Historique

Une brève histoire de la SFBI, par Alain Guénoche - Avril 2018

La renaissance de la bioinformatique en France eut lieu grâce à une école, organisée à Massy-Palaiseau début Avril 1991 par Alain Hénaut. Il avait invité les plus grands noms de la Biologie Moléculaire française,  à présenter les problèmes méthodologiques liés aux analyses des séquences d'ADN, ARN ou d'acides aminés. Tous s'adressaient à un public de chercheurs et d'enseignants-chercheurs en Mathématique et Informatique prêts à diriger des thèses sur ces questions. J'ai eu la chance d'y participer. On nous a exposé les problèmes : le séquençage (assembler des morceaux de séquences), la recherche de séquences similaires dans une base de séquences, la prédiction des structures bi et tri dimensionnelles des ARN et des protéines, la recherche efficace de motifs communs ou spécifiques (exacts ou approchés) entre deux ou plusieurs séquences, la phylogénie moléculaire, etc. Au bout de ces cinq jours, j'ai complètement adhéré à ce thème de recherche.

Je dis renaissance et non pas naissance, car il y avait bien sûr de la recherche dans ce domaine, ne serait-ce qu'au Génoscope (pas encore à Evry, mais qui proposait déjà des séquences de génome humain), ou dans des équipes de laboratoires pionniers comme le LBBE, à Lyon ou l'Atelier de Bioinformatique (ABI) à Paris.

De cette école de Massy-Palaiseau, sont nés un GDR Génomes et Informatique, des groupes de travail sur différents  thèmes de recherche en bioinformatique  et une commission chargée de rédiger des appels d'offre, de sélectionner les projets et de distribuer les crédits accordés par le CNRS. Cette commission d'experts a fonctionné plusieurs années et a fini par être appelée "commission d'auto-distribution" tant la part de crédit que ses membres s'attribuaient était importante ! Elle organisait aussi une réunion nationale annuelle, où essentiellement les doctorants venaient présenter leurs travaux de thèse. A cette époque, la communauté bioinformatique n'était pas très nombreuse, une centaine de chercheurs et d'enseignants-chercheurs, et tout le monde savait qui faisait quoi dans ce Landerneau d'Info-Bio-Math, car c'est ainsi qu'il aurait fallu l'appeler. C'est à cette époque que sont nés les véritables groupes de travail thématiques (par exemple le groupe Alphy né en 1993) qui ont organisé leur propres réunions.

En 2000, Olivier Gascuel, qui montait son équipe à Montpellier et Marie-France Sagot de l’Institut Pasteur, ont décidé d'organiser un vrai colloque, avec conférenciers étrangers invités, comité de programme sélectif, et actes publiés (LNCS). Les origines brésiliennes de Marie-France ont beaucoup influé sur son nom : JOBIM. La première édition a eu lieu à Montpellier à l'automne 2000. Vu le succès, la série s'est prolongée et une commission (dite JOBIM Canal Historique) désignée par les fondateurs prenait en charge la désignation des futurs organisateurs, en fonction des rares propositions qu'il fallait susciter. J'en ai fait partie certaines années, et je trouvais que la communauté info-bio-math manquait de structuration.

Je venais d'une famille math-info dans laquelle les sociétés savantes sont de mise, à l'instar de la fameuse SMF, largement subventionnée par le CNRS. Plus modestement, la Société Française de Classification (SFC), adhérente de l'International Federation of the Classification Societies (IFCS) organisaient des colloques nationaux, (tous les ans) et internationaux (tous les deux ans), éditaient un bulletin d'informations (News and Books) et il me semblait qu'il était temps de faire de même. En accord avec la commission JOBIM, prête à lui confier ses fonctions, je me suis lancé dans les démarches administratives pour créer à Marseille une association loi de 1901, la Société Française de Bionformatique (SFBI).

Ces démarches ne sont pas très contraignantes. Il faut rédiger des statuts et je me suis inspiré de ceux de la SFC. Il faut présenter un bureau composé de trois membres au sein d'un conseil qui en comporte neuf, de façon à couvrir plus ou moins largement les villes où il y avait d'importantes équipes. Il faut aussi déposer les statuts à la préfecture et donner une adresse, la mienne. Le premier conseil était composé de : Vice présidents Jean Lobry et Claudes Thermes, Trésorier Joël Pothier, Webmaître Laurent Mouchard, Secrétaires Nicolas Galtier et Jacques Nicolas, Rédacteurs Hidde de Jong et Yves Quentin. Je ne pouvais faire autrement que de me désigner président. Ainsi, la SFBI fut créée le 1 Juin 2005. 

Le plus important à trouver était le webmaître et heureusement que Laurent Mouchard, qui s'occupait déjà  de la liste bioinfo, a bien voulu réaliser un premier site, car j'étais incapable de le faire (et je le suis toujours). Dans mon esprit, les membres du bureau en auraient été les rédacteurs et le webmaître les auraient mises en ligne. Ce site devait rendre accessible à tous, adhérents ou non, un certains nombre de rubriques :
- le recensement des équipes constituées,
- l'enseignement universitaire et les écoles d'été,
- le répertoire des thèses et habilitations,
- les postes mis aux concours CNRS, INRA, INRIA, INSERM, IRD, Universités, postdoc, etc..
- les appels d'offre des contrats de recherche,
- des notes de lecture sur les livres,
- la désignation du groupe qui prend en charge l'organisation de la conférence nationale JOBIM.

Au premier renouvellement du bureau, après un an d'exercice, j'ai laissé ma place à Guy Perrière, qui l'a laissé en 2010 à Sophie Schbath . C'est elle qui a repris les choses en main sérieusement, à commencer par le site informatique, et qui a ajouté l'importante rubrique des offres d'emplois triées. Après six ans d'un activisme soutenu - son image de marque - elle a passé la main à Morgane Thomas-Chollier, à qui je souhaite une longue présidence.

Et qu'en est-il de JOBIM ? Depuis Montpellier qui a repris l'organisation en 2010, une dizaine de villes universitaires ont établit une sorte de ronde, de laquelle Montréal est sorti et peut être qu'une ville suisse entrera, pour prendre en charge l'organisation de plus en plus lourde du colloque qui réunit de quatre à cinq cents personnes. Faute de candidature en 2007, j'avais, avec Bernard Jacques, désigné Marseille. Onze ans plus tard, Christine Brun, autrefois co-présidente du comité de programme, a repris la charge et je souhaite d'une part son succès et d'autre part que la ronde persiste.