Mots-Clés

bioinformatique metabarcoding transcriptomique workflow conteneur R python

Description

L’Ifremer

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Description de l'offre :

Le département "Infrastructures de Recherches et Systèmes d’Informations" (IRSI)  est chargé de développer et de gérer les infrastructures informatiques communes de l'Ifremer et le centre de données océanographiques, avec une position de leader aux niveaux national et européen.

Il assure des services en continu et réalise des projets dans le but de créer ou d'améliorer les infrastructures de recherche marine :

• Les systèmes d’information de données marines
• Les infrastructures et facilités du réseau informatique
• Le système d’observation Euro-Argo dans le cadre du programme mondial ARGO

Ifremer s’est doté depuis 2010 d’un service de bio-informatique, positionné au sein du département IRSI, et qui s'appuie notamment sur les ressources de calcul du Pôle de Calcul et de Données pour la Mer.

Placé sous la responsabilité du chef du service de bio-informatique, le/la candidat(e) retenu(e) viendra renforcer l’équipe actuellement en place, et qui a vocation à monter en charge dans les années à venir.

Missions principales
Ce poste viendra renforcer le service de bioinformatique, tout en préservant sa vocation à mutualiser ce qui doit l’être (des logiciels, des données, des savoir-faire…), et en conservant les principes d’organisation actuels :

• Les projets de recherche sont initiés et menés par les unités de recherche, avec le support éventuel du service de bio-informatique, si nécessaire
• Le service de bio-informatique maintient et fait évoluer des services de nature bio-informatique : portail Galaxy, formations/informations ciblées, support aux logiciels communs, développements de pipelines, gouvernance du stockage de données, support à l'analyse des données, mutualisation et le partage des méthodes d'analyses, animation d’un réseau interne de correspondants sur le sujet

Activités principales

Les activités sont en lien avec les missions d’une plate-forme bioinformatique mutualisée :

• Assurer une veille technologique et participer au déploiement d’outils bioinformatiques sur DATARMOR, le supercalculateur de l’IFREMER
• Réaliser le développement de pipelines d’analyse, en lien avec les projets de recherche confiés au SeBiMER
• Accompagner la prise en charge de l’analyse de données issues de séquençages haut-débit (NGS), notamment sur les thématiques de la (meta)transcriptomique et du (meta)barcoding
• Coordonner, organiser et dispenser des formations sur l'utilisation des outils bioinformatiques sur DATARMOR
• Participer au support bioinformatique général aux utilisateurs

Champs relationnel

• En interne : Membres du service de bi-informatique et du service IRSI/RIC gérant les ressources de calcul et de stockage du Pôle de Calcul et de Données pour la Mer. Unités Ifremer de recherche utilisatrices des outils d’analyse « omiques ».
• En externe : Scientifiques des UMRs qui collaborent avec l'Ifremer. Plateformes bio-informatiques françaises.

Profil recherché

• Titulaire d'un Bac+4/5
  

Savoirs, savoirs faire

• Bonnes connaissances des clusters de calcul
• Bonnes connaissances de Nextflow ou gestionnaire de pipeline équivalent
• Bonnes connaissances des technologies de conteneurisation (Docker, Singularity)
• Capacité complète à programmer (code, test, documentation) : langages de scripts shell, R, Python, java
• Bonnes connaissances de l’usage d’outils de gestion de projet (type Gitlab)
• Bonnes connaissances en biostatistique pour le traitement de données « omiques »
• Bon niveau d’anglais

Qualités personnelles

Savoir-être

• Bonne organisation et autonomie
• Aisance relationnelle et sens du service
• Disponibilité et capacité à travailler en équipe
• Capacité d'analyse, esprit de synthèse, dynamisme
• Bonnes aptitudes à la communication et à la présentation écrite et orale (En français et en anglais)
• Goût affirmé pour les aspects techniques de l’informatique (gestion d’une plate-forme bioinformatique, développement logiciel)

Conditions de travail

• Temps plein

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 22/08/2021

Toutes nos candidatures sont traitées exclusivement via notre site Carrières.