Thèses et Habilitation à Diriger des Recherches

Nom Prénom Année Diplôme Title Université
KUPERSTEIN Inna 2015 HDR Deciphering cell signaling rewiring in human disorders Université Pierre & Marie Curie - Paris 6
Bernauer Julie 2015 HDR Geometric and statistical methods for the analysis and prediction of structural interactions between biomolecules École Polytechnique, INRIA
Pereira Cécile 2015 Thèse Nouvelles approches bioinformatiques pour l'étude à grande échelle de l'évolution des activités enzymatiques Ecole doctorale : Gènes, Génome, Cellule, Université Paris-Sud
Chiquet Julien 2015 HDR Contributions to sparse methods for complex data analysis Université d'Evry
Cohen-Boulakia Sarah 2015 HDR Data Integration in the Life Sciences: Scientific Workflows, Provenance, and Ranking Université Paris Sud
Iakovishina Daria 2015 Thèse Detection of structural variants in cancer genomes using a Bayesian approach Ecole Polytechnique
BLEIN Sophie 2014 Thèse Étude de la variabilité du génome mitochondrial comme facteur de prédisposition au cancer du sein Univ. Lyon
Duportet Xavier 2014 Thèse Developing new tools and platforms for mammalian synthetic biology: from the assembly and chromosomal integration of large genetic circuits to the engineering of artificial intercellular communication systems INRIA
Batut Bérénice 2014 Thèse Étude de l'évolution réductive des génomes bactériens par expériences d'évolution in silico et analyses bioinformatiques INSA de Lyon
Parisot Nicolas 2014 Thèse Détermination de sondes oligonucléotidiques pour l'exploration à haut débit de la diversité taxonomique et fonctionnelle d'environnements complexes Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand
Basso-Blandin Adrien 2014 Thèse Conception d’un langage dédié à la conception de fonctions biologiques de synthèse par compilation de spécifications comportementales Univ. Evry Val d'Essonne
Poirion Olivier 2014 Thèse Discrimination analytique des génomes bactériens Ecole Centrale de Lyon
Roux Pierre-François 2014 Thèse Apport de la détection de polymorphismes nucléotidiques à l’échelle du génome pour la dissection de caractères complexes et la caractérisation de l’éditome Agrocampus Ouest - Rennes
Batt Gregory 2014 HDR Design, Optimization and Control in Systems and Synthetic Biology Paris Diderot
Videla Santiago 2014 Thèse Raisonner sur la réponse de réseaux de signalisation à l'aide de programmation par ensembles-réponses Univ. Rennes 1
Mirauta Bogdan 2014 Thèse Étude du transcriptome à partir de données de comptages issues de séquençage haut débit Univ. Paris VI
Sacomoto Gustavo 2014 Thèse Efficient algorithms for de novo assembly of alternative splicing events from RNA-seq data Université de Lyon I
DANCHIN Etienne 2014 HDR Évolution génomique et adaptations au parasitisme des plantes chez les nématodes Université de Nice
Prigent Sylvain 2014 Thèse Complétion combinatoire pour la reconstruction de réseaux métaboliques, et application au modèle des algues brunes Ectocarpus siliculosus Univ. Rennes 1
CHAMPEIMONT Raphael 2014 Thèse Combinatoire des mutations ge ́ne ́tiques Univ. Paris VI
Tahi Fariza 2014 HDR Bioinformatique des ARNs non-codants : Algorithmes pour leur identification et la prédiction de leur structure Université d’Evry-Val d’Essonne
Wucher Valentin 2014 Thèse Modélisation d’un réseau de régulation d’ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois Univ. Rennes 1
Garet Gaëlle 2014 Thèse Classification et caractérisation de familles enzymatiques à l'aide de méthodes formelles Univ. Rennes 1 & IRISA
Sinoquet Christine 2014 HDR Approches par optimisation combinatoire et par apprentissage statistique en bioinformatique Applications pour la fouille et la modélisation de données complexes en génomique et en génétique Université de Nantes
FOLSCHETTE Maxime 2014 Thèse Modélisation algébrique de la dynamique multi-échelles des réseaux de régulation biologique Ecole Centrale de Nantes
ZHUKOVA Anna 2014 Thèse Knowledge-based generalisation for metabolic models Université de Bordeaux
Baroukh Caroline 2014 Thèse Metabolic modeling under non-balanced growth. Application de microalgae for biofuels production Science des Procédés, Science des aliments, Univ. Montpellier 2
Boeva Valentina 2014 HDR Deciphering regulation in Eukaryotic cell: from sequence to function Université Pierre et Marie Curie, Paris 6
Picard Franck 2014 HDR A statistical tour of genomic data Université de Lyon 1
CALDERON Virginie 2013 Thèse Méthodes bioinformatiques d'analyses de données génomiques, transcriptomiques et cliniques pour l'étude des mécanismes de résistances aux drogues et leurs relations avec la formation de biofilms Université Paul Sabatier, Toulouse
MAILLET Nicolas 2013 Thèse Comparaison de novo de données de séquençage issues de très grands échantillons métagénomiques. Application sur le projet Tara Oceans INRIA/IRISA
Andrieux Geoffroy 2013 Thèse Modélisation dynamique de la signalisation cellulaire : aspects différentiels et discrets; application à la signalisation du facteur de croissance TGF-beta dans le cancer Université Rennes 1
Grandaubert Jonathan 2013 Thèse Génomique comparative et évolutive au sein du complexe d'espèces Leptosphaeria maculans-Leptosphaeria biglobosa AgroParisTech
Carvalho Julie Ferreira 2013 Thèse Évolution du génome des spartines polyploïdes envahissant les marais salés : apport des nouvelles techniques de séquençage haut-débit Universite de Rennes 1
KOPYLOVA Evguenia 2013 Thèse Algorithmes bio-informatiques pour l'analyse de données de séquençage à haut débit Université de Lille I
Didier Gilles 2013 HDR Codages de séquences et autres interactions Mathématiques-Informatique-Biologie Université d'Aix-Marseille
Arbi Oumarou-Abdou 2013 Thèse Etude de la variabilité des contributions de nutriments à un réseau métabolique : modélisation, optimisation et application en nutrition Université Rennes 1
JI Boyang 2013 Thèse Comparative and Functional Genome Analysis of Magnetotactic Bacteria Université d'Aix-Marseille
Bettembourg Charles 2013 Thèse Méthodes sémantiques pour la comparaison inter-espèces de voies métaboliques : application au métabolisme des lipides chez l'humain, la souris et la poule Université de Rennes - IRISA
Grieco Luca 2013 Thèse Integrative modelling and analysis of MAPK network deregulations in human cancers Université d'Aix-Marseille
Aravena Andrés 2013 Thèse Probabilistic and constraint based modelling to determine regulation events from heterogeneous biological data Univ. Rennes 1 & Univ. Santiago du Chili
NicolasThierry-Mieg 2013 Thèse Smart-pooling et interactomes Université de Grenoble
Cleynen Alice 2013 Thèse Approches statistiques en segmentation : application à la ré-annotation de génome AgroParisTech
Lhoussaine Cedric 2013 HDR Approches de la modélisation en biologie par langages de programmation concurrente Université de Lille
Almeida Mathieu 2013 Thèse Caractérisation de flores microbiennes intestinale humaine et fromagère par méthode de métagénomique quantitative INRA, Jouy en Josas
Bettembourg Charles 2013 Thèse Semantic methods for the cross-species metabolic pathways comparison : application to human, mice and chicken lipid metabolism Univ. Rennes 1
Drillon Guénola 2013 Thèse Analyse combinatoire des réarrangements chromosomiques et reconstruction de génomes ancestraux chez les eucaryotes
HAMON Julie 2013 Thèse Optimisation combinatoire pour la sélection de variables en régression en grande dimension : Application en génétique animale INRIA, Université de Lille
Bulteau Laurent 2013 Thèse Ordre et désordre dans l'algorithmique du génome Université de Nanes
Uhlendorf Jannis 2013 Thèse Real-time feedback control of gene expression Université Denis Diderot