Thèses et Habilitation à Diriger des Recherches

Nom Prénom Année Diplôme Title Université
Cottret Ludovic 2009 Thèse Analyse systémique de la symbiose intracellulaire : évolution et organisation du réseau métabolique des endocytobiotes Université Claude Bernard (Lyon 1)
Djelloul Mahassine 2009 Thèse Algorithmes de graphes pour la recherche de motifs récurrents dans les structures tertiaires d’ARN Université Paris-Sud Orsay
Doppelt-Azeroual Olivia 2009 Thèse Développement d’une nouvelle méthode performante de classification des surfaces protéiques d’interaction. Optimisations et extensions du logiciel MED-SuMo Université Paris 7
Fauré Adrien 2009 Thèse Modélisation logique du réseau de régulation contrôlant le cycle cellulaire chez les eucaryotes Universtité de la Méditerranée, Università degli Studi di Torino
Ferré Marc 2009 Thèse Analyse bio-informatique du protéome mitochondrial et du spectre des mutations de la protéine Opa1 Université d’Angers
Fromentin Jonathan 2009 Thèse Modélisation hybride temporelle et analyse par contraintes des réseaux de régulation biologiques Ecole Centrale de Nantes
Gouret Philippe 2009 Thèse Automatisation de processus d'annotation génomique contrôlée par système expert Université de Provence, Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé
Goût Jean-François 2009 Thèse Les singularités du génome de la paramécie : un bon révélateur des mécanismes évolutifs à l’œuvre chez les êtres vivants Université Claude Bernard (Lyon 1)
Haeussler Maximilian 2009 Thèse Prediction of tissue-specific cis-regulatory sequences: application to the ascidian Ciona intestinalis and the anterior neurectoderm Université Paris Sud
Jacob Laurent 2009 Thèse A priori structurés pour l'apprentissage supervisé en biologie computationnelle Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris
Kozomara Ana 2009 Thèse Détection des ARN non-codant dans les séquences génomiques. Application au génome de Ralstonia solanacearum INRA Toulouse
Gallé Matthias 2011 Thèse Searching for Compact Hierarchical Structures in DNA by means of the Smallest Grammar Problem Université de Rennes 1
Marot Guillemette 2009 Thèse Modélisation statistique pour la recherche de gènes différentiellement exprimés: modèles de variance-covariance, analyse séquentielle et méta-analyse. Agro-Paris-Tech
Naldi Aurélien 2009 Thèse Modélisation logique de la différenciation des lymphocytes T auxiliaires Université d’Aix-Marseille II
Prudhomme Nicolas 2009 Thèse Prédiction des résidus impliqués dans le noyau du repliement et classification structurale de fragments protéiques en interaction Université Pierre et Marie Curie, Ecole Doctorale B3MI
Scornavacca Celine 2009 Thèse Méthodes de super-arbres pour la phylogénomique Université de Montpellier II, Ecole Doctorale Information Structures Systèmes (I2S)
Thévenin Annelyse 2009 Thèse Aspects Algorithmiques des Réarrangements Génomiques : Duplications et Ordres Partiels Université Paris-Sud, Orsay
Wieczorek Samuel 2009 Thèse Une mesure d'inclusion entre objets structurés : application à la classification de molécules Université Joseph Fourier (Grenoble), Ecole Doctorale MSTII
Zaghloul Lamia 2009 Thèse Transcriptional activity, chromatin state and replication timing in domains of compositional skew in the human genome Ecole Normale Supérieure de Lyon
Zaslavskiy Mikhail 2009 Thèse L'alignement de graphes: applications en bioinformatique et vision par ordinateur Ecole des Mines de Paris
Téletchéa Stéphane 2005 Thèse Etude par modélisation de dynamique moléculaire et spectroscopie RMN des déformations induites par la coordination du cisplatine sur l’ADN
Denielou Yves-Pol 2010 Thèse Mise en correspondance multiple de données génomiques et post-génomiques : approches algorithmiques INRIA Rhone-Alpes
Esque Jérémy 2010 Thèse Topologie des macromolécules en interaction: analyse structurale des protéines à l'aide des diagrammes de Voronoï et Laguerre Université de Cergy Pontoise
Essabbah Mouna 2010 Thèse Assistance à l'interaction Homme-Molécule in virtuo: application au chromosome Université d'Evry Val d'Essonne
Finkler Audrey 2010 Thèse Modèle d'évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d'adéquation en présence de zéros aléatoires Université de Strasbourg
Flutre Timothée 2010 Thèse L'annotation des éléments transposables par la compréhension de leur diversification Université Paris Diderot
Gambette Philippe 2010 Thèse Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques Université de Montpellier 2
Grossetete-Lalami Sandrine 2010 Thèse Génomique comparée et développement de nouveaux outils bioinformatiques permettant l'analyse de la diversité génomique et métabolique des Eumycota Université Paris-Sud, Orsay
Guillemot Vincent 2010 Thèse Application de méthodes de classification supervisée et intégration de données hétérogènes pour des données transcriptomiques à haut débit Ecole Supérieure d’Electricité
Guziolowski Carito 2010 Thèse Analysis of Large-Scale Biological Networks with Constraint-Based Approaches over Static Models Université de Rennes 1
Hoede Claire 2010 Thèse Impact des processus de mutation et de recombinaison sur la diversité génomique au sein de l'espèce Escherichia coli Faculté de médecine Xavier Bichat (Paris)
Khalis Zohra 2010 Thèse Logique de Hoare et identification formelle des paramètres d'un réseau génétique Université d’Evry
Latouche Pierre 2010 Thèse Modèles de graphes aléatoires à structure cachée pour l'analyse des réseaux Université d'Evry-Val d'Essonne
Lespinet Olivier 2010 HDR Evolution des Génomes et du Métabolisme : Annotation, Analyse et Exploration des données
Malod-Dognin Noël 2010 Thèse La comparaison structurale des protéines : de la maximisation du recouvrement de cartes de contacts à l'alignement basé sur les distances INRIA Rennes - Bretagne Atlantique
Mathelier Anthony 2010 Thèse Analyse de signaux dans les séquences génomiques: Recherche de microARN chez les eucaryotes. Étude de la distribution des gènes chez Escherichia coli Université Pierre et Marie Curie (Paris VI)
Mordelet Fantine 2010 Thèse Méthodes d'apprentissage statistique à partir d'exemples positifs et indéterminés en biologie Ecole des Mines Paris Tech.
Muffato Matthieu 2010 Thèse Reconstruction de génomes ancestraux chez les vertébrés École Normale Supérieure
Naville Magali 2010 Thèse Une approche à grande échelle pour la détection et l'analyse des atténuateurs de transcription bactériens Université Paris-Sud (Orsay)
Ollivier Morgane 2010 Thèse Evolution comparée des génomes d'insectes: évolution des familles multigéniques et adaptation chez les pucerons INRA Rennes
Pantel Nicolas 2010 Thèse Caractérisation de la famille de gènes GusL spécifique des primates, de son évolution à sa fonction Université Paris 6 (Nice-Sophia Antipolis)
Piuzzi Marc 2010 Thèse Détermination de la structure de protéines à l’aide de données faiblement résolues CNRS de Gif-sur-Yvette
Rialle Stéphanie 2010 Thèse Méthodologie et outils bioinformatiques d'aide à la conception de systèmes biologiques synthétiques pour de nouveaux diagnostics en santé humaine Université de Montpellier II
Rigaill Guillem 2010 Thèse Développements statistiques et algorithmiques pour l'analyse des cancers du sein de type triple négatif Agro-Paris-Tech
Rolland Thomas 2010 Thèse Génomique comparative des levures hémiascomycètes. Leçons tirées de l'évolution d'organismes unicellulaires eucaryotes Institut Pasteur - Paris
Saule Cédric 2010 Thèse Modèles combinatoires des structures d’ARN avec ou sans pseudonoeuds, application à la comparaison de structures Université Paris-Sud (Orsay)
Talla Emmanuel 2010 HDR Génome, Evolution & Bioinformatique Université de la Méditerranée
Terrapon Nicolas 2010 Thèse Recherche de domaines protéiques divergents à l’aide de modèles de Markov cachés : application à Plasmodium falciparum Université de Montpellier 2
Thybert David 2010 Thèse Identification des potentialités fonctionnelles dans les génomes procaryotes : Application au sous-système de détoxication des radicaux libres de l’oxygène et de l’azote Université de Rennes 1 et Université Européenne de Bretagne
Uricaru Raluca 2010 Thèse Algorithmes de comparaison de génomes appliqués aux génomes bactériens Université de Montpellier 2