Thèse

Bourse de thèse

An association study by whole-genome sequencing (WGS) on inherited cardiac arrhythmia

L’institut du thorax (ITX) is a structure at the forefront of translational research against sudden
cardiac death (SCD). Our primary objective is to improve healthcare by combining basic research
and clinical activity into translational research programs. Within the ITX, the ‘Cardiovascular
Genetics’ team develops state-of-the-art projects to elucidate the genetic basis of cardiac
arrhythmias.

Toxicogénomique et toxicologie prédictive

Ce sujet s’inscrit dans le contexte de deux projets financés par l’ANSES (MASSIVE ATTACK) et l’Union Européenne (FREIA, Horizon H2020) dont les objectifs respectifs sont:

i) d’étudier les mécanismes d’une potentielle perturbation endocrinienne des composés organiques semi-volatils par une stratégie combinant criblage in vitro (lignées cellulaires) et ex vivo (explants gonadiques fœtaux) avec des technologies de transcriptomique (DGE-seq, scRNA-seq, RNA-seq) et métabolomique (UHPLC-ESI-QTOF, Dr Arthur David, LERES), et

Recherche pluridisciplinaire : Physiopathologie et traitement de données mathématiques

Le vieillissement de la population s’accompagne d’une augmentation des situations de dépendance dont l’impact sociétal et économique est très lourd. Cette dépendance est due à une dégradation progressive et irréversible de la fonctionnalité des organes qui, chez l’homme adulte, sont incapables de régénérer/réjuvéner. Les mécanismes de réparation mis en place au cours du vieillissement conduisent en effet au développement d’un tissu cicatriciel, très variable d’un individu à l’autre et obligatoirement associé à une perte de fonction.

Machine-learning approaches for data integration and patient stratification in schizophrenia and comorbid diseases

The Health Data Science Unit (HDSU, www.hdsu.org) is a newly created unit of the BioQuant and medical Faculty of the University Heidelberg, which focuses on research topics related to digital health and the integration of clinical and genomic datasets.

Integrating timescales in protein evolution from distant species to populations

A 3-year CNRS-funded PhD is available in our lab, to start in September 2019.
Our lab aim at better understanding genotype-phenotype relationships and our work mainly rely on the dissection of the intraspecific variability within species, using yeast as model organism (https://gmgm.unistra.fr/index.php?id=equipe_viseg&L=2).

(Epi)genomics of protists

==== Project overview ====

The candidate will work in the context of the ERC Starting Grant Macro-EpiK, which aims, among others, at better understanding the diversity and evolution of epigenetic modifications in eukaryotic microbes (protists).

During his/her PhD, the candidate will take part in 1) preparing genetic material (RNA and DNA) for transcriptome, genome and methylome sequencing, and 2) their subsequent assembly, annotation and various other bioinformatic investigations.

Chémo/bioinformatique

Une offre de thèse est disponible à l’Institut de Chimie Organique et Analytique (ICOA) UMR CNRS 7311 - Université d’Orléans (www.icoa.fr) situé au cœur du campus de l’Université d’Orléans. Le laboratoire rassemble plus de 120 personnels incluant des chercheurs, des enseignants-chercheurs, des chercheurs post-doctorants, des doctorants, des ingénieurs, des techniciens et des personnels administratifs. Les activités du laboratoire sont centrées sur les sciences chimiques des molécules bioactives.

Malaria parasite genomics

A 3-year CNRS-funded PhD is available to start around Sep/Oct 2019. We work on single-cell genomics and transcriptomics of the malaria parasite Plasmodium falciparum using isolates from asymptomatic infections collected in Africa.

We are looking for a candidate with a background in ‘Omics’ data analysis and population genetics. Candidates from a mathematical/statistical background with basic knowledge of biology are also encouraged to apply. Salary is €2135 per month.