Longs ARN non codants de microalgues

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
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Date de prise de fonction
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Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

/Université du Mans Avenue Olivier Messiean
72000 Le Mans 09
France

Contacts
Nathalie Casse 02 43 83 32 46
Benoît Chénais 02 43 83 32 51
Email du/des contacts
ncasse@univ-lemans.fr
bchenais@univ-lemans.fr
Description

Longs ARN Non COdants de Microalgues
Ce projet se propose d’identifier, par des outils bioinformatiques, les longs ARN non codants chez deux espèces de microalgues, Haslea ostrearia et Tisochrysis lutea.
Les microalgues forment le phytoplancton. Elles sont à l’origine de l’essentiel de la production primaire en milieu marin. Haslea ostrearia est une microalgue qui contient de la marennine, un pigment bleu à l’origine du verdissement des huîtres (fines de claires vertes). La marennine est notamment étudiée pour ses propriétés anti-microbiennes. Tisochrysis lutea est une microalgue abondante dans le phytoplancton marin. Elle sert d’aliment (algue fourrage) en écloserie et en aquaculture.
Les lncARN sont caractérisés par une taille supérieure à 200 nucléotides. Ils ne présentent pas de cadre de lecture ouvert (ORF), ne codent donc pas de protéines mais peuvent produire de petits peptides. Comme les ARNm, les lncARN possèdent une coiffe en région 5’ et sont polyadénylés en région 3’, même si la polyadénylation n’est pas une règle absolue pour eux. Certains lncARN sont épissés alors que d’autres ne le sont pas. Bien que leurs fonctions soient encore largement méconnues, ils interviennent dans la régulation de l’expresssion des gènes.
L’objectif essentiel du projet consistera à recenser les longs ARN non codants et à identifier les séquences d’ADN qui leur donnent naissance. Une attention particulière sera portée sur les éléments transposables, qui sont des séquences d’ADN mobiles pouvant se déplacer dans le génome et qui pourraient produire une part non négligeable des longs ARN non codants.
Les éléments transposables (ET) sont des séquences d’ADN qui pour se déplacer dans les génomes utilisent soit un intermédiaire ARN, ce sont les éléments de classe I soit directement la séquence de l’élément déplacé alors directement sous forme d’ADN, ce sont les éléments de classe II. L’ensemble des éléments transposables d’un génome peut constituer une part conséquente de l’ADN, variant de quelques pourcents chez les bactéries à plus de 90% dans certains végétaux. Chez la microalgue Tisochrysis lutea, une première estimation indique une proportion d’ET supérieure à 20%. Si les ET contiennent les gènes permettant la production des enzymes de la transposition, de très nombreux d’entre eux ont des gènes mutés empêchant la synthèse de ces enzymes. Cependant, la production d’ARN non codants à partir de séquences d’ET mutées n’est pas à exclure.
Les données dont nous disposons à ce jour : le génome de référence de Tisochrysis lutea, et plusieurs transcriptomes affiliés. Le génome d’Haslea ostrearia est en cours d’acquisition ainsi que les transcriptomes associés.
Les compétences recherchées pour mener à bien cette étude : le candidat aura de solides compétences en Bioinformatique ; des connaissances en biologie (structure et évolution des génomes) seront appréciées.

Long non coding RNAs in Microalgae

This project aims to identify, using bioinformatics tools, the long non-coding RNAs in two species of microalgae, Haslea ostrearia et Tisochrysis lutea.
Microalgae form phytoplankton. They are responsible for most of the primary production in the marine environment. Haslea ostrearia is a microalga that contains marennine, a blue pigment that causes oysters to become green (fines de claire oysters). Marennine is notably studied for its anti-microbial properties. Tisochrysis lutea is an abundant microalga in marine phytoplankton. It is used as feed (seaweed fodder) in hatcheries and in aquaculture.
The lncRNAs are characterized by a size greater than 200 nucleotides. They do not have an open reading frame (ORF), therefore do not encode proteins but can produce small peptides. Like mRNAs, lncRNAs have a cap in 5’ region and are polyadenylated in 3’ region, even if polyadenylation is not an absolute rule for them. Some lncRNAs are spliced while others are not. Although their functions are still largely unknown, they are involved in the regulation of gene expression.
The main objective of the project will be to identify long, non-coding RNAs and identify the DNA sequences that give rise to them. Particular attention will be paid to the transposable elements, which are mobile DNA sequences which can move in the genome and which could produce a non-negligible part of the long non-coding RNAs.
The transposable elements (ET) are DNA sequences which, in order to move in the genomes, use either an RNA intermediate, these are class I elements or directly the sequence of the element moved in its the DNA form, this are class II elements. All of the transposable elements of a genome can constitute a substantial part of DNA, varying from a few percent in bacteria to more than 90% in some plants. In the microalga Tisochrysis lutea, our first estimation indicates a proportion of TE greater than 20%. While ETs contain the genes for producing enzymes for transposition, many of them contain mutated genes that prevent the synthesis of these enzymes. However, the production of non-coding RNA from mutated ET sequences cannot be excluded.
The data we have to date: the reference genome of Tisochrysis lutea, and several affiliated transcriptomes. The Haslea ostrearia genome is currently being acquired, as well as the associated transcriptomes.

The skills sought to carry out this study: the candidate will have solid skills in Bioinformatics; knowledge in biology (structure and evolution of genomes) will be appreciated.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente