prix SFBI de la meilleure présentation orale à Jobim 2017

Bravo à Pierre Pericard qui a remporté ce premier prix décerné par la SFBI !

Voici un résumé de la présentation:

Advances in the sequencing of uncultured environmental samples, dubbed metagenomics, raise a growing need for accurate taxonomic assignment. Accurate identification of organisms present within a community is essential to understanding even the most elementary ecosystems. However, current high-throughput sequencing technologies generate short reads which partially cover full-length marker genes and this poses difficult bioinformatic challenges for taxonomy identification at high resolution.
We designed MATAM, a software dedicated to the fast and accurate targeted assembly of short reads sequenced from a genomic marker of interest. The method implements a stepwise process based on construction and analysis of a read overlap graph. It is applied to the assembly of 16S rRNA markers and is validated on simulated, synthetic and genuine metagenomes. We show that MATAM outperforms other available methods in terms of low error rates and recovered fraction and is suitable to provide improved assemblies for precise taxonomic assignments.

Le parcours de Pierre:

Ingénieur Agronome de formation, je me suis initialement spécialisé dans la génétique des plantes via un Master Recherche en biologie moléculaire, puis en bio-informatique au travers d'un Master Pro à Toulouse. J'ai ensuite occupé un poste d'ingénieur d'étude bioinformaticien à la plateforme ABiMS de Roscoff pendant deux ans, au cours desquels j'ai participé à l'assemblage de génomes et transcriptomes d'Eucaryotes, ainsi que le développement d'une plateforme d'analyse en métabolomique sous Galaxy. Fin 2013 j'ai débuté une thèse en métagénomique dans l'équipe BONSAI du laboratoire CRIStAL à Lille. Les principaux résultats de ma thèse sont décrit dans le résumé de ma présentation ci-dessus.