Thèses et Habilitation à Diriger des Recherches

Nom Prénom Année Diplôme Title Université
Abby Sophie 2010 Thèse Intérêt des transferts horizontaux de gènes pour comprendre l’histoire évolutive des procaryotes Université Claude Bernard (Lyon 1)
ABOU-KHATER Charbel 2017 Thèse Caractérisation de nouveaux gènes et polymorphismes potentiellement impliqués dans les interactions hôtes-pathogènes Aix-Marseille Université
Abraham Anne-Laure 2008 Thèse Caractérisation et analyse évolutive des répétitions intragéniques : une étude au niveau des gènes, des séquences protéiques et des structures tridimensionnelles
Achaz Guillaume 2009 HDR Evolution moléculaire, des données aux modèles et vice-versa Université Paris 6
Acuña Vicente 2010 Thèse Models and algorithms for metabolic networks: elementary modes and precursor sets Université Claude Bernard (Lyon 1)
Agier Marie 2006 Thèse De l’analyse de données d’expression à la reconstruction de réseaux de gènes Université Clermont-Ferrand 2
Ahmed 2009 Thèse Identification et Analyse des Signaux de Codes Circulaires dans les Gènes par des Méthodes Bioinformatiques Université de Strasbourg
Almeida Mathieu 2013 Thèse Caractérisation de flores microbiennes intestinale humaine et fromagère par méthode de métagénomique quantitative INRA, Jouy en Josas
Amara Najette 2011 Thèse Modélisation de l'évolution dirigée de la tyrosyl-ARNt synthétase Ecole Polytechnique
AMOR Mohamed Hedi BEN 2012 Thèse Méthodes numériques et formelles pour l'ingénierie des réseaux biologiques: Traitement de l'information par des populations d'oscillateurs, Approches par contraintes et Taxonomie des réseaux biologiques Ecole Doctorale Ingénierie pour la Santé, la Cognition et l'Environnemen, Grenoble
Andreani Jessica 2013 Thèse Analyse évolutive, prédiction structurale et inhibition des interactions protéine-protéine Paris 6/7
Andrieux Geoffroy 2013 Thèse Modélisation dynamique de la signalisation cellulaire : aspects différentiels et discrets; application à la signalisation du facteur de croissance TGF-beta dans le cancer Université Rennes 1
Angibaud Sébastien 2009 Thèse Comparaisons de génomes avec gènes dupliqués : étude théorique et algorithmes Université de Nantes
Aravena Andrés 2013 Thèse Probabilistic and constraint based modelling to determine regulation events from heterogeneous biological data Univ. Rennes 1 & Univ. Santiago du Chili
Arbi Oumarou-Abdou 2013 Thèse Etude de la variabilité des contributions de nutriments à un réseau métabolique : modélisation, optimisation et application en nutrition Université Rennes 1
Arigon Anne-Muriel 2006 Thèse Développement d’outils pour l’aide à l’identification dans de grandes banques de familles de gènes Université Lyon 1, Ecole doctorale Évolution, Écosystèmes, Microbiologie et Modélisation
Armisén Giménez David 2008 Thèse Les genes uniques chez les plantes: caracteristiques, evolution et promoteurs Ecole doctorale des Genomes aux Organismes
ASSAR Rodrigo 2011 Thèse Modèles et simulation de systèmes hybrides et des applications pour production cellulaire Université de Bordeaux
Aubert Julie 2017 Thèse Analyses statistiques de données biologiques à haut-débit AgroParisTech
Audit Benjamin 2012 HDR Multi-scale analysis of the mammalian replication program Ecole Normale Supérieure de Lyon
Autin Ludovic 2005 Thèse Analyse des systèmes tenase et prothrombinase par bioinformatique structurale : prédiction de complexes macromoléculaires et proposition d’agents anticoagulants Université Paris 5 - UFR des Sciences Pharmaceutiques Ecole Doctorale Médicament Spécialité Modélisation Moléculaire
Ayadi Wassim 2011 Thèse Algorithmes Systématiques et Stochastiques de Biregroupement pour l'Analyse des Données Biopuces
Azé Jérôme 2012 HDR Prédiction d'Interactions et Amarrage Protéine-Protéine par combinaison de classifieurs Université Paris-Sud, campus d'Orsay
Baaden Marc 2010 HDR Simulations numériques de systèmes biologiques complexes ; dynamique, structure et fonction de transporteurs, canaux et enzymes Université Denis Diderot - Paris 7
BABOU Hafedh MOHAMED 2012 Thèse Comparaison de réseaux biologiques École doctorale STIM, Université de Nantes
Barba Matthieu 2011 Thèse Modules réactionnels : un nouveau concept pour étudier l'évolution des réseaux métaboliques Université Paris XI
Baroukh Caroline 2014 Thèse Metabolic modeling under non-balanced growth. Application de microalgae for biofuels production Science des Procédés, Science des aliments, Univ. Montpellier 2
Basso-Blandin Adrien 2014 Thèse Conception d’un langage dédié à la conception de fonctions biologiques de synthèse par compilation de spécifications comportementales Univ. Evry Val d'Essonne
Bastien Olivier 2006 Thèse Développements théoriques et méthodes numériques pour les analyses comparatives de génomes et protéomes biaisés. Application a la comparaison des génomes et protéomes de Plasmodium falciparum et d’Arabidopsis thaliana Université Joseph Fourier, Grenoble
Batt Gregory 2014 HDR Design, Optimization and Control in Systems and Synthetic Biology Paris Diderot
Batt Grégory 2006 Thèse Validation de modèles qualitatifs de réseaux de régulation génique : une méthode basée sur des techniques de vérification formelle Université Joseph Fourier
Batut Bérénice 2014 Thèse Étude de l'évolution réductive des génomes bactériens par expériences d'évolution in silico et analyses bioinformatiques INSA de Lyon
Baussand Julie 2008 Thèse Evolution des séquences protéiques: signature structurale hydrophobe et réseaux d'acides aminés co-évolués Ecole Doctorale Biochimie et Biologie Moléculaire
Beauchene Isaure Chauvot 2013 Thèse Étude par modélisation et dynamique moléculaire des mécanismes d’activation et de résistance du récepteur tyrosine kinase KIT sauvage et mutant ENS Cachan
Beaume Nicolas 2008 Thèse Agrégation de classifieurs et d'experts pour la recherche d'homologues chez les cytokines à quatre hélices alpha Faculté de Médecine
Bécavin Christophe 2010 Thèse Dimensionality reduction and pathway network analysis of transcriptomic data: Application to T-cell characterization Institut des Hautes Études Scientifiques
Becq Jennifer 2008 Thèse Rôle des transferts horizontaux dans l'évolution de pathogénicité de Mycobacterium tuberculosis Université Paris 7
Ben Hamida-Rebaï Mériam 2009 Thèse Etude du mécanisme d'activation de la petite protéine G Arf1 Université de Paris-Sud (Orsay)
Benabderrahmane Sidahmed 2011 Thèse Prise en compte des connaissances du domaine dans l'analyse transcriptomique : similarité sémantique, classification fonctionnelle et profils flous. Application au cancer colorectal Université de Nancy
Benard Emmanuel 2011 Thèse Extension des modèles stochastiques de substitution de nucléotides et son implémentation informatique Université de Stasbourg
Bérard Caroline 2011 Thèse Modèles à variables latentes pour des données issues de tiling arrays. Applications aux expériences de ChIP-chip et de transcriptome AgroParisTech
Bérard Sèverine 2016 HDR Histoires évolutives et autres comptes. Algorithmes et graphes pour la bioinformatique Université de Montpellier
Bernard Virginie 2009 Thèse Relations entre l'organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l'expression des gènes : vers une annotation des sites de fixation chez Arabidopsis thaliana Université d’Evry-Val d’Essonne
Bernard Thomas 2008 Thèse Annotation et prédiction de la spécificité de substrat des enzymes actives sur les sucres Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé, Université de la Méditerranée (Aix-Marseille II)
Bernauer Julie 2006 Thèse Utilisation de la tessellation de Voronoï pour la modélisation des complexes protéine-protéine Université Paris Sud
Bernauer Julie 2015 HDR Geometric and statistical methods for the analysis and prediction of structural interactions between biomolecules École Polytechnique, INRIA
Berry Vincent 2008 HDR Construction et comparaison d'arbres - Application aux superarbres en reconstruction phylogénétique
Bertaux François 2016 Thèse Cell-based multi-scale modeling for systems and synthetic biology: from stochastic gene expression in single cells to spatially organized cell populations INRIA Paris
Berthelot Camille 2012 Thèse Etude des mécanismes évolutifs perturbant l’organisation des gènes dans les génomes de vertébrés École doctorale Gènes, Génomes, Cellules, Université Paris XI et ENS
Berthoumieux Sara 2012 Thèse Methods for identification of biochemical network models ED E2M2 Université Lyon 1