Evaluation de l’impact environnemental sur la réalisation du potentiel génétique

Type de poste
Dates
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>INRA</p>
Jouy en Josas
France

Contacts
Hélène Jammes
Hélène Kiefer
Email du/des contacts
helene.jammes@jouy.inra.fr
helene.kiefer@jouy.inra.fr
Description

Sujet de thèse :
Intégrations des signatures épigénétiques et des polymorphismes de séquences dans l’évaluation de l’impact environnemental sur la réalisation du potentiel génétique chez le bovin.

Laboratoire :
Biologie du Développement et Reproduction
INRA
Domaine de Vilvert, Bat 230
78352 Jouy en Josas


Compétences recherchées :
- Connaissances et compétences en Biologie, Biologie moléculaire
- Connaissances et compétences en bioinformatique - analyses des données haut débit (NGS) issues du séquençage, d’immunoprécipatiation de la chromatine et séquençage (MeDIP :Seq ou CHIP/seq), visualisation du génome, consultation des banques internationales, comparaison de séquences
- Connaissances et compétences en biostatistiques
- Maîtrise ou notions de R.

Thématique :
Un très important progrès a été accompli en sélection animale en mettant en oeuvre des approches pan génomiques basées sur la détection d’un grand nombre de polymorphismes de séquence (SNPs) et sur leur association avec des caractères d’intérêt. Cependant, ce progrès génétique semble dans certains cas bridé par les contraintes environnementales qui modifient l’expression du potentiel génétique. L’épigénétique, entendue comme marques apposées sur le génome orchestrant une lecture dirigée de celui-ci, apparait aujourd’hui comme un intégrateur des contraintes environnementales.
Les marques épigénétiques sont à la fois stables et plastiques. Si certaines signatures épigénétiques très conservées se mettent en place de manière tissu-spécifique au cours de la différenciation cellulaire, d’autres présentent une variabilité inter-individuelle importante et reflètent une réponse adaptative à l’environnement. Elles participent ainsi aux interactions entre environnement et génome dans la construction du phénotype en sélectionnant l’information génétique à exprimer.
Notre projet a pour objectif l’identification des signatures épigénétiques portées dans le génome des monocytes circulants (prélèvement sanguin peu invasif et purification cellulaire rapide, efficace et en routine sur le terrain) en réponse à l’état physiologique ou pathologique, aux systèmes d’élevage ou à l’apport nutritionnel chez des bovins dont le génotype est connu.

Plan de travail :
- Les signatures épigénétiques seront recherchées au niveau d’une seule population de cellules circulantes : les monocytes.
- L’impact d’un paramètre environnemental sera analysé : Apport de compléments alimentaires chez des Holstein. Les animaux seront choisis selon leur potentiel génétique (évalué par détermination des SNPs et calcul des prévisions de phénotype), avec un panel assez large.
- Pour chaque individu, il est donc prévu une analyse sur puce SNP et une analyse de la méthylation par MeDIP/chip, outil développé au laboratoire.