CIRAD

Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement

DeepHornet : détection et caractérisation des attaques de frelons asiatiques aux abords immédiats des ruches.

Le stage consiste à dénombrer les captures d'abeilles par des frelons asiatiques à partir des méthodes de traitement automatique de détection d’objets dans des vidéos à base de Réseaux de Neurones Profonds pour alléger le travail des opérateurs tout en fiabilisant les comptages. L’étudiant.e travaillera à partir de vidéos de 1920x1080 pixels acquises à une fréquence de 25 images / seconde (voir image ci-jointe). Il / elle abordera les points suivants :

M2 - Comparaison de stratégies analytiques pour les données de métabarcoding et de métagenomique dans le cadre de deux projets de recherche.

Sujet de stage de master M2 : Comparaison de stratégies analytiques pour les données de métabarcoding et de métagenomique dans le cadre de deux projets de recherche.

Unité : UMR CIRAD/Université de Montpellier QUALISUD – Montpellier, France.

Encadrement : Florentin Constancias (Chercheur CIRAD) et Julie Reveillaud (C.R. INRA)

 

Contexte & problématique :

Ingénieur bioanalyste du génome à la sélection F-H

A 80% de son temps, le/la personne recrutée contribuera aux projets de recherche de l'équipe par les analyses de données haut-débit -omiques (e.g. génomique, transcriptomique etc.) en lien avec les données expérimentales brutes ou modélisées (e.g. phénotypiques), par exemple : • assemblage de données de reséquençage de génomes, de séquences transcriptomiques (RNAseq, etc.), • Identification en masse de marqueurs moléculaires et étude de leur polymorphisme, • dissection moléculaire de régions génomiques aux QTLs et des gènes associés, • cartographie de points de recombinaison des génomes.

Développement de méthodes d’analyse de données NGS pour l’étude de l’origine et de l’organisation d’un génome hautement polyploïde, la canne à sucre

La canne à sucre appartient au genre Saccharum, un genre composé exclusivement d'espèces hautement polyploïdes et au sein duquel les hybridations interspécifiques sont fréquentes. Malgré sa grande importance économique, l'origine de la canne à sucre, son histoire évolutive et la taxonomie du genre Saccharum (Poaceae, Andropogoneae) et de ses espèces sont largement non résolues.

Développement de méthodes d’analyse de données NGS pour l’étude de l’origine et de l’organisation d’un génome hautement polyploïde, la canne à sucre

<p>La canne à sucre appartient au genre Saccharum, un genre composé exclusivement d&#39;espèces hautement polyploïdes et au sein duquel les hybridations interspécifiques sont fréquentes. Malgré sa grande importance économique, l&#39;origine de la canne à sucre, son histoire évolutive et la taxonomie du genre Saccharum (Poaceae, Andropogoneae) et de ses espèces sont largement non résolues.