Mots-Clés

scRNA-seq scATAC-seq maladies autoimmunes thymus AIRE

Description

Structure d’accueil :

Le Centre de Recherche en Transplantation et en Immunologie (CRTI) (http://www.crti.univ-nantes.fr) est une structure de recherche (UMR 1064) affiliée à l’INSERM et à l’Université de Nantes. Le CRTI est localisé au CHU de Nantes Hôtel Dieu avec lequel il forme l’Institut de Transplantation Urologie et Néphrologie (ITUN), un des plus grand centre français et européen dévolu à la recherche fondamentale et clinique sur la transplantation et plus largement sur les mécanismes immunitaires. Notre objectif est d’améliorer les traitements associés à la transplantation et aux maladies autoimmunes grâce à une meilleure compréhension des réponses immunes, à l’identification de biomarqueurs, et de développer de nouvelles immunothérapies et outils pour la médecine personnalisée.

Le projet :

Le projet du poste proposé s’inscrit dans un programme de recherche européen, multicentrique, sur les maladies rares (EJP RD) soutenu par l’Union Européenne (Horizon 2020) et l’Agence Nationale de la Recherche (ANR). La maladie autoimmune dévastatrice APECED et la myasthénie autoimmune sont toutes deux au cœur de ce projet. Elles ont en commun d’être caractérisées par un défaut de fonctionnement du thymus, organe central dans la mise en place du système immunitaire. L’objectif du projet consiste à caractériser les voies moléculaires dérégulées dans le thymus et associées à ces maladies en comparant le thymus sain chez l’homme à celui malade chez les patients myasthéniques thymectomisés ou dans des modèles animaux d’APECED. Notre attention se portera sur les défauts des cellules thymiques mais aussi sur les modifications qu’elles induisent sur les cellules du système immunitaire qui se développent en son sein et qui présentent un dysfonctionnement chez les patients des maladies étudiées. L’objectif ultime de ce projet est d’identifier des cibles et voies moléculaires sur lesquelles on pourrait intervenir afin d’élaborer des approches thérapeutiques.

Missions :

• Processer les données brutes issues du séquençage single-cell (sc)RNA-seq, scATAC-seq et CITE-seq obtenues à partir de cellules thymiques et de lymphocytes T, issus de patients, de contrôles, ou de modèles animaux
• Analyser les données issues de la variété de datasets single-cell générés et de datasets publics
• Interpréter les résultats et les valoriser en les présentant sous forme de rapports destinés aux porteurs du projet et dans l’objectif de l’écriture de papiers
• Assurer une veille technologique sur l’analyse des données single-cell
• Mettre en place et organiser la mise en forme et le stockage des données/résultats
• Interagir et collaborer avec les membres du consortium mais aussi de l’équipe et de l’unité, pour ceux impliqués en bioinformatique

Profil :

• Le candidat recherché doit avoir obtenu un Master 2 en Bioinformatique avec une composante biologie cellulaire ou immunologique forte ou bien un Master 2 en biologie cellulaire ou immunologie avec un stage de M2 basé essentiellement sur l’analyse de données RNAseq
• La maitrise de R +/- Python ainsi que l’environnement Unix est un prérequis
• De solides connaissances en statistique sont nécessaires
• Les profils bioinfo / immuno ou cellulaire seront privilégiés
• La très bonne maîtrise de l’anglais est un plus
• Une expérience de 1 à 2 ans dans l’analyse bioinformatique, préférentiellement l’analyse RNAseq, après l’obtention du M2, est préférable