Implémentation d’outils d’analyse et de visualisation de variations structurales et génomes mosaïques

Type de poste
Dates
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Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>UMR IPME (IRD-UM2-CIRAD) Interactions Plantes Microorganismes Environnement</p><p>IRD - Institut de Recherche pour le Développement</p><p>911, avenue Agropolis</p><p>BP 64501</p><p>34394 MONTPELLIER CEDEX 5</p><p>FRANCE</p>
montpellier
France

Contacts
Dereeper Alexis
Droc Gaëtan
Summo Marilyne
Email du/des contacts
alexis.dereeper@ird.fr
gaetan.droc@cirad.fr
marilyne.summo@cirad.fr
Description

<p><strong>SUJET :</strong> Implémentation d&rsquo;outils d&rsquo;analyse et de visualisation de variations structurales et génomes mosaïques</p><p><strong>CONTEXTE SCIENTIFIQUE</strong></p><p>La plate-forme bio-informatique South Green (<a href="http://www.southgreen.fr/">http://www.southgreen.fr/</a&gt;) développe des ressources et des applications de bio-informatique dédiées à la génétique et génomique des plantes tropicales et méditerranéennes. Cette plate-forme s&rsquo;appuie sur les plateaux techniques informatiques des centres montpelliérains des instituts partenaires comme le Cirad ou l&rsquo;IRD.</p><p>Parmi les applications déployées, la plate-forme met à la disposition des chercheurs une instance de l&rsquo;application Galaxy (<a href="http://galaxy.southgreen.fr/galaxy/">http://galaxy.southgreen.fr/galaxy…;), dédiée pour l&rsquo;analyse en ligne de séquences biologiques, ainsi que des portails génomiques pour les plantes tropicales d&rsquo;intérêt (Café (<a href="http://coffee-genome.org/">http://coffee-genome.org/</a&gt;), Banane (<a href="http://banana-genome-hub.southgreen.fr/">http://banana-genome-hub.south…;...).&nbsp;</p><p>Dans le cadre du projet Agropolis Fondation &laquo;&nbsp;Genome Harvest&nbsp;&raquo; (https://umr-agap.cirad.fr/actualites/le-projet-genomeharvest-a-demarre) dont le but est de déchiffrer l&rsquo;organisation et la dynamique des génomes pour l&rsquo;amélioration des plantes, la plate-forme a pour mission de faciliter la mise à disposition des données et des outils développés.</p><p><strong>OBJECTIFS ET MISSIONS INFORMATIQUES</strong></p><p>- Participer à l&rsquo;élaboration et optimisation de programmes originaux pour la détection de variations structurales, l&rsquo;étude de génomes mosaïques, ou encore l&rsquo;étude de réseaux d&rsquo;expression génique chez les hybrides interspécifiques/allopolyploïdes</p><p>- Développer de nouveaux wrappers Galaxy pour rendre accessible ces outils</p><p>- Améliorer les outils de visualisations web développés par l&rsquo;équipe (basés sur Circos et Ideogram.js), pour représenter les sorties de programmes</p><p>- Connecter les outils de visualisations aux wrappers Galaxy</p><p>- Intégrer les informations dans les portails génomiques de la plate-forme type &laquo;&nbsp;Genome Hub&nbsp;&raquo; (Jbrowse&hellip;)</p><p>- Mettre en place des solutions informatiques pour la mise à disposition des données pour la communauté</p><p><strong>PROFIL / COMPÉTENCES</strong></p><p>Le candidat devra être titulaire d&#39;un Master en bioinformatique. De bonnes connaissances appliquées sont requises dans les domaines de l&#39;analyse de données NGS et dans le développement web pour interfacer les outils de bioinformatiques développés, notamment via Galaxy.</p><p>De bonnes connaissances en biologie moléculaire et génomique sont appréciées. Le candidat devra avoir une excellente capacité à travailler en équipe, à communiquer, et faire preuve d&#39;autonomie dans son travail.</p><p>- Informatique :</p><p>Connaissance en programmation Web (HTML, javascript, jquery&hellip;) et XML.</p><p>Connaissance en programmation perl et/ou python</p><p>Connaissance de Galaxy serait un plus</p><p>Maîtrise de l&rsquo;environnement Linux.</p><p>- Biologie :</p><p>Connaissances en biologie moléculaire et génomique</p><p>Date de démarrage du contrat : le plus tôt possible, octobre/novembre 2017.</p><br/>
Laboratoire: IRD (Institut de Recherche pour le Développement)