Ingénieur.e d’étude en Bioinformatique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

27, Bd Leï Roure, CS 30059
Inserm 1068 - CNRS 7258 - Aix-Marseille Université 105 - Institut Paoli Calmettes
13273 MARSEILLE 09
France

Contacts
Fabienne BRENET
Email du/des contacts
fabienne.brenet@inserm.fr
Description

Le projet concerne l’identification et l’étude des dérégulations transcriptomiques et métaboliques associées au développement et à la progression des hémopathies malignes. Le/La candidat(e) sera en charge de l’analyse de données de séquençage haut débit issues de cohorte de patients ou de la littérature ainsi que de l’analyse de données métabolomiques. Il/Elle travaillera sous la supervision de Fabienne Brenet dans l’équipe «Signalisation, Hématopoïèse et Mécanismes de l’Oncogenèse » au sein du Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM) ainsi qu’avec un réseau de bioinformaticiens experts dans ces analyses au sein de la plateforme de Bioinformatique Intégrative (CIBI) du CRCM (Marseille) sous la supervision de Ghislain Bidaut et Samuel Granjeaud. Il/Elle devra prendre en main des pipelines déjà conçus, les adapter aux besoins des projets et produire des rapports de résultats en tenant compte des demandes du porteur du projet.

Activités principales :
- Participer à des projets d’analyses de données de séquençage haut débit (RNA-Seq) et de données métabolomiques (signatures, enrichissement, visualisation des réseaux).
- Utilisation de pipelines développés sur la plateforme, optimisation des paramètres. Ÿ Comparaison avec des données de la littérature.
- Interfaçage avec une équipe de biologistes et une plateforme de bioinformatique.

Savoir-faire :
- Maîtrise de l’environnement R/Bioconductor sous RStudio.
- Production de rapports en R Markdown.
- Connaissances en analyse RNA-Seq.
- Utilisation d’un cluster de calcul sous Linux.
- Des connaissances en analyse métabolomique sont un plus mais par requises.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente