plateforme d'analyse bioinformatique de données de génomique animale).
Les compétences de l'équipe DynaGen sont la génétique des populations, la génétique quantitative, la biostatistique et la bioinformatique. Elle a récemment été associée à de nombreux projets nationaux et internationaux, de séquençage et d'analyse de la diversité des génomes des espèces d'élevage (porc, vache, poulet, chèvre). Elle copilote par ailleurs le projet FR-AgENCODE, et coordonne les analyses intégratives de données fonctionnelles haut-débit produites par ce projet pour à la fois mieux annoter les génomes de ces espèces et mieux en comprendre le fonctionnement et leur évolution.

La plate-forme Sigenae regroupe sept ingénieurs (dont 4 sont rattachés à GenPhySE) venant de quatre départements de recherche de INRAE (Génétique Animale, Physiologie Animale et Systèmes d'élevage, Santé Animale et Mathématiques et Informatique Appliquées). Elle accompagne les biologistes dans le traitement et l'analyse des données issues des technologies de haut débit. Les ingénieurs participent aux projets de recherche en traitant les données, en formant les biologistes et partageant leur expertise.

Vous participerez, en étroite interaction avec les chercheurs de l'équipe, à l'analyse de données génomiques et post-génomiques à haut-débit dans le cadre de l'annotation fonctionnelle des génomes. Vous devrez concevoir, évaluer, implémenter et appliquer des méthodes ou outils mathématiques et informatiques pour l'analyse de données produites par du séquençage haut-débit. Vous devrez, compte tenu de votre positionnement entre les équipes DynaGen et Sigenae, faciliter le transfert de connaissances et de compétences entre équipes.
Vous devrez échanger aussi bien avec les biologistes qu'avec les autres informaticiens ou mathématiciens pour mettre en place des analyses appropriées et pour communiquer les résultats. Vous contribuerez à renforcer le rôle de l'unité et du département dans l'action internationale FAANG (www.faang.org) pour l'annotation génomique des animaux d'élevage.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente