M2 - Ferret, un outil bioinformatique d’extraction de données génétiques populationnelles

Type de poste
Dates
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Nantes
France

Contacts
Sophie Limou
Email du/des contacts
sophie.limou@univ-nantes.fr
Description

<p><strong>Titre&nbsp;du sujet de stage </strong>: Ferret, un outil bioinformatique d&rsquo;extraction de données génétiques populationnelles</p><p>&nbsp;</p><p><strong>Encadrant&nbsp;</strong>: Dr Sophie Limou (sophie.limou@univ-nantes.fr)</p><p>&nbsp;</p><p><strong>Lieu du stage</strong> : Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie (CRTI) - Inserm UMR1064&nbsp; - Equipe ATIP-Avenir (PA Gourraud), 30 bd Jean Monnet, Nantes</p><p>&nbsp;</p><p><strong>Résumé </strong>: Le projet international &lsquo;&lsquo;1000 Genomes&rsquo;&rsquo; fournit un catalogue de la diversité génétique humaine dans des populations mondiales de référence (Africaines, Américaines, Asiatiques, et Européennes)&nbsp;: il recense actuellement près de 85 millions de variations génétiques pour plus de 2500 individus. Ferret est une application Java que nous avons développée pour permettre d&rsquo;extraire facilement de l&rsquo;information génétique depuis les données issues du projet 1000 Genomes (<a href="http://limousophie35.github.io/Ferret/">http://limousophie35.github.io/…;), notamment en spécifiant les sous-populations d&rsquo;intérêt et une région spécifique du génome humain. Cet outil dédié aux biologistes et aux cliniciens du milieu biomédical leur permet ainsi, sans compétences bioinformatiques nécessaires, d&rsquo;accéder, de manipuler et de visualiser des données génétiques humaines.</p><p>L&rsquo;objectif de ce stage est de développer de nouvelles fonctionnalités pour étendre les applications de Ferret&nbsp;:</p><ul><li>Accès aux données complexes du HLA (molécules centrales de la réponse immunitaire adaptative),</li><li>Annotation fonctionnelle des variations génétiques (ex&nbsp;: nom du gène, variant codant/non-codant, impact sur la protéine, sur la régulation du niveau d&rsquo;expression des gènes, etc.),</li><li>Filtre bi-directionnel pour les fréquences.</li></ul><p>Ce sujet de stage permettra à l&rsquo;étudiant de développer ses compétences bioinformatiques en Java, et de s&rsquo;ouvrir aux applications en génétique des populations, et en génétique biomédicale. L&rsquo;ambition de ce stage est de proposer une nouvelle version de l&rsquo;application Ferret et de formaliser sa présentation sous forme de communications dans des conférences et par la rédaction d&rsquo;un article scientifique.</p><br/>
Laboratoire: Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie (CRTI) - Inserm UMR1064 - Equipe ATIP-Avenir (PA Gourraud), 30 bd Jean Monnet, Nantes