Thèses et Habilitation à Diriger des Recherches

Nom Prénom Année Diplôme Title Université
Thomas-Chollier Morgane 2016 HDR Computational analysis of transcriptional regulation in metazoans ENS, Paris
Brochier-Armanet Céline 2009 HDR Origine et évolution des trois domaines du vivant, une approche phylogénomique Université de Provence
Lhoussaine Cedric 2013 HDR Approches de la modélisation en biologie par langages de programmation concurrente Université de Lille
Chen Chunlong 2017 HDR Le programme spatio-temporel de réplication et son impact sur la stabilité du génome Institut Curie
Reyniès Aurélien 2011 HDR Etude génomique des cancers Université Paris Descartes / Ecole doctorale de médecine
Batt Gregory 2014 HDR Design, Optimization and Control in Systems and Synthetic Biology Paris Diderot
KUPERSTEIN Inna 2015 HDR Deciphering cell signaling rewiring in human disorders Université Pierre & Marie Curie - Paris 6
Berry Vincent 2008 HDR Construction et comparaison d'arbres - Application aux superarbres en reconstruction phylogénétique
Azé Jérôme 2012 HDR Prédiction d'Interactions et Amarrage Protéine-Protéine par combinaison de classifieurs Université Paris-Sud, campus d'Orsay
Carbonell Pablo 2010 HDR Large-scale in Silico Identification of Determinants of Protein Affinity and Promiscuity Université d'Evry-Val d'Essonne
DANCHIN Etienne 2014 HDR Évolution génomique et adaptations au parasitisme des plantes chez les nématodes Université de Nice
Chaouiya Claudine 2008 HDR Modélisation et analyse qualitatives de la dynamique des réseaux biologiques
Sené Sylvain 2012 HDR Sur la bio-informatique des réseaux d'automates Université d'Évry - Val d'Essonne
Mary-Huard Tristan 2017 HDR Some contributions to statistical modeling and model selection, with applications to genomics and quantitative genetics
Tahi Fariza 2014 HDR Bioinformatique des ARNs non-codants : Algorithmes pour leur identification et la prédiction de leur structure Université d’Evry-Val d’Essonne
DAMERON Olivier 2016 HDR Ontology-based methods for analyzing life science data IRISA, Rennes
Givry Simon 2011 HDR Optimisation combinatoire dans les réseaux de fonctions de coût INRA Toulouse
Varré Jean-Stéphane 2008 HDR Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs Lille I
Lespinet Olivier 2010 HDR Evolution des Génomes et du Métabolisme : Annotation, Analyse et Exploration des données
Sinoquet Christine 2014 HDR Approches par optimisation combinatoire et par apprentissage statistique en bioinformatique Applications pour la fouille et la modélisation de données complexes en génomique et en génétique Université de Nantes
Peterlongo Pierre 2016 HDR Lire les lectures : analyse de données de séquençage IRISA, Rennes
Guermeur Yann 2007 HDR SVM multiclasses, théorie et applications Université Henri Poincaré-Nancy 1, Ecole doctorale IAEM
Martin-Magniette Marie-Laure 2013 HDR Approches statistiques pour l'analyse des données génomiques Agro-Paris-Tech
Mouchard Laurent 2016 HDR Contributions algorithmiques à l’analyse des séquences génomiques Université de Rouen
Bernauer Julie 2015 HDR Geometric and statistical methods for the analysis and prediction of structural interactions between biomolecules École Polytechnique, INRIA
Nicolas Pierre 2018 HDR Modélisation statistique et analyse de données, du génome au transcriptome Université Paris-Saclay
Ramstein Gérard 2012 HDR Application de techniques de fouille de données en Bio-informatique Université de Nantes
Bérard Sèverine 2016 HDR Histoires évolutives et autres comptes. Algorithmes et graphes pour la bioinformatique Université de Montpellier
Ranwez Vincent 2010 HDR Des séquences moléculaires à l’Arbre de la Vie : résultats théoriques, algorithmes et outils pour la phylogénomique Montpellier II
Calzone Laurence 2019 HDR Cancer Network Modelling: towards precision medicine Ecole Normale Supérieure
Pupin Maude 2013 HDR Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases Université Lille 1
Ogata Hiroyuki 2007 HDR Contribution à l’étude génomique de parasites intracellulaires stricts Université d’Aix-Marseille 2
Talla Emmanuel 2010 HDR Génome, Evolution & Bioinformatique Université de la Méditerranée
Boeva Valentina 2014 HDR Deciphering regulation in Eukaryotic cell: from sequence to function Université Pierre et Marie Curie, Paris 6
Giraud Mathieu 2016 HDR Compter les globules blancs, analyser les partitions Université de Lille
Chateau Annie 2016 HDR Des ordres et désordres ou comment bien réarranger son génome Université Montpellier
Bourdon Jérémie 2012 HDR Sources probabilistes : des séquences aux systèmes Université de Nantes
Picard Franck 2014 HDR A statistical tour of genomic data Université de Lyon 1
Mucchielli Marie-Hélène 2011 HDR L'analyse in silico des caractéristiques des protéines et de leurs interactions Université Paris XI
Cohen-Boulakia Sarah 2015 HDR Data Integration in the Life Sciences: Scientific Workflows, Provenance, and Ranking Université Paris Sud
Chiquet Julien 2015 HDR Contributions to sparse methods for complex data analysis Université d'Evry
Achaz Guillaume 2009 HDR Evolution moléculaire, des données aux modèles et vice-versa Université Paris 6
Chiapello Hélène 2016 HDR Analyse de la microévolution des génomes microbiens : approches bioinformatiques INRA Toulouse
Landès-Devauchelle Claudine 2011 HDR De l'art de résumer pour tenter de comprendre en génomique évolutive Université d'Evry
REMY Élisabeth 2017 HDR Modélisation logique pour l’analyse des réseaux de régulation biologiques Aix-Marseille Université
Maumus Florian 2018 HDR Evolution and Impact of Transposable Elements and Viruses Université Paris-Saclay
Baaden Marc 2010 HDR Simulations numériques de systèmes biologiques complexes ; dynamique, structure et fonction de transporteurs, canaux et enzymes Université Denis Diderot - Paris 7
Blin Guillaume 2012 HDR Combinatorial Objects in Bio-Algorithmics: Related problems and complexities Université de Marne-la-Vallée
Chauve Cedric 2011 HDR A la recherche des génomes perdus : modèles, méthodologies et algorithmes pour la comparaison de génomes Universite Bordeaux I / Mathématiques et Informatique
Audit Benjamin 2012 HDR Multi-scale analysis of the mammalian replication program Ecole Normale Supérieure de Lyon