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Développement d’un pipeline d’analyse de données CyTOF et application à l’étude des modulations phénotypiques lors de la polarisation de macrophages

L’équipe s’intéresse à décrire et à comprendre les fonctions des monocytes et macrophages. En particulier, nous cherchons à caractériser ces cellules hétérogènes et à comprendre leurs mécanismes d’action dans le contexte sain et pathologique du lymphome. Nous utilisons une technologie de cytométrie de masse (CyTOF) qui permet d’analyser simultanément 37 paramètres (protéines) sur plusieurs centaines de milliers de cellules.

Analyse bioinformatique de données Hi-C et application en génétique humaine

Les techniques d’analyses de structure de la chromatine sont aujourd’hui couramment utilisées pour caractériser les interactions physiques entre régions du génome. Le
développement de méthodes dérivées du Hi-C a totalement modifié notre vision de l’organisation du génome et de son impact sur la régulation de l’expression des gènes, y
compris dans le contexte de pathologie humaine.

M2 - Récurrence d’interactions biologiques entre protistes et bactéries dans le milieu marin côtier

Le déterminisme et le fonctionnement des interactions biologiques entre bactéries at microeucaryotes (protistes) marins sont encore partiellement inconnus. Une manière d’inférer des possibles interactions est d’analyser la cooccurrence de bactéries et protistes dans le milieu marin par analyse de leur ADN environnementale (ADN extrait à partir d’échantillons naturels). L’identification de cooccurrences récurrentes dans le temps, dans l’espace et dans des écosystèmes différents pourrait mettre en évidence des interactions biologiques stables et indépendantes de facteurs abiotiques.

M2 - Inferring neuro-glial differentiation and patterning using single cell sequencing in human fetal intestine

Co-development of neuronal cells and endoderm is a key element in the development and maturation of the digestive tract. However, the effect and trophic mechanisms of the enteric nervous system in the development of the digestive tract are poorly known. In this context, we propose to study the enteric nervous system development in human to

Analysis of genomic and transcriptomic data from feline T-cell low-grade intestinal lymphoma, a spontaneous animal model of human indolent digestive lymphoma

Human primary gastrointestinal lymphomas account for less than 5% of all non Hodgkin lymphoma. Among them, “Indolent T-cell lymphoproliferative diseases of the gastrointestinal tract” (GI TLPD) is a very rare entity that has been recently described as clonal T-cell proliferation infiltrating the lamina propria with indolent clinical course but altered quality of life.Genomic and transcriptomic analyses would be very helpful to describe molecular events involved in their pathogenesis, identify diagnostic and prognostic markers and detect new therapeutic targets.