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Analyse à haute résolution de la structure spatiale des chromosomes eucaryotes

Le génome de chaque espèce est unique mais l’organisation spatiale des génomes dans le noyau des cellules eucaryotes semble être régie par des règles similaires. Les longues molécules d'ADN qui constituent les chromosomes doivent être fortement compactées pour tenir dans le noyau. Toutefois, il n'est pas question de replier les chromosomes au hasard! Des compartiments génomiques se forment alors séparant les régions contenant les gènes actifs des régions inactives.

Bioinformatique en pharmacogénétique hospitalière

Développement d'un pipeline pour l'interprétation de données de génétique spécifiques à la pharmacologie des opioïdes, intégrant le recours à des outils en ligne et des outils disponibles au laboratoire développés sous Python3.
Autonomie complète pour le choix de l'approche bioinformatique.
Synergie avec les biologistes impliqués dans les projets de recherche en cours.

M1 - Apport de l’analyse protéomique dans les réactions post-transfusionnelles plaquettaires

Titre : Apport de l’analyse protéomique dans les réactions post-transfusionnelles plaquettaires

Structure d’accueil : EFS Rhône-Alpes-Auvergne,
Département scientifique, Site de Saint Etienne.
Equipe « Plaquettes et inflammation / Transfusion »
25, boulevard Pasteur, 42023 SAINT-ETIENNE.

Laboratoire d’accueil : GIMAP/EA3064
Faculté de Médecine Jacques Lisfranc
Université de Lyon-Saint Etienne , Campus Santé Innovations
10 rue de la Marandière
42270 Saint-Priest-en-Jarez

2.5 year post-doctoral position in Computational Epigenetics of Cancer

<p align="center"><strong>Group &ldquo;Computational Epigenetics of Cancer&rdquo; (PI: Valentina Boeva)</strong></p><p align="center">24 rue du Faubourg Saint-Jacques, 75014 Paris, France</p><p>&nbsp;</p><p align="center"><strong>2.5 year post-doctoral position in computational epigenetics of cancer:</strong></p><p align="center"><strong>Intratumor epigenetic heterogeneity and cell plasticity in neuroblastoma</strong></p><p align="center

L3/M1/M2 intership: Reconstruction of transcriptional circuitries based on epigenetic data of cancer samples

<p>Master project: Reconstruction of transcriptional circuitries based on epigenetic data of cancer samples</p><p>Starting date: January 2019 or later</p><p>This project will focus on the development of a Python method to reconstruct transcriptional regulatory circuitries using epigenetic and transcriptional data (ChIP-seq/ATAC-seq + RNA-seq) in cancer samples.

Mise au point d’une méthode d’identification et de détection d’organismes vivants à travers des méthodes de d'apprentissage automatique (deep learning, CNN, ...)

<p>Mise au point d&rsquo;une méthode d&rsquo;identification et de détection d&rsquo;organismes vivants à travers des méthodes de d&#39;apprentissage automatique (deep learning, CNN, ...)</p><p>La prédation des ravageurs est reconnue comme un moyen important de lutte biologique. Cependant, la quantification des taux de prédation et des conséquences sur la démographique du ravageur et de ses dégâts sur la culture demeurent de réels défis sur le terrain.

Development and integration of computational tools for the analysis of linked-read whole genome sequencing data to identify new causes of primary microcephaly.

<p>CONTEXT</p><p>Primary Microcephalies (PMs) are a group of rare genetic disorders usually detected during pregnancy and characterized by an occipitofrontal circumference (OFC) below the normal range at birth. Their prevalence is about 1/150,000 in Europe. The consequences of microcephaly are mild to severe intellectual disability and epilepsy. These patients exhibit a severe handicap and few autonomy in adulthood. No treatment is available. The risk of recurrence for the families is high, between 25% and 50% according to the mode of inheritance.

Stagiaire (2 à 6 mois) - Développeur en (bio)Informatique - H/F

Basé sur notre site de Marcy L’Etoile (69, en région lyonnaise) nous recherchons :

Stagiaire (2 à 6 mois)

- Développeur en (bio)Informatique - H/F (50312)

Missions :

Le séquençage à haut débit est une technologie relativement récente, en pleine expansion, qui permet de séquencer rapidement l’ADN d’un organisme. Elle génère de très grandes quantités de données (fichiers de sortie de plusieurs millions de lignes) qui nécessitent le développements d’outils spécifiques pour gérer et manipuler ces données.

Research engineer in bioinformatics

<p>The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases (Director: Dr Laurent Abel) at the Imagine Institute (Institut des Maladies Génétiques), Inserm (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale)/University Paris Descartes, Paris, France, is looking for a motivated and qualified *Research engineer* in bioinformatics.<br />Our laboratory is working on the genetic dissection of predisposition to infectious diseases. The lab comprised two teams working on genetic epidemiology and genetic immunology.