Poste d’ingénieur/chercheur en bioinformatique
CDD · Autres · 12 mois (renouvelable) Bac+8 / Doctorat, Grandes Écoles Groupe Stéphane Depil au Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon · Lyon (France)
Date de prise de poste : 1 novembre 2021
Mots-Clés
modèles mathématiques RNAseq statistiques single cell programmation
Description
Contexte
Groupe du Prof Stéphane Depil -Développement d’immunothérapies ciblant des antigènes tumoraux non conventionnels- au sein du Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon, France.
Description
Les rétrovirus endogènes humains (HERVs) représentent 8% du génome humain. La plupart des gènes HERV ne sont pas fonctionnels en raison de recombinaisons, mutations et délétions, mais certains conservent néanmoins des cadres ouverts de lecture. L’expression des HERVs est faible ou nulle dans les cellules normales. Ils sont en revanche exprimés de manière aberrante dans certaines tumeurs en raison de dérégulations épigénétiques. Les produits des HERV peuvent se comporter comme des antigènes tumoraux et activer à la fois les cellules T et les cellules B chez des patients atteintes de cancer. Nous avons développé un pipeline bio-informatique pour analyser le rétrotranscriptome et identifier des épitopes partagés dérivés des HERVs associés tumeurs.
En tant que bioinformaticien(ne) vous contribuerez à l’identification in silico de cibles thérapeutiques originales dans le cancer qui seront ensuite validées in vitro. Vous serez amené(e) à contribuer au développement des pipelines déjà proposés par l’équipe et à reproduire l’analyse sur différents jeux de données. Une forte implication dans le projet global sera demandée.
Profil
PhD en bio-informatique, informatique ou domaines similaires
Connaissances en modélisation mathématique et statistiques/bio-statistiques
Connaissances en analyse de données de séquençage de nouvelle génération (RNA-seq et single cell RNA-seq), du contrôle qualité à l'analyse des données
Utilisation d'au moins un langage de programmation et/ou d'analyse commun (R, Python)
Familiarité avec les ressources informatiques hautes performances et l'environnement Linux
Des connaissances en biologie et notamment en immunologie sont un plus
Candidature
Procédure : Les candidats intéressés doivent envoyer leur CV et lettre de motivation à Rasha BOULOS, PhD rasha.boulos@ervaccinetechnologies.fr et Prof. Stéphane DEPIL, MD, PhD stephane.depil@ervaccinetechnologies.fr
Date limite : 8 octobre 2021
Offre publiée le 16 septembre 2021, affichage jusqu'au 8 octobre 2021