Stage

Gender differences in patterns of non-CG DNA methylation in the human brain

DNA methylation is a major epigenetic mark that critically contributes to the organization and functional expression of the genome. It corresponds to the covalent addition of methyl groups at the 5’ position of cytosines, and typically affects, in mammals, cytosines that are followed by a guanine in the linear DNA sequence (CG dinucleotides). Over the last few years, a non-canonical form of DNA methylation has been identified at non-CG positions (CA, CC or CT contexts, see (He and Ecker 2015)).

Rôle de la marque d’histone H3K9me3 dans le contrôle des éléments transposable au cours de la différenciation des cellules du système immunitaire

Résumé du projet de stage:
Le système immunitaire est une machinerie complexe qui protège efficacement l’organisme contre un large panel de dangers comme les toxines, les virus, les bactéries ou les parasites. Il est composé de populations cellulaires phénotypiquement et fonctionnellement distinctes qui se coordonnent dans le temps et dans l’espace pour maintenir l’intégrité de l’organisme face aux différents types de dangers.

Pipeline de détection de variants structuraux

Contexte

Les variants structuraux (SV pour « Structural Variants ») désignent des remaniements dans l’organisation du génome pouvant concerner plusieurs millions de paires de nucléotides. Deux catégories d’événements peuvent être distingués : (i) les variants équilibrés tels que les translocations ou les inversions ; (ii) les variants affectant le nombre de copies, que sont les délétions et duplications (CNV, pour Copy Number Variants).

M2 - Amélioration et optimisation d'une librairie JavaScript pour la visualisation de réseaux métaboliques

CONTEXTE DU STAGE
La reconstruction des réseaux métaboliques a pour objectif de regrouper l'ensemble des réactions métaboliques pouvant avoir lieu dans une cellule ou un tissu. Ces réseaux peuvent contenir des milliers de réactions et de métabolites. La manipulation interactive du réseau ou de sous-parties de ce réseau permet une analyse visuelle intuitive de la structure du réseau mais également l'analyse globale de données omiques sur les métabolites ou les réactions. Il est donc important de proposer une visualisation intuitive et réactive de ces réseaux de grandes tailles.