M2 Metabarcoding - Microbiote des bivalves

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Plouzané
France

Contacts
Gweanelle Le Blay
Clément Offret
Email du/des contacts
gwenaelle.leblay@univ-brest.fr
clement.offret@univ-brest.fr
Description

<p align="center"><strong>Sujet de stage de Master 2</strong></p><p align="center">&nbsp;</p><p align="center">UMR 6539 - Laboratoire des Sciences de l&#39;Environnement Marin</p><p align="center"><span style="font-family: &quot;Courier New&quot;, &quot;DejaVu Sans Mono&quot;, monospace; font-size: 1.1em;">Institut Universitaire Européen de la Mer</span></p><p align="center">&nbsp;</p><p align="center">Proposé par G Le Blay et C Offret</p><p align="center">&nbsp;</p><p align="center">Contact&nbsp;:&nbsp;<a href="mailto:clement.offret@univ-brest.fr">gwenaelle.leblay@univ-brest.fr</a>… href="mailto:clement.offret@univ-brest.fr">clement.offret@univ-brest.fr</a></… align="center">&nbsp;</p><p align="center"><strong>Effet de la durée d&rsquo;exondation sur le microbiote de l&rsquo;huître creuse,&nbsp;<em>Crassostrea gigas</em>.</strong></p><p>&nbsp;</p><p>&nbsp;</p><p>Mots clés&nbsp;:&nbsp;<em>huîtres, microbiotes, biologie moléculaire, metabarcoding.</em></p><p>&nbsp;</p><p>Dans un contexte où les organismes marins sont soumis à d&rsquo;importantes modifications environnementales, il est important de comprendre quels sont les paramètres impactés chez ces organismes. Chez l&rsquo;huître creuse,&nbsp;<em>Crassostrea gigas</em>, il a été montré que des brusques changements de températures venaient modifier la dynamique et la structuration du microbiote de l&rsquo;hémolymphe, rendant l&rsquo;hôte potentiellement plus susceptibles à des pathogènes environnementaux (Lokmer and Wegner, 2014). En revanche, aucune étude n&rsquo;a été menée sur la relation entre la durée d&rsquo;exondation des huîtres et leur microbiote au sein de différents tissus, et notamment la glande digestive. Dans le cadre d&rsquo;un projet labélisé LabexMer et Européen, des groupes d&rsquo;huîtres ont été placés à trois différents niveaux de l&rsquo;estran (entre Octobre 2017 et Mars 2018) afin d&rsquo;évaluer l&rsquo;impact de la durée d&rsquo;exondation sur leur microbiote. Au cours de ce stage, il s&rsquo;agira de réaliser l&rsquo;extraction, la quantification et l&rsquo;amplification des ADN bactériens de différents tissus récupérés chez les trois groupes de palourdes. L&rsquo;analyse des microbiotes (metabarcoding) se fera par des outils bioinformatiques (FROGS). Le traitement statistique (logiciel R) permettra de déterminer la structuration et la dynamique des microbiotes en fonction de la durée d&rsquo;exondation sur une longue période mais aussi de dégager des patterns au niveau du microbiote, pouvant être reliés à l&rsquo;état de santé de leur hôte.&nbsp;</p><p>&nbsp;</p><p>Le stage se déroulera au sein du LEMAR (IUEM, Technopôle Brest-Iroise, Plouzané) à compter du 7 Janvier. La personne retenue aura un intérêt particulier pour les sciences de la mer. Elle saura faire preuve d&rsquo;autonomie, de motivation, de curiosité et saura s&rsquo;intégrer au sein d&rsquo;une équipe de recherche. Des compétences en biologie moléculaire et analyses bio-informatiques seraient un plus.&nbsp;</p><p>&nbsp;</p><br/>
Laboratoire: LEMAR - UMR 6539