Mots-Clés

Intégration de données Intelligence artificielle Text mining Réseaux biologiques Adverse Outcome Pathways Produits phytosanitaires Maladies neuro-développementales

Description

Description des équipes :

Les besoins en biologie computationnelle et des systèmes sont très importants dans l’UFR des sciences biomédicales et fondamentales (Campus Saint Germain) de l’Université de Paris. Ces besoins sont particulièrement critiques dans le champ de la toxicologie systémique. L’unité Inserm T3S (https://t3s-1124.biomedicale.parisdescartes.fr/ ) héberge un groupe de toxicologie systémique SysTox dirigé par le Dr Karine Audouze (https://systox.u-paris-sciences.fr/).

Ce groupe SysTox coordonne, ou est impliqué dans plusieurs projets et consortiums (ANR dont un en tant que coordinateur, …) ainsi que dans plusieurs projets européens H2020 dont OBERON (coordinateur), HBM4EU, HERA et RadoNorm. Outre ses propres activités, ce groupe SysTox répond dans la mesure du possible aux besoins exprimés par les autres équipes de l’unité et à travers des collaborations internationales. Ce groupe comprend à l’heure actuelle une MCU, un post-doctorant, deux doctorants et un ingénieur en CDD.

Le poste d’ingénieur en toxicologie computationnelle proposé s’inscrit dans le cadre d’un nouveau projet financé par l’office français de la biodiversité via l’appel à projet dans le cadre du plan national Ecophyto 2, qui vise à instaurer un cadre d’action communautaire pour parvenir à une utilisation des pesticides compatible avec le développement durable.

Objectif et missions : Le poste s’adresse à un(e) candidat(e) motivé(e) par une activité de recherche qui aura la charge de mener des analyses de toxicologie computationnelles innovantes, sur les données existantes et issues du projet, en utilisant un outil disponible au laboratoire, mais aussi qui participera au développement d’autres approches innovantes basées sur l’intelligence artificielle (AI), afin de participer à la génération d’AOPs (adverse outcome pathways).

Le poste sera localisé au sein de l’unité T3S du Campus Saint Germain, dans le groupe SysTox. Ce projet est en partenariat avec d’autres équipes dont l’INERIS porteur du projet.

Missions du poste

- Coordonner les travaux en biologie computationnelle, bioinformatique dans le cadre d’un projet national.
- Collecter, ordonner et traiter les données issues de la littérature, de bases de données et d’études expérimentales 
- Développer de nouveaux modèles intégratifs à des fins de prédiction
- S’informer des progrès scientifiques et technologiques en biologie computationnelle
- Participer à des réunions et valoriser les résultats d’analyses et le développement de modèles (rapports, publications, présentations)

Activités principales

- Identifier des outils de biologie computationnelle, pour le stockage (base de données) et le traitement des données (méthodes statistiques, intelligence artificielle), afin de répondre à la problématique posée.
- Définir un plan d’étude pour collecter, ordonner et analyser les données issues de diverses sources de données.

- Traitement et analyse des données avec les outils appropriés utilisés en biologie et toxicologie systémiques (réseaux biologiques), et des données issues de textes (fouille de textes).
- Développement de nouveaux outils d’analyse de données adaptés selon les besoins, en utilisant des langages de programmation (R et python).
- Utilisation de cahier de laboratoire électroniques (GitHub) afin de permettre une reproductibilité des analyses
- Présentation des résultats sous forme de rapports (en français et/ou en anglais), de publications scientifiques, de posters et de présentations orales.
- Interagir avec les équipes de l’unité et participation à des réunions scientifiques
- Conseiller et orienter les étudiants en masters

- Assurer et organiser la veille scientifique et technologique en biologie computationnelle, diffuser l’information des nouveaux outils au sein du groupe.

profil recherchÉ

Compétences et aptitudes professionnelles requises

Connaissances :

- Excellentes maitrise en programmation, minimum R et python, des connaissances d’autres langages seraient un plus
- Excellentes connaissances en biologie computationnelle et bioinformatique, développement de réseaux biologiques, méthodologies d’analyse de texte (text mining) et autres méthodes d’intelligence artificielle

- Avoir des connaissances générales en biologie/biochimie, et idéalement avoir des notions en toxicologie (ex. sur les AOPs (adverse outcome pathways))
- Anglais niveau B2 à C2 (CECR)

Savoir-faire :

- Programmer, installer les outils nécessaires sur les machines
- Maitriser les outils/logiciels de biologie computationnelle
- S’adapter aux besoins spécifiques des projets de recherche
- Savoir réaliser une analyse d’étude (fouille de données, préparation et intégration des données, analyses statistiques, interprétation, rapport des résultats et échange avec les autres chercheurs non bioinformaticiens)

Savoir-être :

- Travailler en équipe (y compris à distance)
- Organiser son travail pour une reproductibilité des analyses
- Savoir communiquer avec des chercheurs non-bioinformaticiens