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Modélisation de la variation antigénique dans le paludisme chronique

Le paludisme chronique asymptomatique est un défi majeur pour les programmes d’éradication de la malaria. P. falciparum, le parasite responsable du paludisme, utilise la variation antigénique de l’expression de protéines codées par des gènes var pour échapper au système immunitaire de l'hôte. Ce mécanisme rend possible les formes asymptomatiques de paludisme. Bien que ce mécanisme d’infection soit proposé depuis longtemps, les modèles mathématiques existants ont des difficultés à concilier les taux de commutation rapide des gènes var et l'infection chronique à long terme.

Optimization and (re)implementation of an interactive transcriptomic data exploration and visualization tool

<h2>Context</h2><p>The analysis of transcriptomic data consists in the analysis of the complete set of RNA transcripts produced by a genome, i.e. the transcriptome, under specific conditions or in a specific cell using high-throughput methods such as microarrays or sequencing.</p><p>Comparing transcriptomes leads to the identification of genes that are key in explaining the difference between cell populations, responses to treatments or experimental conditions.

M1 - Coupler l'allocation de ressources cellulaires à l'expansion de cellules végétales : analyse d'un modèle dynamique

<p>&nbsp;</p><h3 class="western">Contexte et objectifs</h3><p>La taille des cellules végétales varie énormément d&#39;une espèce à l&#39;autre et au sein d&#39;une même espèce. Au cours du développement tissulaire, le volume des cellules peut augmenter de 10 à 100 fois, ce qui entraîne une grande variabilité de la taille des cellules dans un seul tissu.

Bioanalyse (analyse d'expression / phylogénies moléculaires) des plantes

<p><strong>Proposition de stage&nbsp;: Une approche comparative riz/palmier pour identifier des gènes régulant l&rsquo;architecture de l&rsquo;inflorescence : analyse de données RNA-seq et phylogénies moléculaires</strong></p><p><strong>Contexte</strong></p><p>L&rsquo;inflorescence joue un rôle primordial dans la reproduction des plantes à fleur. L&rsquo;architecture inflorescentielle contribue au succès des espèces sauvages dans leurs écosystèmes naturels ainsi qu&rsquo;à la productivité des plantes cultivées.

Intégration statistique de multiples jeux de données d’une collection de souches de Enterococcus cecorum.

<p><strong>Contexte </strong></p><p>Ce stage s&#39;inscrit dans le cadre du projet de recherche CecoType qui vise à caractériser la diversité génétique et phénotypique d&#39;une collection ~100 isolats cliniques d&#39;<em>Enterococcus cecorum</em>. Ce projet regroupe différentes équipes de recherche Micalis (INRA Jouy-en-Josas), ISP et BOA (INRA Val de Loire). <em>Enterococcus cecorum</em> est une bactérie commensale du microbiote intestinal des oiseaux.

M1 : Analyse de séquences liées au sexe dans des génomes de palmiers dioïques

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