Thèses et Habilitation à Diriger des Recherches

Nom Prénom Année Diplôme Title Université
Zaag Rim 2016 Thèse Enrichissement de profils transcriptomiques par intégration de données hétérogènes : annotation fonctionnelle de gènes d'Arabidopsis thaliana impliqués dans la réponse aux stress Paris Sud
Brinda Karel 2016 Thèse Novel computational techniques for mapping and classifying Next-Generation Sequencing data Université Paris-Est, Marne-la-Vallée
Thomas-Chollier Morgane 2016 HDR Computational analysis of transcriptional regulation in metazoans ENS, Paris
PIERRE-JEAN Morgane 2016 Thèse Development of statistical methods for DNA copy number analysis in cancerology Université d'Evry Val d'Essonne
Bertaux François 2016 Thèse Cell-based multi-scale modeling for systems and synthetic biology: from stochastic gene expression in single cells to spatially organized cell populations INRIA Paris
FIPPO-FITIME Louis 2016 Thèse Modélisation hybride, analyse et vérification des grands réseaux de régulation biologique Université de Nantes
Nassar Elma 2016 Thèse Modèles Probabilistes de l'Evolution d'une Population dans un Environnement Variable Aix-Marseille Université
DRUART Karen 2016 Thèse Défis algorithmiques pour les simulations biomoléculaires et la conception de protéines CEA Saclay, École Polytechnique
Salle Sandrine 2016 Thèse Evolution des génomes chez les bactéries du super-phylum Planctomycetes-Verrucomicrobiae-Chlamydia Aix-Marseille
CONTRI Benjamin 2016 Thèse Equations de réaction-diffusion dans un environnement périodique en temps - Applications en médecine Aix-Marseille Université
Fumey Julien 2016 Thèse Tempo et mode de l'évolution des populations cavernicoles de l'espèce Astyanax mexicanus Université Paris-sud
DAMERON Olivier 2016 HDR Ontology-based methods for analyzing life science data IRISA, Rennes
Schwaller Loïc 2016 Thèse Exact Bayesian Inference in Graphical Models: Tree-structured Network Inference and Segmentation Agro Paris Tech
Durif Ghislain 2016 Thèse Statistique multivariée pour l'analyse de données de séquençage à haut débit Université Lyon 1
Peterlongo Pierre 2016 HDR Lire les lectures : analyse de données de séquençage IRISA, Rennes
Rougny Adrien 2016 Thèse Méthodes qualitatives pour la construction et l'analyse de réseaux moléculaires SBGN Université Paris-sud
Bernauer Julie 2015 HDR Geometric and statistical methods for the analysis and prediction of structural interactions between biomolecules École Polytechnique, INRIA
Pereira Cécile 2015 Thèse Nouvelles approches bioinformatiques pour l'étude à grande échelle de l'évolution des activités enzymatiques Ecole doctorale : Gènes, Génome, Cellule, Université Paris-Sud
Chiquet Julien 2015 HDR Contributions to sparse methods for complex data analysis Université d'Evry
Cohen-Boulakia Sarah 2015 HDR Data Integration in the Life Sciences: Scientific Workflows, Provenance, and Ranking Université Paris Sud
Iakovishina Daria 2015 Thèse Detection of structural variants in cancer genomes using a Bayesian approach Ecole Polytechnique
Brancotte Bryan 2015 Thèse Agrégation de classements avec égalités : algorithmes, guides à l'utilisateur et applications aux données biologiques Université Paris-sud
Paganini Julien 2015 Thèse L'analyse de données génomiques et l'annotation à l'heure des NGS : la Bio informatique 2.0 AMU
Massip Florian 2015 Thèse The Statistical Fate of Genomic DNA: Modelling Match Statistics in Different Evolutionary Scenarios INRA, Jouy en Josas
Gallopin Mélina 2015 Thèse Classification et inférence de réseaux pour les données RNA-seq Université Paris Sud, Ecole Doctorale de Mathématiques Hadamard
TRELLET Mikael 2015 Thèse Exploration et analyse immersives de données moléculaires, guidées par la tâche et la modélisation sémantique des contenus LIMSI et IBPC
KUPERSTEIN Inna 2015 HDR Deciphering cell signaling rewiring in human disorders Université Pierre & Marie Curie - Paris 6
Sinoquet Christine 2014 HDR Approches par optimisation combinatoire et par apprentissage statistique en bioinformatique Applications pour la fouille et la modélisation de données complexes en génomique et en génétique Université de Nantes
FOLSCHETTE Maxime 2014 Thèse Modélisation algébrique de la dynamique multi-échelles des réseaux de régulation biologique Ecole Centrale de Nantes
ZHUKOVA Anna 2014 Thèse Knowledge-based generalisation for metabolic models Université de Bordeaux
Baroukh Caroline 2014 Thèse Metabolic modeling under non-balanced growth. Application de microalgae for biofuels production Science des Procédés, Science des aliments, Univ. Montpellier 2
Boeva Valentina 2014 HDR Deciphering regulation in Eukaryotic cell: from sequence to function Université Pierre et Marie Curie, Paris 6
Picard Franck 2014 HDR A statistical tour of genomic data Université de Lyon 1
BLEIN Sophie 2014 Thèse Étude de la variabilité du génome mitochondrial comme facteur de prédisposition au cancer du sein Univ. Lyon
Duportet Xavier 2014 Thèse Developing new tools and platforms for mammalian synthetic biology: from the assembly and chromosomal integration of large genetic circuits to the engineering of artificial intercellular communication systems INRIA
Batut Bérénice 2014 Thèse Étude de l'évolution réductive des génomes bactériens par expériences d'évolution in silico et analyses bioinformatiques INSA de Lyon
Parisot Nicolas 2014 Thèse Détermination de sondes oligonucléotidiques pour l'exploration à haut débit de la diversité taxonomique et fonctionnelle d'environnements complexes Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand
Basso-Blandin Adrien 2014 Thèse Conception d’un langage dédié à la conception de fonctions biologiques de synthèse par compilation de spécifications comportementales Univ. Evry Val d'Essonne
Poirion Olivier 2014 Thèse Discrimination analytique des génomes bactériens Ecole Centrale de Lyon
Roux Pierre-François 2014 Thèse Apport de la détection de polymorphismes nucléotidiques à l’échelle du génome pour la dissection de caractères complexes et la caractérisation de l’éditome Agrocampus Ouest - Rennes
Batt Gregory 2014 HDR Design, Optimization and Control in Systems and Synthetic Biology Paris Diderot
Videla Santiago 2014 Thèse Raisonner sur la réponse de réseaux de signalisation à l'aide de programmation par ensembles-réponses Univ. Rennes 1
Mirauta Bogdan 2014 Thèse Étude du transcriptome à partir de données de comptages issues de séquençage haut débit Univ. Paris VI
Sacomoto Gustavo 2014 Thèse Efficient algorithms for de novo assembly of alternative splicing events from RNA-seq data Université de Lyon I
DANCHIN Etienne 2014 HDR Évolution génomique et adaptations au parasitisme des plantes chez les nématodes Université de Nice
Prigent Sylvain 2014 Thèse Complétion combinatoire pour la reconstruction de réseaux métaboliques, et application au modèle des algues brunes Ectocarpus siliculosus Univ. Rennes 1
CHAMPEIMONT Raphael 2014 Thèse Combinatoire des mutations ge ́ne ́tiques Univ. Paris VI
Tahi Fariza 2014 HDR Bioinformatique des ARNs non-codants : Algorithmes pour leur identification et la prédiction de leur structure Université d’Evry-Val d’Essonne
Wucher Valentin 2014 Thèse Modélisation d’un réseau de régulation d’ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois Univ. Rennes 1
Garet Gaëlle 2014 Thèse Classification et caractérisation de familles enzymatiques à l'aide de méthodes formelles Univ. Rennes 1 & IRISA