Thèses et Habilitation à Diriger des Recherches

Nom Prénom Année Diplôme Title Université
Bastien Olivier 2006 Thèse Développements théoriques et méthodes numériques pour les analyses comparatives de génomes et protéomes biaisés. Application a la comparaison des génomes et protéomes de Plasmodium falciparum et d’Arabidopsis thaliana Université Joseph Fourier, Grenoble
Devillers Hugo 2011 Thèse Statistiques des alignements de génomes complets Ecole doctorale Des Génomes aux Organismes, Université d'Evry-Val-D'Essonne
Lespinats Sylvain 2006 Thèse Style du génome exploré par analyse textuelle de l’ADN École doctorale Santé Public: Épidémiologie et Sciences de l’Information Biomédicale
Marchais Antonin 2010 Thèse Etude de la co-évolution des éléments codants et non-codants des génomes bactériens Université Paris-sud
Chen Chunlong 2007 Thèse Gènes d’ARN non-codant de génomes eucaryotes : Identification informatique et évolution Université Paris Sud
Chettaoui Chafika 2007 Thèse Mécanismes de conception de modèles discrets fondés sur la théorie des jeux pour l’étude des réseaux d’interactions biologiques. Application à la migration métastasique Université d’Evry
Debret Gaëlle 2007 Thèse Etude par dynamique moléculaire de propriétés mécaniques du canal mécanosensible MscL au sein de bicouches lipidiques modèles Université Paris Diderot, Paris 7
Elati Mohamed 2007 Thèse Apprentissage de réseaux de régulation génétique à partir de données d’expression Université Paris Nord
Gillet Alexandre 2007 Thèse Tangible interface for molecular modeling Université Denis Diderot
Guermeur Yann 2007 HDR SVM multiclasses, théorie et applications Université Henri Poincaré-Nancy 1, Ecole doctorale IAEM
Herrbach Claire 2007 Thèse Etude algorithmique et statistique de la comparaison des structures secondaires d’ARN Université Paris-Sud, Ecole doctorale d’Informatique
Jalabert Fabien 2007 Thèse Cartographie des connaissances : l’intégration et la visualisation au service de la biologie. Université de Montpellier 2, Ecole doctorale Information, Structures et Systèmes
Lacroix Vincent 2007 Thèse Identification de motifs dans les réseaux métaboliques Université Claude Bernard - Lyon 1, Ecole doctorale Ecosystèmes Evolution Modélisation Microbiologie
Larmande Pierre 2007 Thèse Mutaliser et partager, un défi pour la génomique fonctionnelle végétale Université de Montpellier 2
Launay Guillaume 2007 Thèse L’étude théorique des interactions protéine-protéine Ecole Polytechnique
Lèbre Sophie 2007 Thèse Analyse de processus stochastiques pour la génomique : étude du modèle MTD et inférence de réseaux bayésiens dynamiques Université d’Evry
Magnan Christophe 2007 Thèse Apprentissage à partir de données diversement étiquetées pour l’étude du rôle de l’environnement local dans les interactions entre acides aminés Université de Provence - Aix-Marseille I Ecole Doctorale Mathématiques et Informatique de Marseille
Maupetit Julien 2007 Thèse Génération ab initio de modèles protéiques à partir de représentations discrètes des protéines et de critères d’énergie simplifiés Université Paris 7
Melquion Adrien 2007 Thèse Agrégation de peptides amyloïdes par des simulations numériques Université Paris 7 - Denis Diderot - Ecole doctorale Biochimie et Biologie Moléculaire
Montes Matthieu 2007 Thèse Développement et applications de méthodes de drug design et de criblage in silico Université Paris V - UFR Biomédicale
Nguyen 2007 Thèse Relations structure-fonction dans la superfamille des Cytochromes P450. Études bioinformatiques Université Denis Diderot (Paris 7) - Ecole doctorale Interfaces de la chimie, de la physique et de l’informatique avec la biologie
Ogata Hiroyuki 2007 HDR Contribution à l’étude génomique de parasites intracellulaires stricts Université d’Aix-Marseille 2
Palmeira Leonor 2007 Thèse Analyse et modélisation des dépendances entre sites voisins dans l’évolution des séquences d’ADN Université Claude Bernard Lyon 1
Scuolo Quentin 2007 Thèse Arbres génomiques du Vivant : nouvelles approches expérimentales niversité de Paris-Sud - Ecole Doctorale des Sciences de la Vie
Smidtas Serge 2007 Thèse Modélisation et analyse, globale et locale, de Réseaux d’Interactions Biologiques Hétérogènes (RIBH) appliqué à la Levure. Université d’Evry
Sperandio Olivier 2007 Thèse Applications et développements informatiques de protocoles de drug design et de criblage virtuel Université Paris V - UFR Biomédicale
Tempel Sébastien 2007 Thèse Dynamique de helitrons dans le génome d’Arabidopsis thaliana : développement de nouvelles stratégies d’analyse des éléments transposables Université de Rennes 1 - Ecole doctorale de l’IRISA
Vallenet David 2007 Thèse La plateforme MicroScope pour l’annotation de génomes microbiens. Application à l’analyse de trois bactéries du genre Acinetobacter Université d’Evry Val d’Essone - Ecole Doctorale « Des génomes aux organismes »
Vignes Mathieu 2007 Thèse Modèles Markoviens graphiques pour la fusion de données individuelles et d’interactions : applications à la classification de gènes Université Joseph Fourier (Grenoble I) - Ecole doctorale Mathématiques, Sciences et Technologies de l’Information, Informatique
Yartseva-Smidtas Anastasia 2007 Thèse Modélisation incrémentale des réseaux biologiques Université d’Evry
Zytnicki Matthias 2007 Thèse Recherche d’ARN non-codants par réseaux de contraintes Université de Toulouse
Pawlicki Sandrine 2007 Thèse Analyses bioinformatiques appliquées aux protéines amyloïdes Université de Rennes 1 - Ecole doctorale VAS (Vie-Agronomie-Santé-)
Abby Sophie 2010 Thèse Intérêt des transferts horizontaux de gènes pour comprendre l’histoire évolutive des procaryotes Université Claude Bernard (Lyon 1)
Acuña Vicente 2010 Thèse Models and algorithms for metabolic networks: elementary modes and precursor sets Université Claude Bernard (Lyon 1)
Baaden Marc 2010 HDR Simulations numériques de systèmes biologiques complexes ; dynamique, structure et fonction de transporteurs, canaux et enzymes Université Denis Diderot - Paris 7
Bécavin Christophe 2010 Thèse Dimensionality reduction and pathway network analysis of transcriptomic data: Application to T-cell characterization Institut des Hautes Études Scientifiques
Bonnard Cécile 2010 Thèse Optimisation de potentiels statistiques pour un modèle d'évolution soumis à des contraintes structurales Université de Montpellier 2
Brinza Lilia 2010 Thèse Exploration et inférence du réseau de régulation de transcription de la bactérie symbiotique intracellulaire à génome réduit, Buchnera aphidicola INSA de Lyon
Cartier-Michaud Amandine 2010 Thèse Étude de l'influence du PAI-1 matriciel sur la régulation de la transition Mésenchymo-Amiboïde des cellules cancéreuses Université d’Evry
Collet Guillaume 2010 Thèse Alignements locaux pour la reconnaissance de repliements des protéines par programmation linéaire en nombres entiers Université de Rennes 1
Coulon Antoine 2010 Thèse Stochasticité de l'expression génique et régulation transcriptionnelle -- Modélisation de la dynamique spatiale et temporelle des structures multiprotéiques INSA de Lyon
Ahmed 2009 Thèse Identification et Analyse des Signaux de Codes Circulaires dans les Gènes par des Méthodes Bioinformatiques Université de Strasbourg
Angibaud Sébastien 2009 Thèse Comparaisons de génomes avec gènes dupliqués : étude théorique et algorithmes Université de Nantes
Ben Hamida-Rebaï Mériam 2009 Thèse Etude du mécanisme d'activation de la petite protéine G Arf1 Université de Paris-Sud (Orsay)
Bernard Virginie 2009 Thèse Relations entre l'organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l'expression des gènes : vers une annotation des sites de fixation chez Arabidopsis thaliana Université d’Evry-Val d’Essonne
Bornot Aurélie 2009 Thèse Analyse et prédiction de la relation séquence – structure locale et flexibilité au sein des protéines globulaires Université Denis Diderot, Ecole Doctorale B3MI
Bourquard Thomas 2009 Thèse Exploitation des algorithmes génétiques pour la prédiction de structure de complexe protéine-protéine / Using genetic algorithms to predict structural protein-protein interactions Université Paris-Sud Orsay
Brochier-Armanet Céline 2009 HDR Origine et évolution des trois domaines du vivant, une approche phylogénomique Université de Provence
Caboche Ségolène 2009 Thèse Mise en place d’une plate-forme logicielle pour l’analyse des peptides non-ribosomiaux Université de Lille 1
Charles Mathieu 2009 Thèse Evolution des génomes du blé (genres Aegilops et Triticum) au sein des Poaceae. Dynamique rapide de l’espace occupé par les éléments transposables et conservation relative des gènes Université d’Evry