Développement de composants Galaxy pour l’Ecologie

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>Station de Biologie marine BP 225, 29182 Concarneau CEDEX</p>
Concarneau
France

Contacts
Le Bras Yvan
Email du/des contacts
yvan.le-bras@mnhn.fr
Description

<p>Offre de poste Muséum national d&rsquo;histoire naturelle<br />Ingénieur en développement de composants Galaxy pour l&rsquo;Ecologie<br /><br /><strong>Contexte</strong><br />Le projet d&rsquo;investissement &laquo;65 Millions d&rsquo;Observateurs&raquo; (65MO), porté par le Muséum national d&rsquo;Histoire naturelle, vise à développer des outils innovants et évolutifs &ndash; principalement informatiques &ndash; dédiés aux programmes de sciences participatives. Ceux-ci associent chercheurs, citoyens et structures animatrices autour de la collecte de données &laquo; standardisées &raquo;, et analysées dans le but de faire&nbsp;&nbsp; progresser&nbsp;&nbsp; la&nbsp;&nbsp; connaissance&nbsp;&nbsp; sur&nbsp;&nbsp; différentes&nbsp;&nbsp; thématiques&nbsp;&nbsp; (biodiversité,<br />sciences de la terre et de l&rsquo;univers...).<br /><br />Pour étendre la participation des différents acteurs à ces programmes, la mise en place d&rsquo; 1 plateforme de Consultation et Analyse de Données (CAD) issues de projet de sciences participatives est étudiée. Une preuve de concept a été développée à partir de la plateforme d&rsquo;analyse de données Galaxy et nommée Galaxy-E, pour l&rsquo;écologie. Il est proposé d&rsquo;aller plus loin sur cette preuve de concept et d&rsquo;évaluer la possibilité d&rsquo;un passage en production.<br /><br /><strong>Missions</strong><br />Il s&rsquo;agira donc de concevoir, développer des outils Galaxy principalement à partir de scripts R existants ou à créer. Pour aider à la représentation du workflow général type d&rsquo;analyse des données, il se trouve actuellement dans ce découpage en 8 étapes dans lesquelles s&rsquo;inscriront les outils à intégrer&nbsp;:</p><ol><li>Manipulation et extraction de tables issues de bases de données</li><li>Vérification / correction / standardisation des données par table</li><li>Manipulation de fichiers (jointure / format / filtre / sélection / tri / imputation de données &hellip;)</li><li>Statistiques descriptives</li><li>Restitution/Représentation graphique (notamment de type diagrammes et cartographiques)</li><li>Analyses statistiques&nbsp; &laquo;&nbsp;classiques&nbsp;&raquo; ( Test t, ANOVA, ACP, &hellip;)</li><li>Modélisation (régressions linéaires de type glm, &hellip;.)</li><li>Parcours / Interrogation des données via représentation sous forme de graphe</li></ol><p><strong>Profil</strong><br />Diplômé(e) d&rsquo;un Master, d&rsquo;une école d&rsquo;informatique ou de l&rsquo;université, vous avez la culture du service à l&rsquo;utilisateur.&nbsp;<br /><br />Vous appréciez travailler en équipe et souhaitez mettre à profit votre expérience au sein d&rsquo;une équipe dynamique en plein développement.<br /><br />Expérience appréciée<br /><br /><strong>Compétences </strong></p><ul><li>Connaissance de l&rsquo;environnement linux en ligne de commande</li><li>Maîtrise du langage R</li><li>Expérience souhaitée de l&rsquo;environnement Galaxy et des bonnes pratiques d&rsquo;intégration d&rsquo;outils</li><li>Connaissance de plateformes de développement logiciel de type GitHub</li><li>Votre intérêt pour le domaine d&rsquo;application, la macro-écologie et les sciences participatives, et une expérience en analyse de données protocolées serait un gros plus</li></ul><p><br /><strong>Qualités</strong></p><ul><li>Curieux</li><li>Force de proposition</li><li>Capacité à penser en dehors des chemins établis</li><li>Intérêt pour l&rsquo;open science</li><li>Goût prononcé pour le travail en équipe</li><li>Bonne humeur</li></ul><p><br /><strong>Relations de travail</strong></p><ul><li>Chef de Projet CAD du projet 65MO (Concarneau)</li><li>Equipes de recherche de l&rsquo;UMR CESCO et des UMR liées à la station de biologie marine de Concarneau</li><li>Equipe de coordination du projet 65MO (Paris)</li><li>Equipe&nbsp;&nbsp; projet&nbsp;&nbsp; 65MO :&nbsp;notamment&nbsp;&nbsp; responsables&nbsp;&nbsp; des&nbsp;&nbsp; sites&nbsp;&nbsp; &laquo;Observatoire Agricole&nbsp;&nbsp; de&nbsp;&nbsp; la&nbsp;&nbsp; Biodiversité&raquo;, &laquo;Plateforme&nbsp;&nbsp; des&nbsp;&nbsp; savoirs&nbsp;&nbsp; agricoles&nbsp;&nbsp; sur&nbsp;&nbsp; la biodiversité&raquo; &laquo;Vigie-Nature&nbsp;&nbsp; Ecole&raquo;,&nbsp;&nbsp; &laquo;Suivi&nbsp;&nbsp; Photographique&nbsp;&nbsp; des&nbsp;&nbsp; insectes pollinisateurs&raquo; et &laquo;Vigie-Ciel&raquo; (Paris)</li></ul><p><br /><strong>Poste</strong><br />Lieu : Concarneau&nbsp;ou Paris<br />Prise de poste : Octobre 2017<br />Type : CDD de droit public<br />Durée : 11 mois renouvelable<br /><br /><strong>Modalités de candidature</strong><br />Le&nbsp;&nbsp; dossier&nbsp;&nbsp; de&nbsp;&nbsp; candidature&nbsp;&nbsp; devra&nbsp;&nbsp; être&nbsp;&nbsp; composé&nbsp;&nbsp; d&rsquo;un&nbsp;&nbsp; CV,&nbsp;&nbsp; d&rsquo;une&nbsp;&nbsp; lettre&nbsp;&nbsp; de motivation. Ces documents devront être envoyés sous la forme d&rsquo;un PDF unique nommé &ldquo;CandidatureDeveloppeuRCAD_NOM_Prenom&rdquo;.<br />A envoyer par courriel jusqu&rsquo;au 31/08/2017 à : yvan.le-bras@mnhn.fr avec pour objet : [65MO] Candidature &laquo;Développeur Galaxy-E R&raquo;.<br />NB. Les candidatures seront traitées au fur et à mesure de leur arrivée</p><br/>
Laboratoire: MNHN CESCO UMR 7204, station de biologie marine de Concarneau