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DeepHornet : détection et caractérisation des attaques de frelons asiatiques aux abords immédiats des ruches.

Le stage consiste à dénombrer les captures d'abeilles par des frelons asiatiques à partir des méthodes de traitement automatique de détection d’objets dans des vidéos à base de Réseaux de Neurones Profonds pour alléger le travail des opérateurs tout en fiabilisant les comptages. L’étudiant.e travaillera à partir de vidéos de 1920x1080 pixels acquises à une fréquence de 25 images / seconde (voir image ci-jointe). Il / elle abordera les points suivants :

Quantification de l’intensité et de la temporalité des stades phénologiques du manguier par analyse d’image time lapse.

Ce stage a pour objectif de tester les potentialités de l’analyse d’une série temporelle
d’images RGB pour quantifier la phénologie du manguier (dénombrement dans le temps des pousses
végétatives, des inflorescences, des mangues vertes, et des mangues matures). Ces analyses permettront
à terme de caractériser la distribution temporelle des stades phénologiques et d’étudier le lien entre les
stades phénologique à l’échelle de l’arbre (les arbres aux floraisons plus étalées produisent-ils plus de
fruit ? et ces productions sont-elles aussi plus étalées ?)

M1 - étude de l’évolution génomique de Salmonella Derby sur 10 ans, adaptation à l’hôte porcin et aviaire

L’étude de la diversité génétique de Salmonella Derby (S. Derby) en France menée au
sein de l’Unité Salmonella et Listeria du Laboratoire de Sécurité des Aliments (Sévellec at
al., 2018a et 2018b) complète et rassemble de façon cohérente les résultats entrevus dans
les études précédentes (Hauser et al., 2011; Kerouanton et al., 2013; Hayward et al.,
2016; Zheng et al., 2017) et constitue une base pour une source-attribution rapide des
souches de S. Derby. L’étude réalisée souffre cependant d’une fenêtre de temps limité (2

Développement d’un module logiciel pour « BALI », outil de création automatique d’images d’acides gras complexes.

<div><p align="center"><strong><u>Proposition de stage en bioinformatique, à Grenoble</u></strong><br />&nbsp;</p><p align="center"><strong>Développement d&rsquo;un module logiciel pour &laquo;&nbsp;<em>BALI</em>&nbsp;&raquo;,&nbsp; un outil de création automatique d&rsquo;images d&rsquo;acides gras complexes.</strong></p></div><p align="center">Laboratoire PCV - UMR 5168 CNRS-CEA-INRA-Universite J.

Analyse de la variabilité génétique du bovin Créole de Guadeloupe à l’aide de puces de génotypages de différentes densités

<div style="margin:0;">&nbsp;</div><div style="margin:0;"><font face="Calibri,sans-serif" size="2"><span style="font-size:11pt;">Dans le cadre des expérimentations sur la caractérisation du bovin Créole de Guadeloupe, l&rsquo;INRA URZ a constitué au fil des années une base de données de génotypages sur le bovin Créole de Guadeloupe, obtenus sur des puces SNP Illumina de différentes densités&nbsp;: 511 génotypages sur puce EuroGenomics à 10K SNP&nbsp;; 323 génotypages sur puce BovineSNP50 à 54K SN

Study of the randomness of the Pacific Biosciences Sequel sequencing errors

Next-Generation Sequencing (NGS) devices as those commercialized by Illumina have been intensively used for a decade and have played a key role in many scientific and biological discoveries. Even if these sequencers have a very low error rate, they only provide « short » reads (typically from 50 to 300 nt) and some questions cannot be addressed. The Sequel system proposed by Pacific Biosciences now allows to sequence full length cDNA fragments and then allows to answer new biological questions thanks to the long reads they provide as output.

Modélisation du métabolisme de microorganismes et microalgues pour la conception assistée par ordinateur de procédés biotechnologiques

<p><strong>CONTEXTE&nbsp;ET&nbsp;MISSIONS :</strong><br />Ce stage s&rsquo;inscrit dans des projets de développement de produits renouvelables par voies biotechnologiques, impliquant des microorganismes de types algues, levures et bactéries, pour des produits tels que des biocarburants, biolubrifiants, ou bioplastiques.

Etude exhaustive de peptides dérivés de protéines la matrice extracellulaire par approches in silico.

<p>L&rsquo;élastine est une protéine de la matrice extracellulaire, multimérique, hautement polymérisée, insoluble, dont le monomère soluble, la tropoélastine, est constituée d&rsquo;une alternance de domaines hydrophobes et de domaines riches en lysine. L&rsquo;élastine n&rsquo;a pas seulement un rôle architectural. Il a en effet été montré que des peptides dérivés de l&rsquo;élastine sont biologiquement actifs et sont un des éléments principaux de la régulation de l&rsquo;activité cellulaire.