Evaluation de méthodes de partitionnement de données sRNAseq

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Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
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Toulouse
France

Contacts
GASPIN Christine
MARIETTE Jérôme
Email du/des contacts
Christine.Gaspin@inra.fr
Jerome.mariette@inra.fr
Description

<p style="margin-bottom: 0cm; line-height: 100%"><b>Sujet de stage</b></p><p align="justify" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: normal; line-height: 100%">Les petits ARN non codants, sont des acteurs majeurs de la régulation de l&rsquo;expression des gènes. Ils sont impliqués dans de nombreux processus biologiques essentiels et sont présents dans l&#39;ensemble des organismes vivants. Le séquençage haut-débit, et plus particulièrement le sRNA-Seq, a mis en évidence un grand nombre de petits ARN non codant dont les fonctions restent encore inconnues.</p><p style="margin-bottom: 0cm; font-weight: normal; line-height: 100%">Alors que la classification de ces nouveaux ARNs dans des familles bien caractérisées reste un défi, il est cependant accepté que pour bon nombre des petits ARN produits lors d&#39;un séquençage sRNA-seq, le partitionnement de leurs profils d&#39;expression permettrait de les regrouper en &laquo;&nbsp;familles&nbsp;&raquo;.</p><p align="justify" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: normal; line-height: 100%">Dans le cadre de ce stage de M2R, nous définirons les caractéristiques à utiliser par les méthodes de partitionnement, nous explorerons les représentations possibles des profils d&#39;expression et nous évaluerons quelques méthodes de partitionnement non supervisées afin de déterminer des groupes de lectures pouvant aider à l&#39;identification de familles bien caractérisées mais aussi non encore caractérisées. L&rsquo;étudiant&middot;e recruté&middot;e devra montrer une forte motivation pour les méthodes de partitionnement et des compétences en programmation (Python, R).</p><p style="margin-bottom: 0cm; font-weight: normal; line-height: 100%">&nbsp;</p><p style="margin-bottom: 0cm; line-height: 100%"><b>Références</b></p><p style="margin-bottom: 0.1cm; font-weight: normal; line-height: 100%"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Langenberger, D., Bermudez-Santana, C. I., Stadler, P. F., and Hoffmann, S. (2010). Identification and classification of small rnas in transcriptome sequence data. <i>Pac. Symp. Biocomput</i>. 87, 80&ndash;87. doi: 10.1142/9789814295291_0010</font></p><p style="margin-bottom: 0.1cm; font-weight: normal; line-height: 100%"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Langenberger, D., Pundhir, S., Ekstrøm, C. T., Stadler, P. F., Hoffmann, S., and Gorodkin, J. (2012). deepBlockAlign: a tool for aligning RNA-seq profiles of read block patterns. <i>Bioinformatics</i> 28, 17&ndash;24. doi: 10.1093/bioinformatics/btr598</font></p><p style="margin-bottom: 0.1cm; font-weight: normal; line-height: 100%"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Jung, C.-H., Hansen, M. A., Makunin, I. V., Korbie, D. J., and Mattick, J. S. (2010). Identification of novel non-coding RNAs using profiles of short sequence reads from next generation sequencing data. <i>BMC Genomics</i> 11:77. doi: 10.1186/1471-2164-11-77</font></p><p style="margin-bottom: 0.1cm; font-weight: normal; line-height: 100%"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Videm, P., Rose, D., Costa, F., and Backofen, R. (2014). BlockClust: efficient clustering and classification of non-coding RNAs from short read RNA-seq profiles. <i>Bioinformatics</i> 30, i274&ndash;i282. doi: 10.1093/bioinformatics/btu270</font></p><p style="margin-bottom: 0.1cm; font-weight: normal; line-height: 100%">- Pagès A, Dotu I, Pallarès-Albanell J, Martí E, Guigó R, Eyras E. The discovery potential of RNA processing profiles. Nucleic Acids Res. 2018 Feb 16;46(3):e15. doi: 10.1093/nar/gkx1115.</p><br/>
Lieu: <p>&nbsp;</p><p style="margin-bottom: 0cm; line-height: 100%">INRA &ndash; Unité Mathématiques et Informatique Appliquées-Toulouse (MIA-T) &amp; Plateforme bioinformatique</p><p style="margin-bottom: 0cm; line-height: 100%">Chemin de Borde Rouge. BP 52627</p><p style="margin-bottom: 0cm; line-height: 100%">31326 Castanet-Tolosan cedex</p>
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Laboratoire: Institut National de la Recherche Agronomique