Mots-Clés

omique métagénomique métatranscriptomique génomique microbiologie

Description

Nous recherchons un informaticien / bio-informaticien dont la mission principale sera d’assurer le traitement des données issues du séquençage (qualité, assemblage, annotation) et leur intégration dans le cadre du programme scientifique Microstore (AO grand projet de séquençage, France génomique). Ce programme vise à approfondir notre connaissance sur le rôle fonctionnel des eucaryotes unicellulaires lacustres en couplant des approches -omics (métatranscriptomique, la métagénomique et la génomique à partir de cellule unique - single cell).

Compétences attendues

- Expérience dans l'analyse de données NGS de deuxième génération (assemblage et reconstruction de génomes, métagénomique) sur des microorganismes.

- Maîtrise des langages des Python et R.

- Maîtrise des systèmes d'exploitation Linux et infrastructure de calcul.

- La connaissance des outils de gestion de workflow (snakemake, docker/singularity) est un plus.

Prise de fonction dès que possible