INGENIEUR DE RECHERCHE DONNEES DE SANTE, EPIDEMIOLOGIE

Partenaires du projet

·         Hospices Civils de Lyon

·         bioMérieux

·         Centre International de Recherche en Infectiologie, Université de Lyon, Inserm U1111

Localisation

Institut des Agents Infectieux, Hôpital de la Croix-Rousse

Equipe Public Health, Epidemiology & Evolutionary Ecology of Infectious Diseases

103 Grande Rue de la Croix-Rousse, 69004 Lyon

Contexte

La détection rapide des épidémies bactériennes est un enjeu majeur pour les systèmes de santé. Les méthodes actuelles de surveillance des épidémies à l’hôpital sont peu réactives. Notre équipe développe des méthodes automatisées de surveillance épidémique, basées sur l’analyse en temps-réel des données de diagnostic microbiologique générées par les laboratoires hospitaliers.

Mission

Vous contribuerez au développement et à l’exploitation d’un système d’intégration de données de santé, centrées sur la microbiologie clinique (infections bactériennes) et l’antibiorésistance. Ce système comprend une base de données fédérative, permettant la mise en relation de données hétérogènes et complexes issues d’origines diverses dont des logiciels métier de microbiologie et de gestion hospitalière.

Vos missions principales seront :

·         Modéliser la représentation de nouvelles données au sein d’un modèle de données

·         Modéliser l’alignement (enrichissement) de ces données à des standards internationaux tels LOINC, SNOMED, NCBI

·         Exploiter la base de données par l’analyse de tendances et la construction de modèles

·         Interagir avec plusieurs corps de métier (informaticiens hospitaliers, cliniciens, épidémiologistes) pour définir les formats de données en entrée et en sortie de la base de données

·         Communiquer autour de vos travaux au sein des équipes multidisciplinaires des services hospitaliers et des partenaires industriels, ainsi que dans les conférences et congrès auxquels vous participerez.

Profil

·         Diplômé d’école d’ingénieur (Bac+5) ou docteur (Bac+8) avec une spécialisation en données de santé, épidémiologie, informatique générale. Des connaissances dans le domaine de la microbiologie et de l’infectiologie seront considérées favorablement.

·         Vous êtes capable de programmer efficacement (SQL, R, JavaScript) tout en veillant à ce que votre code soit évolutif, documenté et facilement réutilisable.

·         Vous êtes autonome, rigoureux, et faites preuve d’une curiosité technique et scientifique.

·         Vous avez le sens de la communication écrite et orale dans un environnement multidisciplinaire.

·         Vous parlez couramment anglais et êtes en mesure de réaliser une étude bibliographique ou de communiquer dans cette langue au sein d’une équipe internationale.

Pour postuler

Envoi CV + lettre de motivation à :

Jean-Philippe RASIGADE, jean-philippe.rasigade@univ-lyon1.fr, Hospices Civils de Lyon / Centre International de Recherche en Infectiologie.

Prise de fonction en décembre 2021 ou janvier 2022. Contrat de 4 ans.