Mots-Clés

NGS, médical, diagnostic, R&D

Description

Localisation du poste

IUCT-Oncopole de Toulouse.

Contexte

Le poste est situé au sein de la cellule bioinformatique du CHU de Toulouse. Il s’agit d’un regroupement de bioinformaticien-ne-s travaillant sur le diagnostic, pronostic et théranostic au service du patient à partir de données de biologie moléculaire. La plupart des membres de l’équipe partagent leur temps entre leur laboratoire de rattachement et les projets communs. Les nouveaux membres sont directement rattachés à la cellule et ont une vocation plus transversale. Les activités de la personne recrutées permettront :

• De répondre aux besoins de deux laboratoires. Le laboratoire d’Hématologie qui travaille notamment sur la génétique de hémopathies et ne dispose pas à l’heure actuelle de bioinformaticien. Le laboratoire d’Anatomie et Cytologie Pathologiques qui travaille notamment sur la caractérisation moléculaire des tumeurs solides et lymphomes.
• De renforcer l’équipe pour des activités transversales aux laboratoires (thématiques communes ou projets multi-laboratoires). L’ensemble des analyses sanitaires sont réalisées sur le cluster de calcul qui est situé sur le site de l’IUCT-Oncopole.

Activités

En interaction avec le personnel médical et technique des laboratoires et sous la responsabilité des responsables de la cellule bioinformatique, la personne recrutée aura à :

• Mettre au point et développer les pipelines d'analyse permettant d’exploiter les nouvelles techniques de biologie moléculaire mises en place au laboratoire. Par exemple : la détection de variants de nombre de copie ou détection de larges insertions/délétions. Le candidat sera en interaction forte avec l’équipe technique de biologie moléculaire pour aider à la validation des protocoles.
• Accompagner les analyses de routine (détection de mutations et de réarrangement ayant des intérêts diagnostiques, pronostiques ou théranostiques, suivi de maladie résiduelle). Il s'agira tout d’abord d'être en support du personnel médical notamment pour les validations de résultats ambigus. La personne recrutée devra également être force de proposition et capable d'implémenter toute amélioration permettant d'aider cette validation. Enfin, elle assurera la correction des bugs détectés lors de l’exploitation des chaines de traitement.
• Améliorer les performances analytiques et matérielles des outils et pipelines déjà mis en places dans les laboratoires.
• Accompagner l’automatisation des analyses et du flux de données dans le laboratoire d’hématologie.
• En lien avec la cellule bioinformatique du CHU, une partie du temps de la personne recrutée sera dédiée à des projets communs impliquant plusieurs laboratoires et établissements utilisant le NGS.

Profil recherché

Cursus

Bac +5 en bioinformatique spécialisé dans le séquençage haut débit.

Savoir-faire et connaissances requises

• Connaitre les principales technologies de séquençage haut débit
• Avoir une expérience dans l’analyse de données NGS notamment CNV et détection de larges insertion/délétion
• Maitriser l’environnement linux et son interpréteur de ligne de commande
• Maitriser les langages de programmation : Python et JavaScript
• Posséder de bonnes pratiques de développement informatique (méthodes agiles, modélisation, gestion de version via Git, tests unitaires, fonctionnels et applicatifs…)
• Avoir une expérience dans l’exploitation ainsi que le développement ou le déploiement de workflows sur des environnements HPC (ordonnanceur slurm et gestionnaire de workflows snakemake ou nextflow)
• Maitriser la recherche, l’exploitation et la capitalisation des informations liées à la veille dans son domaine d'activité

Savoir-être et aptitudes

• Grande autonomie et capacité organisationnelle
• Excellentes qualités relationnelles, d'écoute et de communication

Serait un plus

• Connaitre les environnements virtuels conda et Singularity ou Docker
• Avoir une expérience dans l’analyse d’expression à partir de RNASeq
• Avoir une expérience dans l’analyse des répertoires lymphocytaires en NGS
• Avoir une expérience dans le domaine médical et/ou en biologie moléculaire