Thèses et Habilitation à Diriger des Recherches

Nom Prénom Année Diplôme Title Université
Calteau Alexandra 2005 Thèse Relations évolutives entre les bactéries et les archées hyperthermophiles Université Claude Bernard - Lyon 1, École Doctorale : Évolution, Écosystèmes, Microbiologie et Modélisation
Nicolas François 2005 Thèse Alignement, séquence consensus, recherche de similarités : complexité et approximabilité Montpellier II
Jacquemin Ingrid 2005 Thèse Découverte de motifs relationnels en bioinformatique : application à la prédiction des ponts disulfures Université Rennes I, Ecole Doctorale Logique du Vivant
Blin Guillaume 2005 Thèse Combinatoire et Bio-informatique: Comparaison de structures d’ARN et calcul de distances intergénomiques Nantes
Bertrand Denis 2005 Thèse Etude et inférence d'arbres de duplication en tandem Montpellier II
Martin Juliette 2005 Thèse Prédiction de la structure locale des protéines par des modèles de chaînes de Markov cachées Université Paris VII, Ecole doctorale B2M
Cohen-Boulakia Sarah 2005 Thèse Intégration de données biologiques : Sélection de sources centrée sur l’utilisateur Université de Paris Sud Orsay
Melo_de_Lima Christelle 2005 Thèse Développement d'une approche markovienne pour l'analyse de l'organisation des génomes Université Claude Bernard - Lyon 1
Navratil Vincent 2005 Thèse Modélisation des connaissances en génomique par une approche de cartographie comparée : Application à la détection et à l'analyse des SNPs exoniques chez les vertébrés Université Claude Bernard - Lyon 1
Téletchéa Stéphane 2005 Thèse Etude par modélisation de dynamique moléculaire et spectroscopie RMN des déformations induites par la coordination du cisplatine sur l’ADN
Picard Franck 2005 Thèse Segmentation-Classification de processus : Application à l'analyse des données de microarrays CGH Université Paris-sud
Richard Hugues 2005 Thèse Prédiction de la localisation cellulaire des protéines à l’aide de leurs séquences biologiques Université d’Evry Val d’Essonne
Rivière Romain 2005 Thèse Algorithmes de graphes pour l'analyse des séquences et structures génomiques Université Paris-sud
Robelin David 2005 Thèse Détection de court segments inversés dans les génomes : méthodes et applications Université Paris 5, Ecole doctorale Santé
Kaas Quentin 2005 Thèse Analyse structurale des récepteurs d’antigènes dans IMGT et modélisation moléculaire Université Montpellier II, Ecole Doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé
Duprat Elodie 2005 Thèse Caractérisation des domaines des superfamilles IgSF et MhcSF et classification fonctionnelle dans IMGT Montpellier 2, Sciences Chimiques et Biologiques
Autin Ludovic 2005 Thèse Analyse des systèmes tenase et prothrombinase par bioinformatique structurale : prédiction de complexes macromoléculaires et proposition d’agents anticoagulants Université Paris 5 - UFR des Sciences Pharmaceutiques Ecole Doctorale Médicament Spécialité Modélisation Moléculaire
Carpentier Mathilde 2005 Thèse Méthodes de détection des similarités structurales : caractérisation des motifs conservés dans les familles de structures Université Paris VI, Ecole Doctorale Logique du Vivant
Bastien Olivier 2006 Thèse Développements théoriques et méthodes numériques pour les analyses comparatives de génomes et protéomes biaisés. Application a la comparaison des génomes et protéomes de Plasmodium falciparum et d’Arabidopsis thaliana Université Joseph Fourier, Grenoble
Stam Mark 2006 Thèse Évolution et prédiction des activités des glycoside hydrolases Université d’Aix-Marseille 1 & 2, École doctorale Bioinformatique, Biochimie Structurale et Génomique
Criscuolo Alexis 2006 Thèse Méthodes de distance pour l’inférence phylogénomique Université de Montpellier 2
Mahé Pierre 2006 Thèse Fonctions noyaux pour molécules et leur application au criblage virtuel par machines à vecteur support Ecole des Mines de Paris
Manh Thien-Phong Vu 2006 Thèse Fly Genome Explorer : a versatile tool for the exploration and the exploitation of structural and functional annotations related to Drosophila melanogaster genes ; Application to a Drosophila model for the study of hypertrophic cardiomyopathies. Université d’Aix-Marseille 2, Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé
Defrance Matthieu 2006 Thèse Algorithmes pour l’analyse de régions régulatrices dans le génome d’eucaryotes supérieurs Université des Sciences et Technologies de Lille, Ecole doctorale d’Informatique
Manine Alain-Pierre 2006 Thèse Application de l’apprentissage à l’extraction de connaissances à partir de notices bibliographiques en génomique Université Paris Sud
Lespinats Sylvain 2006 Thèse Style du génome exploré par analyse textuelle de l’ADN École doctorale Santé Public: Épidémiologie et Sciences de l’Information Biomédicale
Batt Grégory 2006 Thèse Validation de modèles qualitatifs de réseaux de régulation génique : une méthode basée sur des techniques de vérification formelle Université Joseph Fourier
Denoeud Lucile 2006 Thèse Etude de la distance de transfert entre partitions et recherche de zones denses dans un graphe Université Paris 1
Martin Laétitia 2006 Thèse Développement d’une plateforme bioinformatique d’outils pour la modéli !sation des structures et pour le criblage virtuel comparatif. Une application sur la protéine kinase FAK Université de Montpellier 2
Choulet Frédéric 2006 Thèse Evolution du chromosome linéaire des Streptomyces : transfert horizontal et variabilité des extrémités chromosomiques Université Nancy 1
Djebali Sarah 2006 Thèse Un cadre formel pour l’annotation experte des gènes eucaryotes École Normale Supérieure et Université d’Evry
Mary-Huard Tristan 2006 Thèse Réduction de la dimension et sélection de modèles en classification supervisée Université Paris Sud
Dutheil Julien 2006 Thèse Approches phylogénétiques et bioinformatiques pour l’analyse de la coévolution à l’échelle moléculaire Université Montpellier 2, Ecole Doctorale : Biologie des Systèmes Intégrés, Agronomie – Environnement
Bernauer Julie 2006 Thèse Utilisation de la tessellation de Voronoï pour la modélisation des complexes protéine-protéine Université Paris Sud
Arigon Anne-Muriel 2006 Thèse Développement d’outils pour l’aide à l’identification dans de grandes banques de familles de gènes Université Lyon 1, Ecole doctorale Évolution, Écosystèmes, Microbiologie et Modélisation
Carpentier Anne-Sophie 2006 Thèse Le transcriptome : un domaine d’application pour les statistiques, de nouveaux horizons pour la biologie Université d’Évry, École doctorale Des Génomes aux Organismes
Gonzalez Aitor 2006 Thèse Modélisation et analyse logique d’un réseau de régulation impliqué dans la mise en place d’une frontière développementale Université d’Aix-Marseille 2
Dulin Fabienne 2006 Thèse Exploration des caractéristiques tridimensionnelles des amas protéiques hydrophobes issus du formalisme "Hydrophobic Cluster Analysis" (HCA). Modélisation de formes oligomériques solubles du peptide Abeta impliqué dans la maladie d’Alzheimer, et identific Université Paris 6, École doctorale Inter-Bio
Meyroneine Arnaud 2006 Thèse Genetic regulatory networks and allelic exclusion : discrete-time piecewise-linear models Université d’Aix-Marseille 2, École doctorale Physique et Sciences de la Matière
Engelen Stefan 2006 Thèse Algorithmes pour la prédiction de structures secondaires des ARN Université d’Évry, École doctorale Des Génomes aux Organismes
Kerdélo Sébastien 2006 Thèse Méthodes informatiques pour l’expérimentation in virtuo de la cinétique biochimique : application à la coagulation du sang Université de Rennes 1, École doctorale Matisse
Eudes Richard 2006 Thèse Développements méthodologiques relatifs à l’attribution et à la prédiction des structures secondaires des protéines globulaires. Classification structurale de mutations du transporteur CFTR, observées chez des patients atteints de mucoviscidose Université Paris 6, Ecole doctorale Interfaces de la Chimie, de la Physique et de l’Informatique avec la Biologie
Pasek Sophie 2006 Thèse Le domaine protéique, une unité d’homologie pertinente en génomique comparative Université d’Evry
Mougin Fleur 2006 Thèse Conception d’un modèle Web sémantique appliqué à la génomique fonctionnelle Université de Rennes 1, Ecole doctorale Vie, Agro, Santé
Vernois Antoine 2006 Thèse Ordonnancement et réplication de données bioinformatiques dans un contexte de grille de calcul Ecole Normale Supérieure de Lyon, Ecole doctorale de Mathématique - Informatique
Gros Pierre-Emmanuel 2006 Thèse Etude et conception d’une plate-forme d’intégration et de visualisation de données génomiques et d’outils bioinformatiques Université Paris Sud
Peterlongo Pierre 2006 Thèse Filtrage de séquences d’ADN pour la recherche de longues répétitions multiples Université de Marne-la-Vallée
Sapay Nicolas 2006 Thèse Les peptides d’encrage à l’interface membranaire : analyses structurales par RMN et dynamique moléculaire et développement d’une méthode de prédiction bioinformatique Université Lyon 1, Ecole Doctorale Interdisciplinaire Sciences-Santé
Tassy Olivier 2006 Thèse Représentation digitale du développement embryonnaire : Le système NISEED et ses applications dans l’étude des ascidies Université d’Aix-Marseille 2, École doctorale Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique
Jacq Nicolas 2006 Thèse In silico drug discovery services in computing grid environments against neglected and emerging deseases Université Clermont-Ferrand 2