Thèses et Habilitation à Diriger des Recherches

Nom Prénom Année Diplôme Title Université
Iakovishina Daria 2015 Thèse Detection of structural variants in cancer genomes using a Bayesian approach Ecole Polytechnique
Brancotte Bryan 2015 Thèse Agrégation de classements avec égalités : algorithmes, guides à l'utilisateur et applications aux données biologiques Université Paris-sud
Paganini Julien 2015 Thèse L'analyse de données génomiques et l'annotation à l'heure des NGS : la Bio informatique 2.0 AMU
Massip Florian 2015 Thèse The Statistical Fate of Genomic DNA: Modelling Match Statistics in Different Evolutionary Scenarios INRA, Jouy en Josas
Gallopin Mélina 2015 Thèse Classification et inférence de réseaux pour les données RNA-seq Université Paris Sud, Ecole Doctorale de Mathématiques Hadamard
TRELLET Mikael 2015 Thèse Exploration et analyse immersives de données moléculaires, guidées par la tâche et la modélisation sémantique des contenus LIMSI et IBPC
Poirion Olivier 2014 Thèse Discrimination analytique des génomes bactériens Ecole Centrale de Lyon
Roux Pierre-François 2014 Thèse Apport de la détection de polymorphismes nucléotidiques à l’échelle du génome pour la dissection de caractères complexes et la caractérisation de l’éditome Agrocampus Ouest - Rennes
Batt Gregory 2014 HDR Design, Optimization and Control in Systems and Synthetic Biology Paris Diderot
Videla Santiago 2014 Thèse Raisonner sur la réponse de réseaux de signalisation à l'aide de programmation par ensembles-réponses Univ. Rennes 1
Mirauta Bogdan 2014 Thèse Étude du transcriptome à partir de données de comptages issues de séquençage haut débit Univ. Paris VI
Sacomoto Gustavo 2014 Thèse Efficient algorithms for de novo assembly of alternative splicing events from RNA-seq data Université de Lyon I
DANCHIN Etienne 2014 HDR Évolution génomique et adaptations au parasitisme des plantes chez les nématodes Université de Nice
Prigent Sylvain 2014 Thèse Complétion combinatoire pour la reconstruction de réseaux métaboliques, et application au modèle des algues brunes Ectocarpus siliculosus Univ. Rennes 1
CHAMPEIMONT Raphael 2014 Thèse Combinatoire des mutations ge ́ne ́tiques Univ. Paris VI
Tahi Fariza 2014 HDR Bioinformatique des ARNs non-codants : Algorithmes pour leur identification et la prédiction de leur structure Université d’Evry-Val d’Essonne
Wucher Valentin 2014 Thèse Modélisation d’un réseau de régulation d’ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois Univ. Rennes 1
Garet Gaëlle 2014 Thèse Classification et caractérisation de familles enzymatiques à l'aide de méthodes formelles Univ. Rennes 1 & IRISA
Sinoquet Christine 2014 HDR Approches par optimisation combinatoire et par apprentissage statistique en bioinformatique Applications pour la fouille et la modélisation de données complexes en génomique et en génétique Université de Nantes
FOLSCHETTE Maxime 2014 Thèse Modélisation algébrique de la dynamique multi-échelles des réseaux de régulation biologique Ecole Centrale de Nantes
ZHUKOVA Anna 2014 Thèse Knowledge-based generalisation for metabolic models Université de Bordeaux
Baroukh Caroline 2014 Thèse Metabolic modeling under non-balanced growth. Application de microalgae for biofuels production Science des Procédés, Science des aliments, Univ. Montpellier 2
Boeva Valentina 2014 HDR Deciphering regulation in Eukaryotic cell: from sequence to function Université Pierre et Marie Curie, Paris 6
Picard Franck 2014 HDR A statistical tour of genomic data Université de Lyon 1
BLEIN Sophie 2014 Thèse Étude de la variabilité du génome mitochondrial comme facteur de prédisposition au cancer du sein Univ. Lyon
Duportet Xavier 2014 Thèse Developing new tools and platforms for mammalian synthetic biology: from the assembly and chromosomal integration of large genetic circuits to the engineering of artificial intercellular communication systems INRIA
Batut Bérénice 2014 Thèse Étude de l'évolution réductive des génomes bactériens par expériences d'évolution in silico et analyses bioinformatiques INSA de Lyon
Parisot Nicolas 2014 Thèse Détermination de sondes oligonucléotidiques pour l'exploration à haut débit de la diversité taxonomique et fonctionnelle d'environnements complexes Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand
Basso-Blandin Adrien 2014 Thèse Conception d’un langage dédié à la conception de fonctions biologiques de synthèse par compilation de spécifications comportementales Univ. Evry Val d'Essonne
Lhoussaine Cedric 2013 HDR Approches de la modélisation en biologie par langages de programmation concurrente Université de Lille
Almeida Mathieu 2013 Thèse Caractérisation de flores microbiennes intestinale humaine et fromagère par méthode de métagénomique quantitative INRA, Jouy en Josas
Bettembourg Charles 2013 Thèse Semantic methods for the cross-species metabolic pathways comparison : application to human, mice and chicken lipid metabolism Univ. Rennes 1
Drillon Guénola 2013 Thèse Analyse combinatoire des réarrangements chromosomiques et reconstruction de génomes ancestraux chez les eucaryotes
HAMON Julie 2013 Thèse Optimisation combinatoire pour la sélection de variables en régression en grande dimension : Application en génétique animale INRIA, Université de Lille
Bulteau Laurent 2013 Thèse Ordre et désordre dans l'algorithmique du génome Université de Nanes
Uhlendorf Jannis 2013 Thèse Real-time feedback control of gene expression Université Denis Diderot
Robisson Benoit 2013 Thèse Méthodes de classification de réseaux d'interactions protéine-protéine et évaluations pour l'étude de la fonction Université d'Aix-Marseille, Ecole doctorale BBSG
Andreani Jessica 2013 Thèse Analyse évolutive, prédiction structurale et inhibition des interactions protéine-protéine Paris 6/7
JACQUES Julie 2013 Thèse Classification sur données médicales à l'aide de méthodes d'optimisation et de datamining, appliquée au pré-screening dans les essais cliniques Université Lille 1
Beauchene Isaure Chauvot 2013 Thèse Étude par modélisation et dynamique moléculaire des mécanismes d’activation et de résistance du récepteur tyrosine kinase KIT sauvage et mutant ENS Cachan
Petitjean Celine 2013 Thèse Phylogénie et Evolution des Archaea, une approche phylogénomique Université Paris-sud
Klein Cecilia Coimbra 2013 Thèse Une étude bioinformatique du dialogue métabolique entre trypanosome non pathogène et son endosymbiote à des buts évolutifs et fonctionnels Université de Lyon I
Garcia Maxime 2013 Thèse Découverte de biomarqueurs prédictifs en cancer du sein par intégration transcriptome-interactome Aix-Marseille Université
DHIFLI Wajdi 2013 Thèse Topological and Domain Knowledge-based Subgraph Mining: Application on Protein 3D-Structures Université Blaise Pascal
Spill Yannick 2013 Thèse Développement de méthodes d’échantillonnage et traitement bayésien de données continues - Nouvelle méthode d’échange de répliques et modélisation de données SAXS
Santolini Marc 2013 Thèse Computational analysis of cis-regulatory elements in drosophilae and mammalian genomes E.N.S.
Martin-Magniette Marie-Laure 2013 HDR Approches statistiques pour l'analyse des données génomiques Agro-Paris-Tech
Bresso Emmanuel 2013 Thèse Organisation et exploitation des connaissances sur les réseaux d’interactions biomoléculaires pour l’étude de l’étiologie des maladies génétiques et la caractérisation des effets secondaires de principes actifs Université de Nancy
Pupin Maude 2013 HDR Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases Université Lille 1
Kaneko Gaël 2013 Thèse Analyse et modélisation de la stochasticité de l’expression génique dans des cellules eucaryotes INSA, Université de Lyon I