Analyse ChIP-Seq

Type de poste
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Localisation
Adresse

<ul><li>Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées, Toulouse INRA, Auzeville BP 52627 31326 CASTANET TOLOSAN cedex</li><li>CPTP INSERM UMR1043 CNRS 5282, CHU Purpan, Toulouse</li></ul>
Toulouse
France

Contacts
ZYTNICKI Matthias
MALNOU Cécile
Email du/des contacts
matthias.zytnicki@toulouse.inra.fr
cecile.malnou@inserm.fr
Description

<p>
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</p><p align="center" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><b>PROPOSITION DE STAGE DE M2 POUR L&#39;ANNÉE 2016-2017</b></p><p align="center" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p align="center" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; border: 1px solid #000000; padding: 0.01in 0.06in; line-height: 100%"><u><b>Sujet&nbsp;: </b></u><b>Analyse par ChIP-séquençage de la répartition de la marque histone H4K5ac sur le génome neuronal suite à l&rsquo;infection par le virus de la maladie de Borna</b></p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><b>RENSEIGNEMENTS SUR L&rsquo;EQUIPE D&#39;ACCUEIL</b></p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><b>Ce stage se déroulera en partenariat entre deux équipes&nbsp;:</b></p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Equipe &laquo;&nbsp;Pathogénèse des infections virales du système nerveux central adulte et en développement&nbsp;&raquo;</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Responsable(s)&nbsp;: Daniel Dunia et Charlotte Casper</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Laboratoire ou entreprise&nbsp;: CPTP INSERM UMR1043 CNRS 5282, CHU Purpan, Toulouse</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Site web : http://www.cptp.inserm.fr/</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Équipe &laquo;&nbsp;Statistiques et Algorithmique pour la Biologie&nbsp;&raquo;</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Responsable&nbsp;: Thomas Schiex</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Laboratoire&nbsp;: Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées, Toulouse INRA, Auzeville BP 52627 31326 CASTANET TOLOSAN cedex</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Site web&nbsp;: https://mia.toulouse.inra.fr/Accueil</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><b>RENSEIGNEMENTS SUR LE SUJET</b></p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><u>Description</u> :</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="text-indent: 0.49in; margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Le virus de la maladie de Borna (Bornavirus) est un virus infectant la plupart des animaux à sang chaud, qui possède un tropisme préférentiel pour les neurones du système limbique, une région du cerveau impliquée dans les phénomènes d&rsquo;apprentissage et de mémorisation. Les animaux infectés présentent une grande variété de symptômes, allant de méningo-encéphalites fatales à de subtils troubles du comportement. Le Bornavirus se réplique au cœur du noyau des neurones, en interaction très étroite avec la chromatine cellulaire, et notre équipe a d&rsquo;ailleurs récemment démontré que l&rsquo;infection virale perturbait l&rsquo;épigénétique neuronale . En particulier, nous avons observé une baisse d&rsquo;acétylation sur les histones dans des cultures primaires de neurones infectés par le Bornavirus. Nous avons identifié que la phosphoprotéine P du Bornavirus était responsable de cette baisse et qu&rsquo;une forme mutée de la P n&rsquo;entraînait plus la baisse d&rsquo;acétylation.</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="text-indent: 0.49in; margin-bottom: 0in; line-height: 100%">L&rsquo;acétylation des histones est un processus dynamique de la chromatine, central dans les phénomènes d&rsquo;apprentissage et mémorisation chez les neurones . Dans ce contexte, notre prochain objectif est de cartographier précisément la répartition de l&rsquo;acétylation d&rsquo;une marque histone précise (H4K5ac) dans des neurones soit naïfs, ou bien exprimant la protéine virale P, ou sa forme mutée. Pour cela, des expériences de ChIP-sequençage ont été réalisées sur des neurones dans les trois conditions et nous souhaitons désormais réaliser l&rsquo;analyse bioinformatique de ces résultats de ChIP-seq.</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="text-indent: 0.49in; margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Celle-ci se déroulera en trois grandes parties. La première consistera à évaluer la qualité des données. L&rsquo;étudiant détectera ensuite les régions acétylées différentiellement (naïf <i>vs</i> avec la protéine P, naïf <i>vs</i> avec la P mutée). Enfin, on recherchera des signatures caractéristiques des régions précédemment trouvées (loci, voie de régulation, fonction, etc.).</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><u>Références bibliographiques éventuelles&nbsp;: </u></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-left: 0.5in; text-indent: -0.5in; margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><span lang="en-US">1. E. M. Bonnaud</span><span lang="en-US"><i> et al.</i></span><span lang="en-US">, Borna disease virus phosphoprotein modulates epigenetic signaling in neurons to control viral replication. </span><span lang="en-US"><i>J Virol</i></span><span lang="en-US"> </span><span lang="en-US"><b>89</b></span><span lang="en-US">, 5996 (Jun, 2015).</span></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-left: 0.5in; text-indent: -0.5in; margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><span lang="en-US">2. E. M. Bonnaud, E. Suberbielle, C. E. Malnou, Histone acetylation in neuronal (dys)function. </span><span lang="en-US"><i>Biomolecular concepts</i></span><span lang="en-US"> </span><span lang="en-US"><b>7</b></span><span lang="en-US">, 103 (May 1, 2016).</span></p><p class="western" lang="en-US" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p class="western" lang="en-US" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"></p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><u>Compétences requises&nbsp;:</u></p><ul><li><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Connaissances de base en biologie moléculaire et cellulaire</p></li><li><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Linux.</p></li><li><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Manipulation de données de séquençage haut-débit.</p></li></ul><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><b>M2 Bio-informatique</b></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-left: 0.25in; margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; text-transform: uppercase; line-height: 100%"><b>Responsable(S) de stage: </b></p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">MALNOU Cécile</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">E-mail: cecile.malnou@inserm.fr</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Tél. : 0562744539</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Et</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">ZYTNICKI Matthias</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">E-mail&nbsp;: matthias.zytnicki@toulouse.inra.fr</p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">Tél.&nbsp;: 05 61 28 50 71</p><br/>
Laboratoire: INRA MIAT