Analyse des fonctions moléculaires d’Eomes par RNA-Seq et CHIP-Seq

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Toulouse
France

Contacts
Dejean Anne
Zytnicki Matthias
Email du/des contacts
anne.dejean@inserm.fr
matthias.zytnicki@inra.fr
Description

<p><b>Projet de Stage M2R Bio-informatique-2017-2018</b></p><p><b>Titre&nbsp;: Analyse des fonctions moléculaires d&rsquo;Eomes par RNA-Seq et CHIP-Seq</b></p><p><b>Projet&nbsp;:</b> Des études d&rsquo;association génétiques ont permis d&rsquo;identifier des polymorphismes génétiques qui confèrent une susceptibilité accrue à la sclérose en plaques (SEP), cependant leurs fonctions biologiques restent largement méconnues. L&rsquo;objectif de notre équipe est de comprendre les mécanismes cellulaires et moléculaires par lesquels un gène de susceptibilité à la SEP, <i>Eomes</i>, contrôle le développement de cette pathologie. Eomes est un facteur de transcription qui appartient à la famille T-box. Plusieurs études ont montré qu&rsquo;Eomes est essentiel dans les cellules immunitaires au sein desquelles il contrôle la production de médiateurs inflammatoires et l&rsquo;acquisition des fonctions lytiques. Cependant, son rôle dans les cellules T CD4 est peu connu. Or, nos récents résultats montrent qu&rsquo;Eomes pourrait être impliqué dans la différenciation des cellules T CD4 encéphalitogènes responsables de l&rsquo;initiation et de la chronicité de la maladie. De plus, une étude a mis en évidence une accumulation des cellules T CD4 EOMES+ dans le sang et le liquide céphalorachidien des patients atteints de forme sévère de SEP. Ces résultats soulignent l&rsquo;implication d&rsquo;Eomes dans l&rsquo;inflammation du système nerveux central. Ainsi, la suite de ces travaux va consister à analyser les mécanismes moléculaires par lesquels Eomes contrôle la différenciation des LT CD4 encéphalitogènes.</p><p><b>Méthodologie&nbsp;:</b> Afin de mettre en évidence les voies et les gènes sur- ou sous- exprimés dans les cellules T CD4 déficientes en Eomes, des expériences en RNA-Seq ont été effectuées sur des cellules déficientes ou compétentes pour Eomes, stimulées ou non <i>in vitro</i> pendant 12, 24 ou 48 heures. Des expériences d&rsquo;immunoprécipitation de la chromatine et de séquençage (ChIP-Seq) seront réalisées pour identifier à haute résolution les sites de liaison d&rsquo;Eomes à l&rsquo;échelle du génome afin de recenser les gènes cibles directs d&rsquo;Eomes dans les cellules T CD4.</p><p><b>Objectif du M2R&nbsp;:</b> L&rsquo;objectif général de ce projet de M2R-bioinformatique sera d&rsquo;analyser les données NGS générées à partir des expériences en RNA-Seq et ChIP-Seq (contrôle qualité, alignement, quantification, analyses non supervisées, analyses d&rsquo;expression différentielle et GSEA).</p><p><b>Références bibliographiques éventuelles&nbsp;: </b></p><ol><li>Foxo3 Transcription Factor Drives Pathogenic T&nbsp;Helper 1 Differentiation by Inducing the Expression of Eomes.<br />Stienne C, Michieletto MF, Benamar M, Carrié N, Bernard I, Nguyen XH, Lippi Y, Duguet F, Liblau RS, Hedrick SM, Saoudi A, Dejean AS<br />Immunity. 2016 Oct 18;45(4):774-787. doi: 10.1016/j.immuni.2016.09.010.</li><li>A spontaneous mutation of the rat Themis gene leads to impaired function of regulatory T cells linked to inflammatory bowel disease.<br />Chabod M, Pedros C, Lamouroux L, Colacios C, Bernard I, Lagrange D, Balz-Hara D, Mosnier JF, Laboisse C, Vergnolle N, Andreoletti O, Roth MP, Liblau R, Fournié GJ, Saoudi A, Dejean AS.<br />PLoS Genet. 2012 Jan;8(1):e1002461</li><li>Transcription factor Foxo3 controls the magnitude of T cell immune responses by modulating the function of dendritic cells.<br />Dejean AS, Beisner DR, Ch&#39;en IL, Kerdiles YM, Babour A, Arden KC, Castrillon DH, DePinho RA, Hedrick SM.<br />Nat Immunol. 2009 May;10(5):504-13. doi: 10.1038/ni.1729. PMID: 19363483</li></ol><p>&nbsp;</p><p><b>Equipes d&#39;accueil :</b><br />Dr. Anne Dejean<br />Team 5: &quot;Inflammatory diseases of the central nervous system: mechanisms and therapy&quot;<br />Centre de Physiopathologie de Toulouse-Purpan<br />Inserm UMR1043 - CNRS UMR5282 - Université Toulouse III<br />CHU Purpan - BP 3028<br />31024 Toulouse Cedex 3<br />FRANCE<br />Tel: +33 5 62 74 45 36<br />Site web&nbsp;: http://www.cptp.inserm.fr/inflammatory-diseases-of-the-central-nervous-… Matthias Zytnicki<br />Team&laquo;&nbsp;Statistiques et Algorithmique pour la Biologie&nbsp;&raquo;<br />Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées<br />Toulouse INRA<br />Auzeville BP 52627 31326 CASTANET TOLOSAN cedex<br />Tel: +33 5 61 28 50 71<br />Site web&nbsp;: https://mia.toulouse.inra.fr/Matthias_ZYTNICKI</p><br/&gt;
Lieu: <p>Centre de Physiopathologie de Toulouse-Purpan<br />Inserm UMR1043 - CNRS UMR5282 - Université Toulouse III<br />CHU Purpan - BP 3028<br />31024 Toulouse Cedex 3<br />FRANCE</p><p>Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées, INRA<br />Auzeville BP 52627<br />31326 CASTANET TOLOSAN cedex</p>
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Laboratoire: INSERM-CPTP, INRA-MIAT