Bio-informaticien-ne (intégration de données génomique - cancer)
CDD · Ingénieur autre · 24 mois Bac+5 / Master Institut Bergonié · Bordeaux (France) De 2 075 euros à 2 685 euros selon expérience.
Date de prise de poste : 1 janvier 2022
Mots-Clés
Intégration NGS Python
Description
Description
L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.
Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.
L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.
Structure d’accueil
A propos de la Structure
Forte de plus de 75 personnes, l’Unité INSERM U1218 ACTION s’appuie sur son intégration à l’Institut Bergonié pour développer la recherche translationnelle grâce à ses chercheurs fondamentaux en lien avec les équipes cliniques.
Directeur/ Directrice
Pierre-Louis Soubeyran
Délégation Régionale Délégation
Régionale Inserm Nouvelle-Aquitaine
Description du poste
Mission principale
- Assurer les développements associés à l’interprétation et l’intégration des données cliniques et omics dans le cadre d’un protocole clinique national.
- Développer et maintenir la structuration / standardisation des données et l’automatisation des flux.
Activités principales
- Développements pour l’intégration et l’interprétation des données.
- Création de scripts pour automatiser les flux de données dans le cadre de l’intégration de données génétiques, génomique et transcriptomique menées par les équipes de biologie moléculaire.
- Gestion, manipulation, contrôle de cohérence et mise à jour des résultats de séquences NGS (ExomeSeq, RNAseq) associés aux données cliniques.
- Participation aux Réunions de Concertation Pluridisciplinaires des patients inclus dans le protocole clinique.
- Formation des utilisateurs aux outils développés.
- Documentation, tests et débogage des scripts et logiciels
Spécificité(s) et environnement du poste
- Travail en étroite collaboration avec les biologistes et cliniciens.
- Environnement Linux.
Connaissances
- Concepts et terminologies de la biologie et de la génétique des tumeurs (mutations somatique, altérations de nombre de copies chromosomiques, gènes de fusion, …).
- Nomenclature HGVS des variants.
- Notions sur les terminologies et la standardisation des données cliniques et omics sont un plus.
- Langage de programmation Python (principalement), web (HTML, javascript, css), bash.
- Gestion de la Version du code avec GIT.
Savoir-faire
- Bonne pratiques de développement de script Python, tests et version (Git) du code.
- Débogage et documentation du code.
- Conception, exécution et suivi d’un plan d’activités bio-informatiques.
- Utilisations d’API.
- Communication des résultats bio-informatiques dans un langage compréhensible pour les équipes de biologie moléculaire.
- Travail sous environnement Linux.
Aptitudes
- Consciencieux(se) et rigoureux(se).
- A l’écoute.
- Communicant(e).
- Esprit d’équipe.
- Sens du service.
- Appétence pour les données et leur compréhension.
- Forte capacité d’interaction avec les biologistes, cliniciens utilisateurs des outils développés.
Candidature
Procédure : Envoyer CV et lettre de motivation à Yec'han Laizet y.laizet@bordeaux.unicancer.fr
Date limite : 15 novembre 2021
Contacts
Yec'han Laizet
y.NOSPAMlaizet@bordeaux.unicancer.fr
Offre publiée le 20 octobre 2021, affichage jusqu'au 15 novembre 2021